More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2297 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  100 
 
 
309 aa  620  1e-177  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  67.76 
 
 
314 aa  422  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  63.61 
 
 
315 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  62.21 
 
 
320 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  61.87 
 
 
320 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  59.2 
 
 
306 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  63.21 
 
 
328 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  59.2 
 
 
306 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  59.2 
 
 
306 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  59.2 
 
 
306 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  59.2 
 
 
306 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3470  ribokinase  64.9 
 
 
315 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.973567  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3738  carbohydrate kinase  64.9 
 
 
315 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0822309  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6950  ribokinase  62.21 
 
 
308 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  54.46 
 
 
306 aa  362  6e-99  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  7.20941e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1257  ribokinase  59.41 
 
 
310 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1183  ribokinase  59.41 
 
 
310 aa  359  4e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.451251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2451  ribokinase  59.08 
 
 
344 aa  355  4e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.909418  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1554  ribokinase  58.28 
 
 
310 aa  348  8e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4487  carbohydrate kinase, PfkB  61.33 
 
 
308 aa  338  9e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  42.38 
 
 
310 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  42.52 
 
 
312 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  41.83 
 
 
308 aa  216  3e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  43.19 
 
 
308 aa  212  5e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  42.52 
 
 
308 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  42.67 
 
 
308 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  40.59 
 
 
302 aa  206  4e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  42.67 
 
 
308 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  42.62 
 
 
309 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  37.58 
 
 
311 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  42.95 
 
 
309 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  40.26 
 
 
306 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  40.67 
 
 
302 aa  201  1e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  40.33 
 
 
302 aa  201  1e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  42.67 
 
 
309 aa  201  1e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  40 
 
 
302 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  40.27 
 
 
299 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  37.06 
 
 
345 aa  197  2e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  40 
 
 
302 aa  197  2e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  36.96 
 
 
304 aa  196  4e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  40.73 
 
 
306 aa  195  7e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  43.92 
 
 
308 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  39.2 
 
 
305 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  40.83 
 
 
295 aa  192  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  36.33 
 
 
309 aa  190  3e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  37.67 
 
 
301 aa  189  4e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  36.42 
 
 
304 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  39.07 
 
 
310 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  36.42 
 
 
304 aa  187  2e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  39.07 
 
 
307 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  38.08 
 
 
308 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  39.33 
 
 
305 aa  186  4e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  39.07 
 
 
305 aa  186  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  37.38 
 
 
308 aa  184  1e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  40.59 
 
 
305 aa  184  1e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  38.54 
 
 
316 aa  184  2e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  43.49 
 
 
297 aa  182  5e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  35.49 
 
 
398 aa  182  7e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  40.2 
 
 
306 aa  182  7e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  42.07 
 
 
305 aa  181  1e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  36.63 
 
 
308 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  43 
 
 
308 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  36.63 
 
 
308 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  36.63 
 
 
308 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  41.67 
 
 
311 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  43.33 
 
 
308 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  43.33 
 
 
308 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  39.12 
 
 
317 aa  181  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  36.42 
 
 
307 aa  179  4e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5194  ribokinase  40 
 
 
328 aa  179  4e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0135726  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  35.49 
 
 
403 aa  178  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  41.33 
 
 
311 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  41.33 
 
 
311 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  41.67 
 
 
309 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  37.37 
 
 
307 aa  177  3e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  1.50833e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  36.69 
 
 
307 aa  177  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  34.86 
 
 
308 aa  176  3e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  2.34776e-14 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  37.62 
 
 
308 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  37.7 
 
 
308 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  39.68 
 
 
305 aa  176  6e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  39.46 
 
 
302 aa  175  9e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  33.77 
 
 
308 aa  175  1e-42  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  42.27 
 
 
310 aa  174  2e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  42 
 
 
304 aa  174  2e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  38.61 
 
 
309 aa  173  3e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  38.61 
 
 
309 aa  173  4e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  38.61 
 
 
309 aa  173  4e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  38.61 
 
 
309 aa  173  4e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  37.24 
 
 
403 aa  172  7e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  37.95 
 
 
309 aa  172  7e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  37.95 
 
 
309 aa  172  7e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  37.95 
 
 
309 aa  172  7e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  38.61 
 
 
309 aa  172  7e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  37.95 
 
 
309 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  37.95 
 
 
309 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  37.95 
 
 
314 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1802  ribokinase family sugar kinase  37.46 
 
 
306 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00331295  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  38.74 
 
 
297 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  40.85 
 
 
299 aa  171  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  37.95 
 
 
309 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>