More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4622 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0865  dihydroorotate dehydrogenase 2  92.58 
 
 		 364 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.207108  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4622  dihydroorotate dehydrogenase 2  100 
 
 		 364 aa  716    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0755  dihydroorotate dehydrogenase 2  89.84 
 
 		 364 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.263292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0788  dihydroorotate dehydrogenase 2  95.6 
 
 		 364 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.564423 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0793  dihydroorotate dehydrogenase 2  85.99 
 
 		 364 aa  634    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.01088 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0464  dihydroorotate dehydrogenase 2  83.24 
 
 		 364 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0555  dihydroorotate dehydrogenase 2  82.37 
 
 		 364 aa  606  9.999999999999999e-173  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3807  dihydroorotate dehydrogenase  63.35 
 
 		 374 aa  429  1e-119  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0649715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2382  dihydroorotate dehydrogenase 2  59.26 
 
 		 358 aa  382  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2058  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.26 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2106  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.97 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121785 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1068  dihydroorotate oxidase  59.54 
 
 		 361 aa  367  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.108109 
 
 
-
 
NC_004310  BR0311  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.6 
 
 		 364 aa  363  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0325  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.6 
 
 		 364 aa  363  2e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4535  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.51 
 
 		 359 aa  362  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.764504  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0586  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.11 
 
 		 363 aa  358  9e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0404  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.87 
 
 		 364 aa  352  5e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.15486  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0547  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.9 
 
 		 358 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.110484 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0437  dihydroorotate dehydrogenase  54.83 
 
 		 348 aa  348  1e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0193  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.69 
 
 		 362 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0222  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.84 
 
 		 362 aa  332  8e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0094  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.57 
 
 		 363 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0388  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.47 
 
 		 354 aa  330  3e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0056  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.72 
 
 		 357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.183663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3258  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.87 
 
 		 359 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0193  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.01 
 
 		 349 aa  324  1e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0161  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.7 
 
 		 362 aa  323  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.46747  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0293  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.29 
 
 		 362 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2920  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.67 
 
 		 356 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.818371 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1550  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.29 
 
 		 352 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  0.477736 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2963  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.53 
 
 		 348 aa  305  7e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.013734 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0514  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.72 
 
 		 367 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.72272  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1239  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.57 
 
 		 355 aa  300  3e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_13090  dihydroorotate dehydrogenase  47.91 
 
 		 384 aa  300  3e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00338155 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3012  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.71 
 
 		 355 aa  295  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.294679  normal  0.208267 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0847  dihydroorotate dehydrogenase 2  50 
 
 		 352 aa  293  3e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.211753  normal  0.196757 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0518  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.57 
 
 		 343 aa  291  9e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.565795 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0680  dihydroorotate dehydrogenase 2  48 
 
 		 356 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.233007 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1961  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.58 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.779789  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2884  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.44 
 
 		 352 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.604119  normal  0.126993 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0957  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.42 
 
 		 354 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2617  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.42 
 
 		 354 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2593  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.38 
 
 		 335 aa  280  4e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144879  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2706  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.6 
 
 		 349 aa  277  3e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2471  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.56 
 
 		 363 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.325849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2701  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.4 
 
 		 361 aa  276  4e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2220  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.13 
 
 		 339 aa  275  7e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3190  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.35 
 
 		 343 aa  275  8e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.924979  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5856  dihydroorotate dehydrogenase  46.15 
 
 		 349 aa  273  4.0000000000000004e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08446  dihydroorotate dehydrogenase  46.47 
 
 		 339 aa  272  5.000000000000001e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0981  dihydroorotate dehydrogenase  47.46 
 
 		 357 aa  272  6e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0178  dihydroorotate dehydrogenase 2  40.74 
 
 		 350 aa  272  7e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2566  dihydroorotate dehydrogenase 2  50 
 
 		 364 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.06304  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2662  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.14 
 
 		 364 aa  271  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.545588  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2058  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.91 
 
 		 351 aa  271  2e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2166  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.6 
 
 		 348 aa  270  2.9999999999999997e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.684778  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2143  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.6 
 
 		 351 aa  269  5e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00808  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.87 
 
 		 351 aa  269  7e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.353317  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1730  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.37 
 
 		 339 aa  268  1e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1098  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.55 
 
 		 336 aa  268  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.730125  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0934  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.98 
 
 		 344 aa  267  2e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0940  dihydroorotate dehydrogenase 2  39.89 
 
 		 350 aa  267  2e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.365408  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48900  predicted protein  42.78 
 
 		 456 aa  266  5e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1738  dihydroorotate oxidase  47.51 
 
 		 346 aa  266  5e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1266  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.67 
 
 		 344 aa  265  8.999999999999999e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.568421 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0179  dihydroorotate dehydrogenase  43.39 
 
 		 348 aa  265  8.999999999999999e-70  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1294  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.56 
 
 		 364 aa  264  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0506  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.04 
 
 		 337 aa  265  1e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0500  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.47 
 
 		 361 aa  263  4.999999999999999e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.814965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2210  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.69 
 
 		 344 aa  262  8e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.229719  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1101  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.9 
 
 		 344 aa  261  8.999999999999999e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2437  dihydroorotate oxidase  45.5 
 
 		 367 aa  261  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.131988 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0019  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.18 
 
 		 360 aa  261  2e-68  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.146471  normal  0.113107 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1784  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.36 
 
 		 333 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1549  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.03 
 
 		 336 aa  261  2e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1284  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.59 
 
 		 344 aa  260  3e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.718117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1984  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.11 
 
 		 336 aa  260  3e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2644  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.11 
 
 		 336 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178452  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2490  dihydroorotate oxidase  46.22 
 
 		 352 aa  260  3e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.243938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2555  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.11 
 
 		 336 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.982288  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2138  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.95 
 
 		 344 aa  259  4e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1785  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.06 
 
 		 333 aa  259  5.0000000000000005e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1681  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.98 
 
 		 339 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0429717  normal  0.0725537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1756  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.98 
 
 		 339 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.341837  normal  0.144271 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2860  dihydroorotate oxidase  46.46 
 
 		 361 aa  259  6e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2432  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.48 
 
 		 339 aa  258  8e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.160194  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1786  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.98 
 
 		 339 aa  258  8e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287133  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0263  dihydroorotate dehydrogenase  42.37 
 
 		 355 aa  258  9e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.519047  normal  0.910873 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1912  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.48 
 
 		 339 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.103041  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1457  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.03 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2194  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.77 
 
 		 339 aa  258  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1740  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.21 
 
 		 336 aa  257  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0560923  normal  0.0257615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2592  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.53 
 
 		 339 aa  257  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2552  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.48 
 
 		 339 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.050028 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1750  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.61 
 
 		 339 aa  257  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02009  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.42 
 
 		 331 aa  257  3e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0256343  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1157  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.03 
 
 		 357 aa  257  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1724  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.97 
 
 		 351 aa  256  3e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2439  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.18 
 
 		 339 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1876  dihydroorotate dehydrogenase  42.28 
 
 		 363 aa  256  5e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.821309  normal  0.481638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>