More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2884 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2884  dihydroorotate dehydrogenase 2  100 
 
 		 352 aa  685    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.604119  normal  0.126993 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3012  dihydroorotate dehydrogenase 2  67.23 
 
 		 355 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.294679  normal  0.208267 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0957  dihydroorotate dehydrogenase 2  68.08 
 
 		 354 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2617  dihydroorotate dehydrogenase 2  68.08 
 
 		 354 aa  448  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1550  dihydroorotate dehydrogenase 2  65.72 
 
 		 352 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  0.477736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0847  dihydroorotate dehydrogenase 2  66.57 
 
 		 352 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.211753  normal  0.196757 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2963  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.86 
 
 		 348 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.013734 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0222  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.06 
 
 		 362 aa  332  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0193  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.4 
 
 		 362 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_004310  BR0311  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.25 
 
 		 364 aa  328  7e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0325  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.25 
 
 		 364 aa  328  7e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0094  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.57 
 
 		 363 aa  328  7e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0404  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.23 
 
 		 364 aa  322  6e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.15486  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0161  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.41 
 
 		 362 aa  321  9.999999999999999e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.46747  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2382  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.82 
 
 		 358 aa  306  3e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2106  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.53 
 
 		 358 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121785 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0680  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.51 
 
 		 356 aa  302  6.000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.233007 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0293  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.19 
 
 		 362 aa  301  8.000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2058  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.46 
 
 		 358 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0193  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.71 
 
 		 349 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4535  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.96 
 
 		 359 aa  300  3e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.764504  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0056  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.8 
 
 		 357 aa  299  5e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.183663 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0586  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.07 
 
 		 363 aa  298  8e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0514  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.14 
 
 		 367 aa  295  7e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.72272  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0547  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.91 
 
 		 358 aa  294  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.110484 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_13090  dihydroorotate dehydrogenase  48.27 
 
 		 384 aa  294  2e-78  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00338155 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0437  dihydroorotate dehydrogenase  53.09 
 
 		 348 aa  294  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3807  dihydroorotate dehydrogenase  51.86 
 
 		 374 aa  292  6e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0649715 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0793  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.9 
 
 		 364 aa  291  9e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.01088 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4622  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.44 
 
 		 364 aa  290  2e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0788  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.43 
 
 		 364 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.564423 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2920  dihydroorotate dehydrogenase 2  54.46 
 
 		 356 aa  288  8e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.818371 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0865  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.86 
 
 		 364 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.207108  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0464  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.03 
 
 		 364 aa  286  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1068  dihydroorotate oxidase  51.44 
 
 		 361 aa  285  5.999999999999999e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.108109 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0555  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.81 
 
 		 364 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0755  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.43 
 
 		 364 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.263292 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1961  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.14 
 
 		 354 aa  281  1e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.779789  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0179  dihydroorotate dehydrogenase  44.21 
 
 		 348 aa  280  4e-74  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0388  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.75 
 
 		 354 aa  278  8e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0506  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.33 
 
 		 337 aa  277  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4359  dihydroorotate dehydrogenase  45.72 
 
 		 356 aa  277  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.42236  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3988  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.29 
 
 		 348 aa  272  6e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.055299  normal  0.021613 
 
 
-
 
NC_002978  WD1239  dihydroorotate dehydrogenase 2  40.12 
 
 		 355 aa  268  1e-70  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0518  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.55 
 
 		 343 aa  267  2e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.565795 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0500  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.14 
 
 		 361 aa  267  2.9999999999999995e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.814965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0981  dihydroorotate dehydrogenase  47.34 
 
 		 357 aa  265  8e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5791  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.76 
 
 		 342 aa  265  1e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02009  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.01 
 
 		 331 aa  264  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0256343  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1876  dihydroorotate dehydrogenase  45.48 
 
 		 363 aa  263  2e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.821309  normal  0.481638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2264  dihydroorotate dehydrogenase  50.75 
 
 		 363 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125418  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1911  Dihydroorotate oxidase  50.75 
 
 		 363 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5856  dihydroorotate dehydrogenase  46.76 
 
 		 349 aa  262  6.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2471  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.41 
 
 		 363 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.325849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2166  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.43 
 
 		 348 aa  260  3e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.684778  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08446  dihydroorotate dehydrogenase  43.29 
 
 		 339 aa  259  6e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2706  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.62 
 
 		 349 aa  257  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1037  dihydroorotate oxidase  44.24 
 
 		 340 aa  257  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.177591  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0375  Dihydroorotate oxidase  46.27 
 
 		 348 aa  256  4e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48900  predicted protein  43.23 
 
 		 456 aa  256  5e-67  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1912  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.94 
 
 		 339 aa  256  5e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.103041  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1242  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.5 
 
 		 340 aa  255  6e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0927  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.46 
 
 		 377 aa  256  6e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2592  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.23 
 
 		 339 aa  255  7e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2309  dihydroorotate dehydrogenase  46.44 
 
 		 343 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2552  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.64 
 
 		 339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.050028 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0645  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.76 
 
 		 337 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2210  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.34 
 
 		 344 aa  254  1.0000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.229719  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2432  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.64 
 
 		 339 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.160194  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3011  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.32 
 
 		 340 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000990874 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2617  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.61 
 
 		 350 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2662  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.13 
 
 		 364 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.545588  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2455  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.19 
 
 		 359 aa  253  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.17369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3258  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.75 
 
 		 359 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2220  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.26 
 
 		 339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3174  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.53 
 
 		 356 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3190  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.77 
 
 		 343 aa  252  7e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.924979  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3162  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.53 
 
 		 356 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2003  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.38 
 
 		 335 aa  252  7e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0557118  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3224  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.53 
 
 		 356 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.425254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3645  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.97 
 
 		 369 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1606  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.63 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.806586  normal  0.155671 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18900  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.37 
 
 		 347 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.388059  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2566  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.41 
 
 		 364 aa  251  1e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.06304  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003436  dihydroorotate dehydrogenase  42.69 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1463  dihydroorotate oxidase  47.09 
 
 		 340 aa  251  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0318461 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2701  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.87 
 
 		 361 aa  250  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1681  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.94 
 
 		 339 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0429717  normal  0.0725537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1756  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.94 
 
 		 339 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.341837  normal  0.144271 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1786  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.24 
 
 		 339 aa  251  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287133  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2439  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.04 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1935  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.35 
 
 		 360 aa  250  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.540943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1157  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.25 
 
 		 357 aa  250  3e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1476  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.11 
 
 		 356 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1455  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.11 
 
 		 356 aa  249  4e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1593  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.05 
 
 		 339 aa  249  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000395197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2205  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.47 
 
 		 357 aa  249  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2095  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.01 
 
 		 340 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0895487 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2106  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.94 
 
 		 343 aa  249  6e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.02785  decreased coverage  0.00223675 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2858  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.48 
 
 		 350 aa  249  6e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547026  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>