84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2416 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2416  NUDIX hydrolase  100 
 
 		 252 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00201354  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3036  NUDIX hydrolase  90.04 
 
 		 251 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103793  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3538  NUDIX hydrolase  85.71 
 
 		 251 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4736  putative NUDIX hydrolase  79.3 
 
 		 256 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2236  NUDIX hydrolase  78.21 
 
 		 244 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0182426 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2440  NUDIX hydrolase  70.78 
 
 		 246 aa  362  5.0000000000000005e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.200003  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3862  NUDIX hydrolase  46.12 
 
 		 244 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6674  NUDIX hydrolase  46.53 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.702722 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7413  NUDIX hydrolase  48.03 
 
 		 238 aa  192  4e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0101232  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3574  NUDIX hydrolase  47.56 
 
 		 248 aa  190  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.976448 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2339  NUDIX hydrolase  47.75 
 
 		 245 aa  185  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.843514  normal  0.659505 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1351  NUDIX hydrolase  46.46 
 
 		 248 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2659  NUDIX hydrolase  46.4 
 
 		 257 aa  178  8e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2382  NUDIX hydrolase  46.4 
 
 		 257 aa  178  9e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.673609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3348  NUDIX hydrolase  44.69 
 
 		 249 aa  167  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2625  NUDIX hydrolase  45.21 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2828  NUDIX hydrolase  42.98 
 
 		 255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0852526  normal  0.646484 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3674  NUDIX hydrolase  42.01 
 
 		 246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0572  MutT/nudix family protein  42.27 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0419  hypothetical protein  46.7 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453374  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0607  MutT/nudix family protein  42.27 
 
 		 243 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2075  NUDIX hydrolase  46.7 
 
 		 225 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2343  NUDIX hydrolase  44.69 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0102675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1500  NUDIX hydrolase  40 
 
 		 242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.872266  normal  0.108168 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2180  NUDIX hydrolase  40.74 
 
 		 242 aa  129  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0550608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3137  NUDIX hydrolase  41.51 
 
 		 222 aa  122  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.260415 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2822  NUDIX hydrolase  41.86 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.78022  normal  0.473319 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1280  NUDIX hydrolase  47.47 
 
 		 226 aa  121  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0919389 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3980  NUDIX hydrolase  43.72 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0929  NUDIX hydrolase  38.4 
 
 		 238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.89516 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2827  NUDIX hydrolase  38.03 
 
 		 225 aa  98.6  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.147505  normal  0.410276 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0115  hypothetical protein  37.35 
 
 		 310 aa  71.6  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2913  NUDIX hydrolase  33.54 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3801  beta-lactamase domain-containing protein  29.84 
 
 		 545 aa  62  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36160  NUDIX family protein  34.97 
 
 		 281 aa  61.6  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1025  NUDIX hydrolase  32.54 
 
 		 229 aa  60.5  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2699  NUDIX hydrolase  29.79 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0337  NUDIX hydrolase  33.73 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0793  beta-lactamase domain-containing protein  32.11 
 
 		 556 aa  59.7  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.541294  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5313  NUDIX hydrolase  33.71 
 
 		 297 aa  59.7  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.723255 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0235  NUDIX hydrolase  33.53 
 
 		 260 aa  58.9  0.00000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.998235  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2700  NUDIX hydrolase  29.27 
 
 		 273 aa  58.9  0.00000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.805281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8909  NUDIX hydrolase  33.33 
 
 		 289 aa  58.9  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4500  NUDIX hydrolase  36.67 
 
 		 267 aa  58.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0935289 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0516  NUDIX hydrolase  32.06 
 
 		 264 aa  58.5  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3275  NUDIX hydrolase  32.32 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.424821  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25420  NUDIX family protein  32.53 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3570  NUDIX hydrolase  33.75 
 
 		 254 aa  57  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511087  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0202  NUDIX hydrolase  32.13 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0949289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22420  NUDIX family protein  31.82 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.62232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4271  NUDIX hydrolase  31.29 
 
 		 283 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.707988  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0466  NUDIX hydrolase  34.15 
 
 		 275 aa  54.7  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.743041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4249  NUDIX hydrolase:Beta-lactamase-like  31.31 
 
 		 566 aa  54.3  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3446  beta-lactamase-like  32.02 
 
 		 562 aa  53.5  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1055  beta-lactamase-like  30.98 
 
 		 550 aa  53.1  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.128997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5001  hypothetical protein  31.18 
 
 		 267 aa  52.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.257497 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0247  NUDIX hydrolase  32.92 
 
 		 279 aa  52.4  0.000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1838  NUDIX hydrolase  31.55 
 
 		 275 aa  51.6  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.181353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3691  beta-lactamase domain-containing protein  37.17 
 
 		 568 aa  51.6  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.781768  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3001  beta-lactamase domain protein  37.17 
 
 		 568 aa  51.6  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1959  NUDIX hydrolase  32.32 
 
 		 426 aa  51.6  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0680964  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3441  beta-lactamase domain-containing protein  31.87 
 
 		 544 aa  51.6  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1904  NUDIX hydrolase  31.55 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.269642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1857  NUDIX hydrolase  31.55 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.412292  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4852  NUDIX hydrolase  31.02 
 
 		 285 aa  50.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0715  NUDIX hydrolase  32.7 
 
 		 247 aa  51.2  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0331  NUDIX hydrolase  40.21 
 
 		 368 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.100097 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2088  NUDIX hydrolase  31.29 
 
 		 277 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1558  NUDIX hydrolase  32.21 
 
 		 222 aa  50.4  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.435386  normal  0.462707 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4283  NUDIX hydrolase  31.46 
 
 		 315 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.918616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1998  NUDIX hydrolase  30.94 
 
 		 235 aa  49.3  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2518  NUDIX hydrolase  30.54 
 
 		 261 aa  48.9  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.158664  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1452  beta-lactamase domain-containing protein  32.74 
 
 		 556 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.463729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6639  NUDIX hydrolase  27.37 
 
 		 281 aa  47.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0811428  hitchhiker  0.000186987 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3602  NUDIX hydrolase  31.52 
 
 		 263 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0284  NUDIX hydrolase  32.53 
 
 		 296 aa  45.8  0.0006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.144667 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2937  NUDIX hydrolase  28.3 
 
 		 227 aa  45.8  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3111  NUDIX hydrolase  31.14 
 
 		 264 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1969  NUDIX hydrolase  30.3 
 
 		 275 aa  44.3  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1855  NUDIX hydrolase  31.33 
 
 		 278 aa  43.9  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.450228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13056  hypothetical protein  36.96 
 
 		 288 aa  43.9  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2890  NUDIX hydrolase  26.67 
 
 		 199 aa  43.5  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1888  beta-lactamase domain-containing protein  29.95 
 
 		 559 aa  43.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02770  NUDIX family protein  29.38 
 
 		 300 aa  42  0.009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>