More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4736 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
304 aa  618  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  91.12 
 
 
304 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.21 
 
 
304 aa  542  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.21 
 
 
304 aa  542  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.54 
 
 
304 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.54 
 
 
304 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.21 
 
 
304 aa  541  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.21 
 
 
304 aa  541  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  84.54 
 
 
304 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  83.28 
 
 
305 aa  531  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  82.3 
 
 
305 aa  526  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  81.64 
 
 
305 aa  524  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  82.3 
 
 
305 aa  524  1e-148  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.17 
 
 
303 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.17 
 
 
303 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.17 
 
 
303 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.84 
 
 
303 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.5 
 
 
303 aa  472  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.17 
 
 
303 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.17 
 
 
303 aa  470  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.18 
 
 
303 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  73.18 
 
 
303 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.86 
 
 
303 aa  448  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.1 
 
 
303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  70.2 
 
 
303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.54 
 
 
303 aa  447  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.76 
 
 
328 aa  435  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.44 
 
 
303 aa  429  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.44 
 
 
303 aa  429  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  66.56 
 
 
303 aa  427  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  57 
 
 
312 aa  354  8.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  57 
 
 
312 aa  354  8.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.86 
 
 
313 aa  351  8.999999999999999e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.85 
 
 
311 aa  345  4e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.52 
 
 
336 aa  343  1e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.33 
 
 
307 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.32 
 
 
308 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.04 
 
 
301 aa  321  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.68 
 
 
301 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.2 
 
 
301 aa  318  1e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.34 
 
 
301 aa  313  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.31 
 
 
307 aa  311  7.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.51 
 
 
301 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.17 
 
 
301 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.38 
 
 
304 aa  297  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.03 
 
 
304 aa  287  1e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.68 
 
 
301 aa  280  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.68 
 
 
304 aa  279  4e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.01 
 
 
304 aa  279  5e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.11 
 
 
304 aa  276  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.62 
 
 
321 aa  233  4.0000000000000004e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  43.84 
 
 
301 aa  227  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  41.75 
 
 
321 aa  224  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  41.84 
 
 
311 aa  219  5e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  42.07 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.72 
 
 
301 aa  216  5e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  38.8 
 
 
308 aa  202  4e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.14 
 
 
330 aa  199  7e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.39 
 
 
326 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.1 
 
 
313 aa  189  5e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.3 
 
 
301 aa  181  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.33 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  58.65 
 
 
199 aa  161  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  38.57 
 
 
306 aa  161  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.59 
 
 
291 aa  150  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  29.97 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1838  dihydrodipicolinate synthetase  27.95 
 
 
306 aa  108  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  26.42 
 
 
293 aa  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  28.87 
 
 
293 aa  106  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  31.91 
 
 
298 aa  105  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2861  dihydrodipicolinate synthase  27.27 
 
 
298 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.224352  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4192  dihydrodipicolinate synthase  31.99 
 
 
295 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  26.09 
 
 
293 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  27.97 
 
 
291 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4217  dihydrodipicolinate synthase  31.97 
 
 
295 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00266238  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  25.43 
 
 
293 aa  103  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000015991  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5061  dihydrodipicolinate synthase  27.67 
 
 
297 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5532  dihydrodipicolinate synthetase  29.45 
 
 
301 aa  102  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1402  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 
292 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000702013  hitchhiker  4.69848e-20 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3650  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 
292 aa  102  7e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3540  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 
292 aa  102  7e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00322291  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3558  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 
292 aa  102  7e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.238358  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  27.27 
 
 
294 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3810  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 
292 aa  102  7e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.27976e-50 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5278  dihydrodipicolinate synthetase  27.89 
 
 
303 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.995462 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3897  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 
292 aa  102  7e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3935  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 
292 aa  102  7e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000721965  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3846  dihydrodipicolinate synthase  27.4 
 
 
292 aa  102  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000642983  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4753  dihydrodipicolinate synthetase  28.33 
 
 
305 aa  102  8e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102033  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2517  dihydrodipicolinate synthetase  27.61 
 
 
309 aa  101  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.35455  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4069  dihydrodipicolinate synthase  31.62 
 
 
295 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  27.52 
 
 
292 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  29.11 
 
 
301 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4436  dihydrodipicolinate synthetase  26.74 
 
 
311 aa  101  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0722382  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3229  dihydrodipicolinate synthetase  28.28 
 
 
292 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.837528  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2641  dihydrodipicolinate synthase  26.94 
 
 
298 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.267093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2832  dihydrodipicolinate synthase  26.94 
 
 
298 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.152609  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  30.51 
 
 
290 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  30.51 
 
 
290 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2838  dihydrodipicolinate synthase  26.94 
 
 
298 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000864796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>