More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0912 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 318 aa  660    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  48.9 
 
 		 321 aa  316  3e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 321 aa  296  3e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 321 aa  292  4e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 350 aa  269  4e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 350 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 337 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  44.01 
 
 		 324 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 328 aa  256  3e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 330 aa  229  7e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  24.41 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  30 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  26.94 
 
 		 316 aa  89.4  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 322 aa  86.3  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 322 aa  85.9  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 321 aa  85.9  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 322 aa  85.9  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 322 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  27.98 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  28.18 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 324 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3874  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 323 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  29.52 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 321 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.13 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.13 
 
 		 321 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 320 aa  67  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  25.97 
 
 		 327 aa  64.7  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  36.9 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 317 aa  62.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2838  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.32 
 
 		 328 aa  62.8  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.09 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.09 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.09 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.09 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  33.09 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 306 aa  62  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.09 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.09 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.09 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  30.94 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 319 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 313 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  39.74 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  27.6 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2977  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 333 aa  60.8  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 334 aa  60.8  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4020  LysR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 306 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  27.89 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.35 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.35 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.35 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.35 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.35 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3624  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0663919  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3896  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 345 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.590324  normal  0.42297 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  43.28 
 
 		 321 aa  58.9  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  36.26 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  36.26 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0394  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780233  normal  0.51441 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  43.28 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  36.26 
 
 		 322 aa  58.2  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  43.28 
 
 		 314 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3530  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243257 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  29.34 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5069  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.256969 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  26.49 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5360  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 345 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516631  normal  0.350489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>