135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2334 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2334  negative transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188338  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2407  negative transcriptional regulator  100 
 
 		 227 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1661  negative transcriptional regulator  92.51 
 
 		 227 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0096  FMN-binding negative transcriptional regulator  55.67 
 
 		 205 aa  245  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4259  FMN-binding negative transcriptional regulator  55.17 
 
 		 205 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0091  FMN-binding negative transcriptional regulator  55.67 
 
 		 205 aa  242  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0092  FMN-binding negative transcriptional regulator  55.17 
 
 		 205 aa  241  7e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2431  negative transcriptional regulator  50.74 
 
 		 206 aa  224  7e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0853  negative transcriptional regulator  44.33 
 
 		 205 aa  208  7e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1658  negative transcriptional regulator  46.48 
 
 		 219 aa  189  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3371  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.95 
 
 		 207 aa  187  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.721094  normal  0.299438 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3742  negative transcriptional regulator  41.21 
 
 		 201 aa  151  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3512  transcriptional regulator  38.73 
 
 		 205 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3511  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  38.5 
 
 		 199 aa  139  3e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3223  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.5 
 
 		 201 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.690612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5889  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.44 
 
 		 207 aa  137  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0823  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.5 
 
 		 217 aa  137  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00293061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3532  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  37.38 
 
 		 219 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2380  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.42 
 
 		 202 aa  135  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3311  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  38 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.262888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3571  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  38 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0131  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.32 
 
 		 210 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3225  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  38 
 
 		 199 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3526  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  37.5 
 
 		 199 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.02519 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0976  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.06 
 
 		 200 aa  132  5e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5057  negative transcriptional regulator  38.83 
 
 		 212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0073129  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5505  transcriptional regulator, putative  37.86 
 
 		 212 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2930  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 208 aa  128  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3707  negative transcriptional regulator  38.02 
 
 		 202 aa  128  9.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0908965 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0134  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.02 
 
 		 207 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.435875 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5634  negative transcriptional regulator  35.44 
 
 		 217 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166021  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0716  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.31 
 
 		 236 aa  125  5e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2794  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.82 
 
 		 214 aa  125  6e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0395  FMN-binding negative transcriptional regulator  38.07 
 
 		 224 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1997  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  35.55 
 
 		 207 aa  121  9e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3276  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.6 
 
 		 207 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0785112  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3283  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  35.55 
 
 		 207 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.896796  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3253  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.6 
 
 		 207 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0220  FMN-binding negative transcriptional regulator  34 
 
 		 204 aa  119  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0835  negative transcriptional regulator  35.15 
 
 		 205 aa  118  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.971312  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0083  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.52 
 
 		 200 aa  118  7.999999999999999e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3032  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.6 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.337577  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3265  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.6 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70003  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01760  hypothetical protein  36.6 
 
 		 212 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.233372 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2953  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  34.6 
 
 		 207 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.636626  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2223  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.17 
 
 		 227 aa  116  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128259 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3464  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.272985 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4536  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.856573 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2039  hypothetical protein  33.83 
 
 		 210 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4171  negative transcriptional regulator  36.19 
 
 		 213 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0275  negative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 214 aa  112  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.594714  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0910  transcriptional regulator  36.65 
 
 		 212 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1557  transcriptional regulator PaiB-like protein  36.6 
 
 		 253 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204051  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3110  negative transcriptional regulator  35.57 
 
 		 212 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5257  negative transcriptional regulator  35.57 
 
 		 212 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8096  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.23 
 
 		 207 aa  111  9e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3062  transcriptional regulator, putative  36.6 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126623  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1228  putative transcriptional regulator  36.6 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0639  putative transcriptional regulator  36.6 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1423  FMN-binding domain-containing protein  36.6 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.607978  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1455  FMN-binding domain-containing protein  36.6 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0514  putative transcriptional regulator  36.6 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.13 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5144  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.82 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.081926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2433  FMN-binding negative transcriptional regulator  34.3 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00303402  hitchhiker  0.0000000627876 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2807  transcriptional regulator, putative  34.3 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.233937  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4616  negative transcriptional regulator  34.3 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09790  putative transcriptional regulator  36.13 
 
 		 212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2763  FMN-binding negative transcriptional regulator  34.3 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.124259 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1673  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.82 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2006  transcriptional regulator, putative  33.82 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5075  FMN-binding negative transcriptional regulator  31.22 
 
 		 207 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4597  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.01 
 
 		 212 aa  109  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.300981  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5118  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.01 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000184887  normal  0.127923 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0396  negative transcriptional regulator  33.81 
 
 		 212 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5392  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.98 
 
 		 209 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104323 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4524  negative transcriptional regulator  32.06 
 
 		 216 aa  108  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00396175 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3457  FMN-binding negative transcriptional regulator  34.67 
 
 		 212 aa  108  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.693471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1332  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 207 aa  108  8.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0243  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.82 
 
 		 209 aa  107  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3744  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.24 
 
 		 214 aa  107  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5016  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.81 
 
 		 212 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.213786  normal  0.76718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5343  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.98 
 
 		 209 aa  106  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.85549  unclonable  0.000000472337 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2821  transcriptional regulator, putative  33.02 
 
 		 212 aa  106  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5252  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.98 
 
 		 209 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.593041 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6892  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.64 
 
 		 216 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199077  normal  0.214366 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4787  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  104  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2445  negative transcriptional regulator  35.12 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.941707 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0540  negative transcriptional regulator  33.51 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05365  normal  0.138094 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5850  FMN-binding negative transcriptional regulator  34.2 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.827228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0091  negative transcriptional regulator  32.86 
 
 		 205 aa  103  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2440  negative transcriptional regulator  31.16 
 
 		 232 aa  102  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0623285  normal  0.532082 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3668  negative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 251 aa  102  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3864  negative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 208 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2719  FMN-binding negative transcriptional regulator  33.16 
 
 		 211 aa  100  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.73362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2362  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.23 
 
 		 203 aa  101  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2937  negative transcriptional regulator  32.13 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4489  FMN-binding negative transcriptional regulator  29.36 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1405  FMN-binding negative transcriptional regulator  30.15 
 
 		 206 aa  99.8  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0027  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.8 
 
 		 209 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.467521 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>