More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3526 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 288 aa  595  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  97.57 
 
 		 288 aa  578  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  97.92 
 
 		 288 aa  579  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  97.22 
 
 		 288 aa  576  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  56.54 
 
 		 286 aa  343  2e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  54.83 
 
 		 288 aa  336  2.9999999999999997e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  50.35 
 
 		 288 aa  325  7e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 289 aa  317  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  53.02 
 
 		 288 aa  300  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 288 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  49.1 
 
 		 289 aa  285  5e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  46.79 
 
 		 286 aa  274  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 289 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 294 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  46.4 
 
 		 279 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 289 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  45.64 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 293 aa  245  8e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 296 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  45.3 
 
 		 293 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  43.68 
 
 		 279 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  43.32 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  45.25 
 
 		 265 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  39.86 
 
 		 284 aa  225  6e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  44.64 
 
 		 255 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  54.84 
 
 		 160 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  54.84 
 
 		 160 aa  182  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  54.84 
 
 		 160 aa  182  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  54.84 
 
 		 160 aa  182  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  54.84 
 
 		 160 aa  182  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  54.84 
 
 		 160 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  54.19 
 
 		 160 aa  181  9.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  53.55 
 
 		 160 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  53.55 
 
 		 160 aa  180  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  33.22 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 350 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  35.31 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  28.89 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  32.16 
 
 		 283 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  31.88 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  29.97 
 
 		 326 aa  132  6e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 283 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 292 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 277 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 296 aa  109  6e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  29.35 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  28.72 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  28.81 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.72 
 
 		 289 aa  102  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  28.28 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 271 aa  90.9  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001047  transcriptional regulator AraC family  27.87 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5359  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.6789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1641  transcription activator effector binding protein  27.56 
 
 		 287 aa  89.7  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 279 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 277 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 279 aa  85.5  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0186  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 452 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  26.83 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 300 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 281 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3181  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  34.59 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  37.72 
 
 		 436 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>