134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3742 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3742  negative transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  419  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2334  negative transcriptional regulator  41.21 
 
 		 227 aa  151  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188338  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2407  negative transcriptional regulator  41.21 
 
 		 227 aa  151  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1661  negative transcriptional regulator  39.7 
 
 		 227 aa  147  7e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3371  FMN-binding negative transcriptional regulator  35 
 
 		 207 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.721094  normal  0.299438 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4259  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.68 
 
 		 205 aa  125  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0096  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.18 
 
 		 205 aa  124  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0092  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.18 
 
 		 205 aa  124  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0091  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.18 
 
 		 205 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0835  negative transcriptional regulator  34.16 
 
 		 205 aa  121  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971312  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1658  negative transcriptional regulator  36.95 
 
 		 219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0853  negative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 205 aa  118  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1332  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 207 aa  115  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2431  negative transcriptional regulator  34 
 
 		 206 aa  115  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3253  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  30.35 
 
 		 207 aa  115  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3276  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  30.35 
 
 		 207 aa  114  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0785112  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1997  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.85 
 
 		 207 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3032  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.85 
 
 		 207 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3265  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.85 
 
 		 207 aa  112  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70003  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2953  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.35 
 
 		 207 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.636626  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0395  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.18 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0976  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.83 
 
 		 200 aa  109  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3223  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.06 
 
 		 201 aa  109  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.690612  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3532  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  32.84 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3283  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  29.35 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.896796  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0134  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 207 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.435875 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0243  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.49 
 
 		 209 aa  105  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2930  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.85 
 
 		 208 aa  105  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2380  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 202 aa  105  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3311  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.83 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.262888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3571  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.83 
 
 		 199 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0220  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.34 
 
 		 204 aa  104  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3526  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.33 
 
 		 199 aa  102  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.02519 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3707  negative transcriptional regulator  34.33 
 
 		 202 aa  102  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0908965 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3511  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.33 
 
 		 199 aa  102  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5634  negative transcriptional regulator  35.27 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166021  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3744  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 214 aa  99.8  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3464  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.85 
 
 		 212 aa  99.8  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.272985 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0823  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.3 
 
 		 217 aa  99.4  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00293061  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4536  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.85 
 
 		 212 aa  99.8  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.856573 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3512  transcriptional regulator  30.54 
 
 		 205 aa  99  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3225  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  32.84 
 
 		 199 aa  98.6  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6892  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.9 
 
 		 216 aa  97.8  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199077  normal  0.214366 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3387  negative transcriptional regulator  32.23 
 
 		 213 aa  97.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0131  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.07 
 
 		 210 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1155  negative transcriptional regulator  29.85 
 
 		 218 aa  96.3  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5057  negative transcriptional regulator  32.04 
 
 		 212 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0073129  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5505  transcriptional regulator, putative  31.1 
 
 		 212 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5889  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.66 
 
 		 207 aa  95.1  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0027  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 209 aa  94.4  9e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.467521 
 
 
-
 
NC_003296  RS01760  hypothetical protein  33.67 
 
 		 212 aa  93.6  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.233372 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0091  negative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 205 aa  93.2  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8096  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 207 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0621  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.47 
 
 		 196 aa  91.7  7e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.609776 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3668  negative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 251 aa  91.3  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2937  negative transcriptional regulator  30.41 
 
 		 223 aa  91.3  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4597  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.81 
 
 		 212 aa  90.5  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.300981  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3110  negative transcriptional regulator  31.41 
 
 		 212 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5257  negative transcriptional regulator  31.41 
 
 		 212 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2223  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.02 
 
 		 227 aa  90.1  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128259 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0540  negative transcriptional regulator  30.05 
 
 		 201 aa  89.4  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05365  normal  0.138094 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2794  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.53 
 
 		 214 aa  89  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3062  transcriptional regulator, putative  30.14 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1228  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0639  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1423  FMN-binding domain-containing protein  30.14 
 
 		 212 aa  88.6  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.607978  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1455  FMN-binding domain-containing protein  30.14 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0514  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 212 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1673  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.62 
 
 		 219 aa  88.6  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1557  transcriptional regulator PaiB-like protein  30.14 
 
 		 253 aa  88.6  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204051  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2006  transcriptional regulator, putative  30.62 
 
 		 219 aa  88.6  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3457  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 212 aa  88.6  6e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.693471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1141  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.16 
 
 		 212 aa  88.6  6e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101905 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4616  negative transcriptional regulator  31.94 
 
 		 212 aa  88.2  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0662  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 208 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4489  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 218 aa  87.8  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4524  negative transcriptional regulator  31.41 
 
 		 216 aa  87.4  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00396175 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2039  hypothetical protein  29.32 
 
 		 210 aa  87.8  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0396  negative transcriptional regulator  32.46 
 
 		 212 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2838  negative transcriptional regulator  30.35 
 
 		 200 aa  86.7  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0668939  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.71 
 
 		 223 aa  85.9  4e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5144  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.89 
 
 		 212 aa  85.9  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.081926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2445  negative transcriptional regulator  32.63 
 
 		 212 aa  85.1  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5016  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.94 
 
 		 212 aa  85.1  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.213786  normal  0.76718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0716  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.54 
 
 		 236 aa  85.1  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5850  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.72 
 
 		 212 aa  84.3  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.827228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4787  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.33 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2807  transcriptional regulator, putative  29.19 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.233937  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2821  transcriptional regulator, putative  30.05 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2433  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00303402  hitchhiker  0.0000000627876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0910  transcriptional regulator  31.41 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2763  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.19 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.124259 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3679  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.434689  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4171  negative transcriptional regulator  30.1 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2595  FMN-binding negative transcriptional regulator  28.43 
 
 		 212 aa  82.4  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.596063  normal  0.387645 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5118  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.55 
 
 		 209 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000184887  normal  0.127923 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6076  FMN-binding negative transcriptional regulator  27.49 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.69 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0083  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.05 
 
 		 200 aa  79.3  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4176  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.4 
 
 		 208 aa  78.6  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00181829  normal  0.167994 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>