More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2794 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  53.66 
 
 		 1106 aa  951    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  53.39 
 
 		 1106 aa  922    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  53.18 
 
 		 1119 aa  956    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  48.38 
 
 		 1120 aa  872    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  100 
 
 		 1124 aa  2215    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  50.18 
 
 		 1121 aa  939    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  49.21 
 
 		 1125 aa  906    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  38.02 
 
 		 1156 aa  564  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.47 
 
 		 1183 aa  559  1e-157  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  37.02 
 
 		 1180 aa  554  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  37.42 
 
 		 1180 aa  555  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  37.98 
 
 		 1164 aa  543  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  35.96 
 
 		 1183 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  35.64 
 
 		 1159 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  36.01 
 
 		 1183 aa  538  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  36.41 
 
 		 1189 aa  536  1e-150  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.41 
 
 		 1156 aa  535  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  36.29 
 
 		 1180 aa  535  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  37.71 
 
 		 1187 aa  528  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  35.17 
 
 		 1161 aa  521  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  35.22 
 
 		 1162 aa  523  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  35.67 
 
 		 1182 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  31.53 
 
 		 1155 aa  513  1e-144  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  35.45 
 
 		 1157 aa  511  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  35.33 
 
 		 1164 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  39.26 
 
 		 1147 aa  511  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  36.83 
 
 		 1151 aa  505  1e-141  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  35.73 
 
 		 1185 aa  506  1e-141  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  37.99 
 
 		 1165 aa  497  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  34.52 
 
 		 1202 aa  497  1e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  39.25 
 
 		 1147 aa  498  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  39.25 
 
 		 1147 aa  498  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.06 
 
 		 1177 aa  492  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  35.33 
 
 		 1166 aa  483  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  38.49 
 
 		 1157 aa  477  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  36.52 
 
 		 1161 aa  474  1e-132  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  40.62 
 
 		 1167 aa  465  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  37.66 
 
 		 1157 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  35.72 
 
 		 1161 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  28.53 
 
 		 1089 aa  398  1e-109  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.85 
 
 		 1157 aa  398  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  29.3 
 
 		 854 aa  377  1e-103  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  40.25 
 
 		 1142 aa  372  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.45 
 
 		 860 aa  368  1e-100  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  32.85 
 
 		 1147 aa  340  8e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  32.09 
 
 		 1177 aa  262  3e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  31.18 
 
 		 1173 aa  243  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 		 1185 aa  231  6e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  27.82 
 
 		 1173 aa  228  4e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  30.11 
 
 		 1173 aa  226  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.9 
 
 		 1197 aa  214  7.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  28.12 
 
 		 1057 aa  207  8e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  28.52 
 
 		 1140 aa  190  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  29.96 
 
 		 1168 aa  188  5e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  27.07 
 
 		 1187 aa  186  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  27.76 
 
 		 1110 aa  174  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  28.59 
 
 		 1089 aa  171  5e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.88 
 
 		 1061 aa  168  5.9999999999999996e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  29.42 
 
 		 1101 aa  167  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.95 
 
 		 1242 aa  166  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.32 
 
 		 907 aa  166  3e-39  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 1162 aa  164  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  30.16 
 
 		 1086 aa  163  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  25.74 
 
 		 1095 aa  162  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.05 
 
 		 1241 aa  160  9e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.05 
 
 		 1241 aa  160  9e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  29.33 
 
 		 1101 aa  160  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.22 
 
 		 1241 aa  159  3e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.22 
 
 		 1241 aa  159  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.41 
 
 		 1240 aa  159  4e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  158  6e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  25.11 
 
 		 1241 aa  158  7e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.95 
 
 		 1241 aa  158  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  28.6 
 
 		 1149 aa  156  2e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.5 
 
 		 1204 aa  156  2e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  28.95 
 
 		 1165 aa  155  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1241 aa  155  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  25.81 
 
 		 1241 aa  154  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  26.83 
 
 		 1115 aa  152  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  29.22 
 
 		 1103 aa  152  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1276  UvrD-like DNA helicase, C terminal  27.15 
 
 		 1230 aa  150  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  28.1 
 
 		 1087 aa  150  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  29.65 
 
 		 1080 aa  147  1e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  30.36 
 
 		 1107 aa  146  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  29.55 
 
 		 1131 aa  143  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  28.18 
 
 		 1118 aa  142  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  27.05 
 
 		 1061 aa  142  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  22.57 
 
 		 1218 aa  141  7e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  22.62 
 
 		 1217 aa  140  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.62 
 
 		 1217 aa  140  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  24.31 
 
 		 1074 aa  138  7.000000000000001e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0386  putative recombination protein RecB  21.5 
 
 		 921 aa  136  1.9999999999999998e-30  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.717067  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  27.56 
 
 		 1244 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.04 
 
 		 1207 aa  137  1.9999999999999998e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 1047 aa  135  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24 
 
 		 1230 aa  135  5e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  26.85 
 
 		 903 aa  134  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.8 
 
 		 1203 aa  133  2.0000000000000002e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0910  putative recombination protein RecB  29.57 
 
 		 933 aa  132  4.0000000000000003e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.646697  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  26.37 
 
 		 915 aa  131  6e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>