More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2023 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2023  prephenate dehydrogenase  100 
 
 
328 aa  660    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000998915 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2997  prephenate dehydrogenase  90.52 
 
 
328 aa  600  1.0000000000000001e-171  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  0.0386935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3803  Prephenate dehydrogenase  60.76 
 
 
322 aa  387  1e-106  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000296114  normal  0.352645 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4079  prephenate dehydrogenase  56.95 
 
 
330 aa  331  1e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  38.02 
 
 
364 aa  200  3e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  40.76 
 
 
367 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  39.79 
 
 
286 aa  187  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  39.58 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  36.91 
 
 
319 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1803  Prephenate dehydrogenase  41.03 
 
 
373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.411636  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  32.7 
 
 
365 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  37.92 
 
 
293 aa  178  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  37.92 
 
 
293 aa  178  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  34.56 
 
 
299 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2695  prephenate dehydrogenase  35.66 
 
 
366 aa  176  4e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  38.33 
 
 
288 aa  176  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  36.49 
 
 
288 aa  176  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  39.1 
 
 
289 aa  175  7e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2995  prephenate dehydrogenase  35.31 
 
 
378 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.15809  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2954  prephenate dehydrogenase  35.31 
 
 
378 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.140403  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2745  prephenate dehydrogenase  35.31 
 
 
366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2674  prephenate dehydrogenase  35.31 
 
 
366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2954  prephenate dehydrogenase  35.31 
 
 
366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.0651000000000002e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3001  prephenate dehydrogenase  35.66 
 
 
366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000103153  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  41.24 
 
 
298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2957  prephenate dehydrogenase  35.66 
 
 
366 aa  172  5e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  40.51 
 
 
364 aa  172  7.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  38.54 
 
 
321 aa  169  6e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  40.77 
 
 
292 aa  169  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2283  prephenate dehydrogenase  34.97 
 
 
366 aa  169  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000918278 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  37.93 
 
 
286 aa  169  7e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  34.39 
 
 
367 aa  169  8e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  38.19 
 
 
321 aa  169  8e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2748  prephenate dehydrogenase  34.04 
 
 
369 aa  168  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  37.59 
 
 
286 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1333  prephenate dehydrogenase  36.93 
 
 
375 aa  166  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000339582  normal  0.134491 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0483  prephenate dehydrogenase  36.77 
 
 
367 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  39.93 
 
 
334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  37.89 
 
 
286 aa  165  9e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  36.46 
 
 
286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  37.85 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  37.02 
 
 
307 aa  164  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1455  prephenate dehydrogenase  31.74 
 
 
363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1426  prephenate dehydrogenase  31.74 
 
 
363 aa  163  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.81 
 
 
742 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  39.66 
 
 
295 aa  162  9e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  36.46 
 
 
287 aa  162  9e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  37.32 
 
 
312 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.62 
 
 
311 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.04 
 
 
746 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  33.22 
 
 
286 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.62 
 
 
311 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  37.29 
 
 
297 aa  161  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.49 
 
 
311 aa  161  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  36.49 
 
 
293 aa  160  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  39.72 
 
 
288 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  33.72 
 
 
280 aa  159  5e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3737  Prephenate dehydrogenase  38.62 
 
 
356 aa  159  7e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0795194 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  36.11 
 
 
293 aa  159  8e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  35.56 
 
 
311 aa  159  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  37.79 
 
 
302 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  38.81 
 
 
298 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.8 
 
 
748 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0936  prephenate dehydrogenase  30.84 
 
 
362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.68 
 
 
311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2881  Prephenate dehydrogenase  28.8 
 
 
366 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.37 
 
 
735 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  37.85 
 
 
302 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  37.59 
 
 
291 aa  154  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  41.41 
 
 
310 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  40.69 
 
 
296 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1349  prephenate dehydrogenase  33.68 
 
 
334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000774575  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.59 
 
 
308 aa  153  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0497  prephenate dehydrogenase  36.97 
 
 
293 aa  153  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0756332  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  37.89 
 
 
292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1426  prephenate dehydrogenase  33.81 
 
 
280 aa  152  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000102552  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  40.61 
 
 
308 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10360  Prephenate dehydrogenase  31.52 
 
 
291 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165281  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.28 
 
 
752 aa  151  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  35.64 
 
 
534 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.5 
 
 
746 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1040  prephenate dehydrogenase  34.71 
 
 
370 aa  149  6e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0214321 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.86 
 
 
314 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.24 
 
 
746 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  37.5 
 
 
535 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  37.76 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  33.45 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.15 
 
 
313 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.89 
 
 
746 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.01 
 
 
746 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  39.79 
 
 
308 aa  146  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  38.74 
 
 
329 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  38.74 
 
 
329 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.81 
 
 
319 aa  145  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.54 
 
 
746 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  35.21 
 
 
310 aa  145  9e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  40.2 
 
 
322 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3393  Prephenate dehydrogenase  34.15 
 
 
303 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.59 
 
 
750 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  40.07 
 
 
313 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>