135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4524 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4524  negative transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  448  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00396175 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3464  FMN-binding negative transcriptional regulator  76.19 
 
 		 212 aa  332  2e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.272985 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4536  FMN-binding negative transcriptional regulator  76.19 
 
 		 212 aa  332  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.856573 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4616  negative transcriptional regulator  74.29 
 
 		 212 aa  331  5e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5144  FMN-binding negative transcriptional regulator  74.29 
 
 		 212 aa  328  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.081926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3110  negative transcriptional regulator  74.29 
 
 		 212 aa  325  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5257  negative transcriptional regulator  74.29 
 
 		 212 aa  325  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1557  transcriptional regulator PaiB-like protein  71.43 
 
 		 253 aa  325  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.204051  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1423  FMN-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 212 aa  325  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.607978  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3062  transcriptional regulator, putative  71.43 
 
 		 212 aa  324  5e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.126623  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0396  negative transcriptional regulator  72.86 
 
 		 212 aa  324  5e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1228  putative transcriptional regulator  71.43 
 
 		 212 aa  324  5e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0639  putative transcriptional regulator  71.43 
 
 		 212 aa  324  5e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1455  FMN-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 212 aa  324  5e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0514  putative transcriptional regulator  71.43 
 
 		 212 aa  324  5e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5016  FMN-binding negative transcriptional regulator  73.81 
 
 		 212 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.213786  normal  0.76718 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2821  transcriptional regulator, putative  70 
 
 		 212 aa  321  4e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2039  hypothetical protein  71.22 
 
 		 210 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5850  FMN-binding negative transcriptional regulator  69.05 
 
 		 212 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.827228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09790  putative transcriptional regulator  69.95 
 
 		 212 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01760  hypothetical protein  72.68 
 
 		 212 aa  311  3.9999999999999997e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.233372 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3457  FMN-binding negative transcriptional regulator  69.52 
 
 		 212 aa  310  7.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.693471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0910  transcriptional regulator  67.49 
 
 		 212 aa  304  7e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4832  FMN-binding negative transcriptional regulator  68.4 
 
 		 212 aa  300  8.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3490  Negative transcriptional regulator  61.84 
 
 		 216 aa  276  2e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6892  FMN-binding negative transcriptional regulator  64.29 
 
 		 216 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.199077  normal  0.214366 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2223  FMN-binding negative transcriptional regulator  61.08 
 
 		 227 aa  268  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0128259 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4171  negative transcriptional regulator  62.07 
 
 		 213 aa  266  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2937  negative transcriptional regulator  60.83 
 
 		 223 aa  263  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2440  negative transcriptional regulator  56.65 
 
 		 232 aa  234  5.0000000000000005e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0623285  normal  0.532082 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1405  FMN-binding negative transcriptional regulator  56.65 
 
 		 206 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3744  FMN-binding negative transcriptional regulator  48.61 
 
 		 214 aa  209  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1673  FMN-binding negative transcriptional regulator  49.04 
 
 		 219 aa  208  6e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.883741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2006  transcriptional regulator, putative  49.04 
 
 		 219 aa  208  6e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0091  negative transcriptional regulator  54.75 
 
 		 205 aa  205  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2807  transcriptional regulator, putative  47.44 
 
 		 218 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.233937  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2763  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.44 
 
 		 218 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.124259 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2433  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.44 
 
 		 218 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00303402  hitchhiker  0.0000000627876 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3387  negative transcriptional regulator  48.82 
 
 		 213 aa  202  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6076  FMN-binding negative transcriptional regulator  48.98 
 
 		 214 aa  199  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0027  FMN-binding negative transcriptional regulator  51.61 
 
 		 209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.467521 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4337  FMN-binding negative transcriptional regulator  48 
 
 		 216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5634  negative transcriptional regulator  51.04 
 
 		 217 aa  194  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166021  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4597  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.4 
 
 		 212 aa  190  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.300981  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0134  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.52 
 
 		 207 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.435875 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0662  FMN-binding negative transcriptional regulator  47.24 
 
 		 208 aa  182  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2930  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.13 
 
 		 208 aa  181  5.0000000000000004e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0131  FMN-binding negative transcriptional regulator  45.41 
 
 		 210 aa  181  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3707  negative transcriptional regulator  44.1 
 
 		 202 aa  181  8.000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0908965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5057  negative transcriptional regulator  45.31 
 
 		 212 aa  179  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0073129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3644  transcriptional regulator protein  47.12 
 
 		 212 aa  178  4.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6596  FMN-binding negative transcriptional regulator  46.77 
 
 		 211 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127183  normal  0.105964 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0275  negative transcriptional regulator  42.11 
 
 		 214 aa  173  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.594714  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5505  transcriptional regulator, putative  43.75 
 
 		 212 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5392  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 209 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0104323 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1155  negative transcriptional regulator  45.54 
 
 		 218 aa  169  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5118  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.16 
 
 		 209 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000184887  normal  0.127923 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.36 
 
 		 210 aa  168  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5343  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.85549  unclonable  0.000000472337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5252  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.75 
 
 		 209 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.593041 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3864  negative transcriptional regulator  43.81 
 
 		 208 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2719  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.35 
 
 		 211 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.73362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8096  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.43 
 
 		 207 aa  161  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4176  FMN-binding negative transcriptional regulator  43.3 
 
 		 208 aa  161  7e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00181829  normal  0.167994 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1466  FMN-binding negative transcriptional regulator  41.04 
 
 		 223 aa  161  9e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1332  FMN-binding negative transcriptional regulator  40.2 
 
 		 207 aa  159  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50195  predicted protein  38.39 
 
 		 221 aa  158  5e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.273335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2455  negative transcriptional regulator  43.59 
 
 		 207 aa  156  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.361522  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1141  FMN-binding negative transcriptional regulator  44.1 
 
 		 212 aa  154  8e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101905 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3668  negative transcriptional regulator  37.44 
 
 		 251 aa  152  5e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2380  FMN-binding negative transcriptional regulator  40.93 
 
 		 202 aa  147  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0976  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.58 
 
 		 200 aa  145  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.170133 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5075  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.49 
 
 		 207 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0395  FMN-binding negative transcriptional regulator  36.95 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0083  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.79 
 
 		 200 aa  134  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0243  FMN-binding negative transcriptional regulator  39.29 
 
 		 209 aa  132  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4787  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.56 
 
 		 218 aa  128  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.560918 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3512  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3641  negative transcriptional regulator  32.51 
 
 		 210 aa  123  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.691719  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0091  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.9 
 
 		 205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0096  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 205 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0853  negative transcriptional regulator  35.75 
 
 		 205 aa  116  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4259  FMN-binding negative transcriptional regulator  35.38 
 
 		 205 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0540  negative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 201 aa  115  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.05365  normal  0.138094 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0092  FMN-binding negative transcriptional regulator  34.87 
 
 		 205 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006681  CNL06510  conserved hypothetical protein  34.18 
 
 		 247 aa  114  8.999999999999998e-25  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.962435  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3225  transcriptional repressor of sporulation and protease synthase  32.52 
 
 		 199 aa  112  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1997  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  30.1 
 
 		 207 aa  111  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3311  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.7 
 
 		 199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.262888  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3571  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.7 
 
 		 199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.264459  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3526  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.7 
 
 		 199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.02519 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3371  FMN-binding negative transcriptional regulator  34.5 
 
 		 207 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.721094  normal  0.299438 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1658  negative transcriptional regulator  35.27 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.978613 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3223  FMN-binding negative transcriptional regulator  32.14 
 
 		 201 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.690612  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2334  negative transcriptional regulator  32.06 
 
 		 227 aa  108  6e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0188338  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2407  negative transcriptional regulator  32.06 
 
 		 227 aa  108  6e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.103505 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3276  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.43 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0785112  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3511  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  33.7 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3253  protease synthase and sporulation negative regulatory protein PAI 2  32.43 
 
 		 207 aa  107  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0621  FMN-binding negative transcriptional regulator  37.01 
 
 		 196 aa  106  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.609776 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>