More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0788 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4622  dihydroorotate dehydrogenase 2  95.6 
 
 		 364 aa  694    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0755  dihydroorotate dehydrogenase 2  89.01 
 
 		 364 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.263292 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0788  dihydroorotate dehydrogenase 2  100 
 
 		 364 aa  718    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.564423 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0865  dihydroorotate dehydrogenase 2  91.76 
 
 		 364 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.207108  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0793  dihydroorotate dehydrogenase 2  84.89 
 
 		 364 aa  627  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.01088 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0464  dihydroorotate dehydrogenase 2  81.59 
 
 		 364 aa  610  1e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0555  dihydroorotate dehydrogenase 2  80.99 
 
 		 364 aa  600  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3807  dihydroorotate dehydrogenase  62.78 
 
 		 374 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0649715 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2382  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.97 
 
 		 358 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2106  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.69 
 
 		 358 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0121785 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2058  dihydroorotate dehydrogenase 2  57.98 
 
 		 358 aa  376  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0311  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.71 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0325  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.71 
 
 		 364 aa  370  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.426813  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0586  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.68 
 
 		 363 aa  363  3e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1068  dihydroorotate oxidase  58.07 
 
 		 361 aa  362  6e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.108109 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4535  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.51 
 
 		 359 aa  362  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.764504  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0404  dihydroorotate dehydrogenase 2  55.2 
 
 		 364 aa  359  4e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.15486  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0547  dihydroorotate dehydrogenase 2  56.62 
 
 		 358 aa  352  8e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.110484 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0437  dihydroorotate dehydrogenase  55.68 
 
 		 348 aa  349  3e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0193  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.98 
 
 		 362 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0222  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.41 
 
 		 362 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0056  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.16 
 
 		 357 aa  334  1e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.183663 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0094  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.85 
 
 		 363 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0388  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.18 
 
 		 354 aa  330  3e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3258  dihydroorotate dehydrogenase 2  58.26 
 
 		 359 aa  325  7e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.107503 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0161  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.27 
 
 		 362 aa  325  8.000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.46747  normal  0.733228 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0193  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.72 
 
 		 349 aa  325  9e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0293  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.15 
 
 		 362 aa  319  5e-86  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1550  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.29 
 
 		 352 aa  312  6.999999999999999e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal  0.477736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2920  dihydroorotate dehydrogenase 2  53.08 
 
 		 356 aa  311  9e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.818371 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0514  dihydroorotate dehydrogenase 2  52.45 
 
 		 367 aa  309  5e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.72272  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2963  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.06 
 
 		 348 aa  306  5.0000000000000004e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.265581  normal  0.013734 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_13090  dihydroorotate dehydrogenase  48.19 
 
 		 384 aa  302  5.000000000000001e-81  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00338155 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0847  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.01 
 
 		 352 aa  302  7.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.211753  normal  0.196757 
 
 
-
 
NC_002978  WD1239  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.87 
 
 		 355 aa  296  3e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3012  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.28 
 
 		 355 aa  295  7e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.294679  normal  0.208267 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0518  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.29 
 
 		 343 aa  293  5e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.565795 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0680  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.71 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.233007 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1961  dihydroorotate dehydrogenase 2  51.31 
 
 		 354 aa  286  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.779789  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2617  dihydroorotate dehydrogenase 2  50 
 
 		 354 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0957  dihydroorotate dehydrogenase 2  50 
 
 		 354 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5856  dihydroorotate dehydrogenase  47.01 
 
 		 349 aa  283  2.0000000000000002e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3190  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.11 
 
 		 343 aa  280  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.924979  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2884  dihydroorotate dehydrogenase 2  50.43 
 
 		 352 aa  280  3e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.604119  normal  0.126993 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2471  dihydroorotate dehydrogenase 2  48 
 
 		 363 aa  277  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.325849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2701  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.99 
 
 		 361 aa  277  2e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2593  dihydroorotate dehydrogenase 2  48.62 
 
 		 335 aa  277  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144879  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0981  dihydroorotate dehydrogenase  47.92 
 
 		 357 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08446  dihydroorotate dehydrogenase  46.76 
 
 		 339 aa  273  4.0000000000000004e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2706  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.29 
 
 		 349 aa  273  5.000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0178  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.19 
 
 		 350 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2166  dihydroorotate dehydrogenase 2  41.6 
 
 		 348 aa  270  4e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.684778  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0179  dihydroorotate dehydrogenase  46.06 
 
 		 348 aa  269  5e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2662  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.57 
 
 		 364 aa  269  7e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.545588  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2058  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.66 
 
 		 351 aa  268  8.999999999999999e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2566  dihydroorotate dehydrogenase 2  49.43 
 
 		 364 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.06304  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2220  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.95 
 
 		 339 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2143  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.91 
 
 		 351 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1098  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.79 
 
 		 336 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.730125  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00808  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.29 
 
 		 351 aa  266  4e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.353317  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1266  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.97 
 
 		 344 aa  266  5.999999999999999e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.568421 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2555  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.07 
 
 		 336 aa  266  5.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.982288  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1984  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.07 
 
 		 336 aa  266  5.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2644  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.07 
 
 		 336 aa  266  5.999999999999999e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178452  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1738  dihydroorotate oxidase  47.51 
 
 		 346 aa  265  7e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0940  dihydroorotate dehydrogenase 2  40.17 
 
 		 350 aa  265  8e-70  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.365408  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1730  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.95 
 
 		 339 aa  264  1e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0934  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.37 
 
 		 344 aa  264  2e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0506  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.5 
 
 		 337 aa  263  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2437  dihydroorotate oxidase  45.5 
 
 		 367 aa  263  4.999999999999999e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.131988 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2490  dihydroorotate oxidase  47.59 
 
 		 352 aa  262  8e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.243938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2210  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.69 
 
 		 344 aa  262  8e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.229719  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2138  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.67 
 
 		 344 aa  261  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1101  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.59 
 
 		 344 aa  261  1e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1294  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.99 
 
 		 364 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1740  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.32 
 
 		 336 aa  261  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0560923  normal  0.0257615 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0409  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.69 
 
 		 336 aa  260  2e-68  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.845411  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0263  dihydroorotate dehydrogenase  42.94 
 
 		 355 aa  260  3e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.519047  normal  0.910873 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48900  predicted protein  41.44 
 
 		 456 aa  260  3e-68  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1284  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.29 
 
 		 344 aa  259  5.0000000000000005e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.718117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0019  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.86 
 
 		 360 aa  259  5.0000000000000005e-68  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.146471  normal  0.113107 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2860  dihydroorotate oxidase  46.46 
 
 		 361 aa  259  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1157  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.3 
 
 		 357 aa  259  7e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1784  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.76 
 
 		 333 aa  258  8e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0500  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.91 
 
 		 361 aa  258  8e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.814965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1549  dihydroorotate dehydrogenase 2  43.87 
 
 		 336 aa  258  9e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1457  dihydroorotate dehydrogenase 2  44.82 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1646  dihydroorotate dehydrogenase  44.48 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.353277  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1785  dihydroorotate dehydrogenase 2  45.45 
 
 		 333 aa  257  2e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1681  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.69 
 
 		 339 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0429717  normal  0.0725537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1756  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.69 
 
 		 339 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.341837  normal  0.144271 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2432  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.18 
 
 		 339 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.160194  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1912  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.18 
 
 		 339 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.103041  normal  0.350428 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2194  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.48 
 
 		 339 aa  256  4e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1786  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.69 
 
 		 339 aa  256  4e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.287133  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02009  dihydroorotate dehydrogenase 2  47.42 
 
 		 331 aa  256  5e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0256343  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1213  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.47 
 
 		 358 aa  256  5e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.104048 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1476  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.11 
 
 		 356 aa  256  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1455  dihydroorotate dehydrogenase 2  46.11 
 
 		 356 aa  256  6e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2552  dihydroorotate dehydrogenase 2  42.18 
 
 		 339 aa  255  8e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.050028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>