263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_0016 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.02 
 
 
689 aa  1126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  94.63 
 
 
689 aa  1243  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  83.57 
 
 
694 aa  1141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.2 
 
 
689 aa  938  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.86 
 
 
693 aa  867  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  49.64 
 
 
690 aa  646  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.2 
 
 
689 aa  926  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  81.28 
 
 
689 aa  1122  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.39104e-08 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.21 
 
 
689 aa  946  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  82.29 
 
 
689 aa  1166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  95.07 
 
 
689 aa  1252  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.2 
 
 
689 aa  938  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.05 
 
 
689 aa  925  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.2 
 
 
689 aa  938  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.05 
 
 
689 aa  925  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.34 
 
 
689 aa  929  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.84 
 
 
689 aa  1142  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.19 
 
 
688 aa  653  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.15 
 
 
685 aa  635  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  63.95 
 
 
688 aa  887  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.61 
 
 
693 aa  677  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  94.63 
 
 
689 aa  1244  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.7 
 
 
689 aa  1118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  85.3 
 
 
694 aa  1192  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  99.13 
 
 
688 aa  1379  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  99.27 
 
 
688 aa  1380  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.20926e-07 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.05 
 
 
689 aa  916  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.16 
 
 
688 aa  905  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  94.92 
 
 
689 aa  1271  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.81 
 
 
692 aa  843  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 
688 aa  1388  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  3.27788e-08 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.03 
 
 
688 aa  894  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  50.73 
 
 
699 aa  686  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.06 
 
 
697 aa  647  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.35 
 
 
697 aa  635  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.67 
 
 
690 aa  651  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.05 
 
 
689 aa  925  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.76 
 
 
688 aa  913  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.49 
 
 
689 aa  930  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.8 
 
 
689 aa  957  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  58.06 
 
 
688 aa  798  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  94.92 
 
 
689 aa  1248  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  4.99537e-06 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  50.86 
 
 
696 aa  691  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  68.8 
 
 
689 aa  957  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.72 
 
 
694 aa  934  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  67.05 
 
 
689 aa  925  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.63 
 
 
689 aa  936  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  97.09 
 
 
688 aa  1287  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.49 
 
 
689 aa  926  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.49 
 
 
689 aa  924  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  49.05 
 
 
691 aa  658  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.49 
 
 
689 aa  924  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.49 
 
 
689 aa  924  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.72 
 
 
692 aa  805  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  67.2 
 
 
688 aa  869  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  67.05 
 
 
689 aa  925  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.05 
 
 
689 aa  925  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  67.49 
 
 
689 aa  924  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.71 
 
 
684 aa  634  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.29 
 
 
684 aa  633  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.69 
 
 
685 aa  629  1e-179  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.34 
 
 
692 aa  627  1e-178  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.84 
 
 
697 aa  623  1e-177  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  48.69 
 
 
684 aa  624  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.26 
 
 
684 aa  620  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.84 
 
 
684 aa  617  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  47.37 
 
 
693 aa  612  1e-174  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.67 
 
 
684 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.38 
 
 
684 aa  606  1e-172  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  5.38802e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.95 
 
 
683 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  2.35888e-11 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.09 
 
 
683 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  2.90731e-10 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.17 
 
 
692 aa  600  1e-170  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.17 
 
 
689 aa  598  1e-169  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.57 
 
 
693 aa  569  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  44.31 
 
 
688 aa  548  1e-154  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.57 
 
 
693 aa  544  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  44.02 
 
 
688 aa  541  1e-152  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1221  glycine--tRNA ligase  43.54 
 
 
696 aa  539  1e-152  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.88 
 
 
699 aa  518  1e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.6 
 
 
699 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339656  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.08 
 
 
712 aa  511  1e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2702  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.6 
 
 
699 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0207133  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 
699 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.77 
 
 
704 aa  506  1e-142  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0871  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.39 
 
 
695 aa  506  1e-142  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.306102  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.18 
 
 
699 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0597  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.6 
 
 
699 aa  504  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.44 
 
 
699 aa  504  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.18 
 
 
699 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.03 
 
 
699 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.03 
 
 
699 aa  501  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.03 
 
 
699 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2729  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.6 
 
 
699 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.03 
 
 
699 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.03 
 
 
699 aa  501  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03829  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.87 
 
 
745 aa  497  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.42 
 
 
722 aa  497  1e-139  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.40504  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6029  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.81 
 
 
699 aa  498  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.174982  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0889  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.42 
 
 
722 aa  496  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
697 aa  496  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0189981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>