More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_1803 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  75.72 
 
 
525 aa  801  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  100 
 
 
524 aa  1089  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  74.67 
 
 
531 aa  799  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.01 
 
 
473 aa  605  1e-172  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.47 
 
 
467 aa  605  1e-172  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60 
 
 
467 aa  598  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60 
 
 
470 aa  595  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.67 
 
 
437 aa  591  1e-167  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.17 
 
 
455 aa  589  1e-167  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.25 
 
 
441 aa  588  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.03 
 
 
441 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.22 
 
 
442 aa  588  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.13 
 
 
440 aa  585  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.03 
 
 
441 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.03 
 
 
441 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.25 
 
 
441 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.03 
 
 
441 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.47 
 
 
440 aa  583  1e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  63.62 
 
 
479 aa  583  1e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.91 
 
 
440 aa  582  1e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.8 
 
 
440 aa  580  1e-164  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  61.86 
 
 
448 aa  577  1e-163  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.35 
 
 
453 aa  572  1e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.64 
 
 
441 aa  572  1e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  3.18709e-09  unclonable  2.44003e-07 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.35 
 
 
453 aa  572  1e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.33 
 
 
445 aa  574  1e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.13 
 
 
453 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.91 
 
 
437 aa  569  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.69 
 
 
443 aa  571  1e-161  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.13 
 
 
453 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.35 
 
 
453 aa  569  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  61.38 
 
 
446 aa  570  1e-161  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  2.12158e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.2 
 
 
443 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.98 
 
 
443 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.89 
 
 
470 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.7 
 
 
456 aa  568  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.11 
 
 
443 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.13 
 
 
453 aa  567  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.31 
 
 
447 aa  563  1e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  60.89 
 
 
453 aa  563  1e-159  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  3.95672e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.6 
 
 
463 aa  563  1e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.96 
 
 
461 aa  559  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.74 
 
 
453 aa  559  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.22 
 
 
461 aa  561  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.48 
 
 
452 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2751  hypothetical protein  60.44 
 
 
440 aa  558  1e-158  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  60.96 
 
 
443 aa  560  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.69 
 
 
468 aa  560  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  59.65 
 
 
443 aa  559  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.82 
 
 
463 aa  557  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0721  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.69 
 
 
435 aa  555  1e-157  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.3 
 
 
453 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2382  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.49 
 
 
453 aa  555  1e-157  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00199073  normal  0.128025 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.17 
 
 
463 aa  551  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.09 
 
 
453 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.69 
 
 
443 aa  554  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.39 
 
 
463 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.39 
 
 
463 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.94 
 
 
454 aa  551  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01861  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.3 
 
 
485 aa  549  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.322164  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0926  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.83 
 
 
452 aa  548  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0740  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.94 
 
 
439 aa  550  1e-155  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.95 
 
 
463 aa  548  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.95 
 
 
463 aa  548  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01247  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.02 
 
 
460 aa  545  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.95 
 
 
463 aa  548  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.95 
 
 
463 aa  548  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2867  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.08 
 
 
471 aa  543  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0721568  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.57 
 
 
437 aa  541  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109581  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.46 
 
 
441 aa  543  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0531  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.74 
 
 
438 aa  540  1e-152  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.32 
 
 
480 aa  541  1e-152  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.21 
 
 
493 aa  541  1e-152  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0566  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.74 
 
 
437 aa  540  1e-152  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3226  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.92 
 
 
441 aa  535  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.262488  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.04 
 
 
476 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2701  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.96 
 
 
469 aa  536  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312438  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.04 
 
 
476 aa  538  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.51 
 
 
472 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2590  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.63 
 
 
468 aa  531  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2439  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.37 
 
 
461 aa  531  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.51 
 
 
472 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.51 
 
 
472 aa  533  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  54.55 
 
 
472 aa  533  1e-150  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.34 
 
 
481 aa  535  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  55.51 
 
 
472 aa  534  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1614  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.67 
 
 
471 aa  534  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0719193  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4475  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.96 
 
 
449 aa  533  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.439189 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.46 
 
 
453 aa  533  1e-150  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2055  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.64 
 
 
466 aa  532  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1639  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.92 
 
 
448 aa  529  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.981602 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0915  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.27 
 
 
452 aa  528  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.642339  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>