More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3000 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  97.08 
 
 		 308 aa  608  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  89.94 
 
 		 308 aa  567  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.81 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  218  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.14 
 
 		 308 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.22 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.47 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 		 303 aa  216  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.47 
 
 		 308 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.13 
 
 		 305 aa  215  9e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.36 
 
 		 314 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.88 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.8 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.93 
 
 		 306 aa  212  7e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.47 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.59 
 
 		 302 aa  209  6e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.14 
 
 		 307 aa  209  6e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  39.19 
 
 		 306 aa  206  5e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.47 
 
 		 300 aa  202  7e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  39.03 
 
 		 315 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.88 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.46 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 311 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 317 aa  182  5.0000000000000004e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.6 
 
 		 334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.74 
 
 		 320 aa  179  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 314 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0325  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.27 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.73 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0909  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2456  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4611  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.26 
 
 		 322 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0187  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 		 320 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163484  normal  0.742641 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 297 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01684  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 		 313 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.7 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.93 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 294 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 305 aa  169  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0181  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.8 
 
 		 320 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.07 
 
 		 294 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4017  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 296 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.292779 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2650  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 310 aa  168  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.26 
 
 		 348 aa  168  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>