More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1012 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  85.42 
 
 		 432 aa  730    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  99.07 
 
 		 430 aa  848    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  75.3 
 
 		 423 aa  641    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 430 aa  854    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  75.12 
 
 		 435 aa  664    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  74.76 
 
 		 443 aa  624  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  74.76 
 
 		 423 aa  623  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  73.88 
 
 		 423 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  73.88 
 
 		 423 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  73.88 
 
 		 423 aa  617  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  55.29 
 
 		 433 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  55.29 
 
 		 433 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  55.21 
 
 		 435 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  51.29 
 
 		 429 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  56.11 
 
 		 430 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  48.96 
 
 		 433 aa  438  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  52.21 
 
 		 434 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  52.21 
 
 		 434 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  52.21 
 
 		 434 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  49.65 
 
 		 433 aa  435  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  52.21 
 
 		 434 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  52.21 
 
 		 434 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  51.79 
 
 		 433 aa  431  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  50.84 
 
 		 474 aa  432  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  51.79 
 
 		 430 aa  431  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  48.45 
 
 		 433 aa  428  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  52.27 
 
 		 436 aa  431  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  55.75 
 
 		 411 aa  431  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  48.45 
 
 		 434 aa  428  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  49.77 
 
 		 434 aa  431  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  48.45 
 
 		 434 aa  428  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  49.65 
 
 		 472 aa  425  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  49.65 
 
 		 472 aa  425  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  49.64 
 
 		 432 aa  427  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  49.19 
 
 		 433 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  49.65 
 
 		 432 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  48.85 
 
 		 432 aa  423  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  49.65 
 
 		 432 aa  422  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.591703 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  49.65 
 
 		 432 aa  422  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  53.22 
 
 		 436 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  48.84 
 
 		 432 aa  422  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  49.65 
 
 		 432 aa  422  1e-117  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  49.65 
 
 		 432 aa  422  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  47.38 
 
 		 436 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  47.03 
 
 		 433 aa  399  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  47.38 
 
 		 436 aa  400  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  45.61 
 
 		 452 aa  391  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  45.61 
 
 		 452 aa  391  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  47.8 
 
 		 435 aa  385  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  46.65 
 
 		 435 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  46.65 
 
 		 435 aa  384  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  47.16 
 
 		 433 aa  384  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  46.65 
 
 		 435 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  44.88 
 
 		 425 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  44.88 
 
 		 425 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  49.03 
 
 		 427 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  46.45 
 
 		 432 aa  374  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  38.6 
 
 		 424 aa  266  4e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  38.02 
 
 		 428 aa  261  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  35.4 
 
 		 441 aa  248  1e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  36.93 
 
 		 434 aa  247  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  35.56 
 
 		 426 aa  237  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  34.76 
 
 		 430 aa  236  5.0000000000000005e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  37.13 
 
 		 425 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  35.17 
 
 		 430 aa  236  7e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  36 
 
 		 432 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  34.57 
 
 		 432 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  35.48 
 
 		 431 aa  232  9e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  35.9 
 
 		 449 aa  231  2e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  34.14 
 
 		 441 aa  229  5e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  33.95 
 
 		 431 aa  229  6e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  33.75 
 
 		 436 aa  229  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  32.8 
 
 		 424 aa  228  1e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  34.47 
 
 		 439 aa  227  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  34.14 
 
 		 440 aa  226  9e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  34.93 
 
 		 424 aa  223  4.9999999999999996e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  33.25 
 
 		 429 aa  219  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  32.72 
 
 		 430 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  32.43 
 
 		 430 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  32.43 
 
 		 430 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  33.16 
 
 		 430 aa  216  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  34.16 
 
 		 427 aa  216  8e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  31.94 
 
 		 430 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  32.22 
 
 		 429 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  33.74 
 
 		 433 aa  211  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  34.01 
 
 		 453 aa  199  7e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  30.99 
 
 		 454 aa  196  8.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  31.36 
 
 		 429 aa  189  9e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  32.07 
 
 		 441 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  32.33 
 
 		 439 aa  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  32.58 
 
 		 442 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4907  major facilitator transporter  32.33 
 
 		 445 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02990  putative MFS transporter  32.26 
 
 		 441 aa  187  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0325  MFS family transporter  32.35 
 
 		 442 aa  186  9e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.334434  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  30.85 
 
 		 449 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4122  D-galactonate transporter  30.84 
 
 		 436 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0101407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3239  major facilitator transporter  32 
 
 		 441 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.935103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4873  major facilitator transporter  33.95 
 
 		 501 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103797  normal  0.996153 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  30.32 
 
 		 420 aa  184  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  31.75 
 
 		 441 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>