More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3013 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 289 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  61.79 
 
 		 288 aa  363  1e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 288 aa  293  3e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  49.1 
 
 		 288 aa  285  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  49.83 
 
 		 286 aa  285  5.999999999999999e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  48.74 
 
 		 288 aa  285  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  48.38 
 
 		 288 aa  285  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  48.38 
 
 		 288 aa  283  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  47.4 
 
 		 288 aa  281  1e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 289 aa  278  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 288 aa  257  1e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  42.76 
 
 		 286 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 289 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 289 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  43.09 
 
 		 255 aa  223  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  39.07 
 
 		 279 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 279 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  40.65 
 
 		 284 aa  208  9e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  40.23 
 
 		 265 aa  202  7e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  35.99 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 296 aa  182  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  49.68 
 
 		 160 aa  162  7e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  49.68 
 
 		 160 aa  162  7e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  49.68 
 
 		 160 aa  162  7e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  49.68 
 
 		 160 aa  162  7e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  49.68 
 
 		 160 aa  162  7e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  31.04 
 
 		 350 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  49.68 
 
 		 160 aa  162  8.000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  49.68 
 
 		 160 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  49.68 
 
 		 160 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  48.41 
 
 		 160 aa  159  5e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 326 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  30.3 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  28.82 
 
 		 297 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  26.62 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  27.7 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.81 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  27.33 
 
 		 308 aa  113  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0140  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.877598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  27.76 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2929  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0126  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436666  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  29.14 
 
 		 289 aa  110  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3953  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 287 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0509927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0946  transcriptional regulator, AraC family  29.86 
 
 		 286 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584518  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 296 aa  105  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 296 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 296 aa  102  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  28.33 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  27.99 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  25.16 
 
 		 326 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 288 aa  92.4  8e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 300 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 300 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 295 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  28.94 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 300 aa  89  8e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  40.57 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  85.9  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  26.67 
 
 		 288 aa  85.9  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  26.67 
 
 		 288 aa  85.9  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  25.97 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  25.97 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  25.97 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  25.97 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  25.97 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  25.97 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>