More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2374 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01878  excinuclease ABC subunit C  54.08 
 
 		 588 aa  638    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000583054  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1733  excinuclease ABC, C subunit  54.26 
 
 		 610 aa  665    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110405  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1954  excinuclease ABC subunit C  52.79 
 
 		 609 aa  671    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00983646  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4098  excinuclease ABC subunit C  84.35 
 
 		 607 aa  1068    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.125966  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0022  excinuclease ABC subunit C  54.65 
 
 		 613 aa  660    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2561  excinuclease ABC subunit C  52.3 
 
 		 609 aa  655    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00257936  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1681  excinuclease ABC, C subunit  52.07 
 
 		 626 aa  646    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1825  excinuclease ABC subunit C  52.63 
 
 		 609 aa  655    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.088783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2668  excinuclease ABC subunit C  53.77 
 
 		 610 aa  648    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0146387  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1861  excinuclease ABC subunit C  53.28 
 
 		 609 aa  672    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3023  excinuclease ABC, C subunit  85.17 
 
 		 607 aa  1086    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.623507  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2252  excinuclease ABC subunit C  54.1 
 
 		 610 aa  654    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034144  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2109  excinuclease ABC subunit C  54.59 
 
 		 610 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0217985  hitchhiker  0.00000000000000291711 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2896  excinuclease ABC subunit C  83.53 
 
 		 607 aa  1066    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189646  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2685  excinuclease ABC subunit C  54.26 
 
 		 610 aa  666    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000130785  normal  0.0663039 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1766  excinuclease ABC subunit C  84.18 
 
 		 607 aa  1066    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0738607  decreased coverage  0.000573829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3066  excinuclease ABC subunit C  84.68 
 
 		 607 aa  1076    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1174  excinuclease ABC subunit C  54.59 
 
 		 610 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000294093  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2151  excinuclease ABC subunit C  52.98 
 
 		 609 aa  669    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.054241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2374  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 607 aa  1243    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.483342  normal  0.0306932 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1849  excinuclease ABC subunit C  53.44 
 
 		 610 aa  650    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0109871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2011  excinuclease ABC subunit C  54.26 
 
 		 610 aa  666    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000678771  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1270  excinuclease ABC subunit C  54.1 
 
 		 610 aa  664    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000021646  hitchhiker  0.000709379 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2053  excinuclease ABC subunit C  54.13 
 
 		 617 aa  650    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000011478  hitchhiker  0.000473429 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2500  excinuclease ABC subunit C  54.95 
 
 		 607 aa  656    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000123696  normal  0.60847 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1726  excinuclease ABC subunit C  54.26 
 
 		 610 aa  666    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000100265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1040  excinuclease ABC subunit C  54.26 
 
 		 610 aa  667    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000190411  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1907  excinuclease ABC subunit C  58.74 
 
 		 609 aa  720    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25040  excinuclease ABC subunit C  82.04 
 
 		 607 aa  1033    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2053  excinuclease ABC subunit C  57.12 
 
 		 612 aa  729    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.747011 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2599  excinuclease ABC subunit C  52.46 
 
 		 609 aa  657    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00115318  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2161  excinuclease ABC subunit C  54.59 
 
 		 610 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.138205  hitchhiker  0.0000000035589 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2133  excinuclease ABC subunit C  56.53 
 
 		 604 aa  701    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00985622  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2454  excinuclease ABC subunit C  53.37 
 
 		 609 aa  669    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.263996  normal  0.543932 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1297  excinuclease ABC subunit C  54.75 
 
 		 610 aa  665    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000512015  hitchhiker  0.00000387597 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1783  excinuclease ABC subunit C  52.3 
 
 		 610 aa  656    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0533171  hitchhiker  0.000000162173 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2355  excinuclease ABC subunit C  54.29 
 
 		 617 aa  654    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0361706  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2676  excinuclease ABC subunit C  52.46 
 
 		 609 aa  659    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00512611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2102  excinuclease ABC subunit C  54.43 
 
 		 610 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000495467  normal  0.0150424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3671  excinuclease ABC subunit C  84.62 
 
 		 585 aa  1030    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.159711  hitchhiker  0.0000000375345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3374  excinuclease ABC subunit C  84.84 
 
 		 607 aa  1073    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2140  excinuclease ABC subunit C  52.48 
 
 		 608 aa  636    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.604529  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1548  excinuclease ABC subunit C  53.61 
 
 		 609 aa  674    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000704584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1615  excinuclease ABC subunit C  53.61 
 
 		 609 aa  673    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000543557  normal  0.3636 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1362  excinuclease ABC subunit C  53.39 
 
 		 611 aa  669    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.884945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2648  excinuclease ABC subunit C  50.57 
 
 		 610 aa  636    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.473447  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3241  excinuclease ABC, C subunit  58.24 
 
 		 607 aa  706    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0161382  hitchhiker  0.00210477 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1598  excinuclease ABC, C subunit  55.45 
 
 		 607 aa  686    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.735187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30660  excinuclease ABC subunit C  84.7 
 
 		 608 aa  1078    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.385406  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1640  excinuclease ABC subunit C  52.79 
 
 		 609 aa  648    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00105988  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2614  excinuclease ABC subunit C  84.05 
 
 		 608 aa  1070    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1609  excinuclease ABC subunit C  53.44 
 
 		 609 aa  672    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000167064  normal  0.0818954 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2146  excinuclease ABC subunit C  54.26 
 
 		 610 aa  666    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000023615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1519  excinuclease ABC subunit C  54.1 
 
 		 610 aa  659    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0983209  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1451  excinuclease ABC subunit C  52.62 
 
 		 610 aa  642    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1608  excinuclease ABC subunit C  54.3 
 
 		 606 aa  663    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00130294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0834  excinuclease ABC subunit C  53.83 
 
 		 610 aa  651    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000370037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1192  excinuclease ABC, C subunit  58.09 
 
 		 619 aa  704    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0751579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1595  excinuclease ABC subunit C  53.77 
 
 		 610 aa  647    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.31766  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1644  excinuclease ABC subunit C  50.33 
 
 		 599 aa  634  1e-180  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1437  excinuclease ABC subunit C  50.83 
 
 		 609 aa  631  1e-179  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0535013  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003099  excinuclease ABC subunit C  53.99 
 
 		 588 aa  627  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000908036  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02747  excinuclease ABC subunit C  53.99 
 
 		 588 aa  625  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1334  excinuclease ABC subunit C  52.49 
 
 		 609 aa  623  1e-177  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000285239  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3270  excinuclease ABC subunit C  49.76 
 
 		 639 aa  622  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0150435  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1803  excinuclease ABC, C subunit  53.17 
 
 		 657 aa  623  1e-177  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0340936  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2449  excinuclease ABC subunit C  50.41 
 
 		 608 aa  624  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0823614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1193  excinuclease ABC, C subunit  51.48 
 
 		 609 aa  621  1e-176  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1276  excinuclease ABC subunit C  52.16 
 
 		 609 aa  617  1e-175  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00138903  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2570  excinuclease ABC subunit C  49.35 
 
 		 618 aa  611  1e-173  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2698  excinuclease ABC subunit C  48.86 
 
 		 618 aa  607  9.999999999999999e-173  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1145  excinuclease ABC, C subunit  49.75 
 
 		 613 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000360051  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0205  excinuclease ABC subunit C  53.2 
 
 		 614 aa  603  1.0000000000000001e-171  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0351181  normal  0.308964 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0659  excinuclease ABC subunit C  50.81 
 
 		 609 aa  603  1.0000000000000001e-171  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.25379  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2038  excinuclease ABC subunit C  50.17 
 
 		 603 aa  600  1e-170  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1410  excinuclease ABC subunit C  51.24 
 
 		 621 aa  598  1e-169  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1316  excinuclease ABC subunit C  51.4 
 
 		 627 aa  598  1e-169  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.235211  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0701  excinuclease ABC subunit C  51.17 
 
 		 598 aa  593  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.233077 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1804  excinuclease ABC subunit C  49.17 
 
 		 599 aa  592  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.919457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2316  excinuclease ABC subunit C  51.77 
 
 		 645 aa  593  1e-168  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.682688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2013  excinuclease ABC subunit C  51.43 
 
 		 614 aa  587  1e-166  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.117598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1403  excinuclease ABC subunit C  51.08 
 
 		 614 aa  587  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.252536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00582  excinuclease ABC subunit C  50.92 
 
 		 618 aa  587  1e-166  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1271  excinuclease ABC subunit C  51.64 
 
 		 606 aa  579  1e-164  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0853  excinuclease ABC, C subunit  48.43 
 
 		 608 aa  575  1.0000000000000001e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0979  excinuclease ABC, C subunit  48.51 
 
 		 623 aa  574  1.0000000000000001e-162  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0363417 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2306  excinuclease ABC subunit C  49.25 
 
 		 605 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.391453  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0936  excinuclease ABC subunit C  47.72 
 
 		 657 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.581594  normal  0.110547 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1001  excinuclease ABC subunit C  47.24 
 
 		 657 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73532  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1071  excinuclease ABC subunit C  47.5 
 
 		 654 aa  551  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.00000538512  normal  0.216036 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2410  excinuclease ABC subunit C  47.16 
 
 		 673 aa  551  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.308713  hitchhiker  0.000953685 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1783  excinuclease ABC subunit C  47.66 
 
 		 653 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2161  excinuclease ABC subunit C  46.12 
 
 		 674 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.263968 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2244  excinuclease ABC subunit C  47.45 
 
 		 663 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4255  excinuclease ABC subunit C  45.24 
 
 		 677 aa  532  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.27889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02086  excinuclease ABC subunit C  49.17 
 
 		 544 aa  534  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000899057  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3071  excinuclease ABC subunit C  46.88 
 
 		 666 aa  533  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104029 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1101  excinuclease ABC subunit C  45.23 
 
 		 682 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1019  excinuclease ABC subunit C  44.88 
 
 		 684 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114773  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1143  excinuclease ABC subunit C  45.49 
 
 		 681 aa  531  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232911  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>