More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0897 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  100 
 
 
387 aa  796    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  43.6 
 
 
389 aa  306  3e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  42.3 
 
 
378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  38.96 
 
 
378 aa  278  8e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.2 
 
 
377 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  34.53 
 
 
384 aa  206  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.59 
 
 
373 aa  204  2e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.8 
 
 
401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.11 
 
 
381 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.71 
 
 
372 aa  193  3e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.75 
 
 
370 aa  193  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.74 
 
 
403 aa  187  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  37.28 
 
 
390 aa  182  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  32.05 
 
 
382 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.3 
 
 
382 aa  182  9.000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.53 
 
 
389 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.52 
 
 
390 aa  181  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.07 
 
 
411 aa  179  5.999999999999999e-44  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.32 
 
 
390 aa  179  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36070  hypothetical protein  32.5 
 
 
391 aa  179  9e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000846029 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.95 
 
 
405 aa  178  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.9 
 
 
403 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.11 
 
 
423 aa  177  4e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.71 
 
 
388 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6746  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.46 
 
 
368 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.47 
 
 
388 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  31.67 
 
 
391 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.63 
 
 
377 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.03 
 
 
373 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.11 
 
 
384 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.49 
 
 
390 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.22 
 
 
390 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.32 
 
 
390 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.32 
 
 
390 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1956  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.84 
 
 
385 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0179909  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.95 
 
 
390 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.32 
 
 
390 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2579  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.85 
 
 
405 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.22 
 
 
387 aa  164  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.15 
 
 
386 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.91 
 
 
389 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.16 
 
 
396 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128808  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.21 
 
 
388 aa  163  6e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  32.17 
 
 
381 aa  162  7e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2214  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.16 
 
 
378 aa  162  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1862  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.08 
 
 
370 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.324326  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4045  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.84 
 
 
396 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1071  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.88 
 
 
369 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.001504  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4167  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.89 
 
 
396 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585922 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2709  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.42 
 
 
398 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0606445  normal  0.111519 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.95 
 
 
410 aa  160  5e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB05750  racemase, putative  29.79 
 
 
423 aa  160  5e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0461425  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.55 
 
 
382 aa  160  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4225  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.89 
 
 
396 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  31.68 
 
 
382 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.44 
 
 
383 aa  159  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.52 
 
 
388 aa  157  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.26 
 
 
410 aa  157  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1877  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.33 
 
 
384 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.47 
 
 
384 aa  156  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1300  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.92 
 
 
412 aa  155  8e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3868  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.18 
 
 
384 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.63 
 
 
412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  28.4 
 
 
391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  30.85 
 
 
382 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6032  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.43 
 
 
395 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.159313  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.03 
 
 
428 aa  153  4e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.967336  normal  0.603396 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50672  hypothetical protein unknown function  32.74 
 
 
429 aa  153  5e-36  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.482129 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.68 
 
 
377 aa  152  8e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3926  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.76 
 
 
409 aa  152  8.999999999999999e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2499  mandelate racemase  28.78 
 
 
400 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45257  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.68 
 
 
391 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  31.13 
 
 
382 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2409  mandelate racemase  28.78 
 
 
400 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0679047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.65 
 
 
425 aa  151  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  31.48 
 
 
382 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3372  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.86 
 
 
384 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0267  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.86 
 
 
384 aa  151  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.806293  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  33.91 
 
 
362 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1091  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.94 
 
 
387 aa  150  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.08586 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  30.85 
 
 
382 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  30.85 
 
 
382 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  30.85 
 
 
382 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1155  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.92 
 
 
412 aa  150  4e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.516862  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2242  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30 
 
 
412 aa  150  4e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.464149  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5519  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.32 
 
 
381 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.152569  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  30.85 
 
 
382 aa  150  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.08 
 
 
392 aa  149  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  31.56 
 
 
382 aa  149  6e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0291  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.11 
 
 
403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.73 
 
 
391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>