65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4633 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  100 
 
 
177 aa  350  7e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  70.62 
 
 
179 aa  253  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000563624  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  88.04 
 
 
181 aa  162  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  49.08 
 
 
174 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  55.97 
 
 
172 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3806  PAAR  47.85 
 
 
165 aa  135  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  65.26 
 
 
469 aa  129  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  44.97 
 
 
185 aa  115  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  56.31 
 
 
481 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  55.21 
 
 
131 aa  111  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4128  PAAR  44.24 
 
 
164 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  40.66 
 
 
379 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  42.86 
 
 
386 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3002  PAAR  41.67 
 
 
99 aa  58.2  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  30.39 
 
 
174 aa  56.6  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  42.71 
 
 
96 aa  56.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  39.39 
 
 
100 aa  55.5  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  41.67 
 
 
99 aa  52.8  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5249  PAAR repeat-containing protein  41.94 
 
 
96 aa  52  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000530651 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  49.38 
 
 
176 aa  51.6  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2461  hypothetical protein  39.58 
 
 
99 aa  51.2  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0368  PAAR repeat-containing protein  41.24 
 
 
100 aa  50.8  0.000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  39.13 
 
 
113 aa  50.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  40.22 
 
 
96 aa  50.1  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  42.71 
 
 
96 aa  50.1  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  32 
 
 
169 aa  49.7  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2816  PAAR repeat-containing protein  37.63 
 
 
96 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3584  PAAR repeat-containing protein  41.56 
 
 
84 aa  49.3  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1168  putative type VI secretion protein VasV-1, PAAR domain protein  41.05 
 
 
98 aa  48.1  0.00006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173375  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5509  hypothetical protein  41.38 
 
 
87 aa  48.1  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  43.75 
 
 
96 aa  47.8  0.00008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3238  PAAR repeat-containing protein  34.83 
 
 
85 aa  47.8  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198697  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  40.45 
 
 
323 aa  46.2  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  41.94 
 
 
1386 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  36.23 
 
 
461 aa  45.4  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  32.56 
 
 
85 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1664  PAAR repeat-containing protein  36.56 
 
 
96 aa  45.4  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.121011 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  40.2 
 
 
466 aa  45.1  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  32.56 
 
 
85 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6683  PAAR repeat-containing protein  39.78 
 
 
88 aa  44.3  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  43.75 
 
 
87 aa  43.9  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  43.75 
 
 
87 aa  43.9  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  42.65 
 
 
118 aa  44.3  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  39.78 
 
 
88 aa  43.9  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3252  PAAR repeat-containing protein  41.82 
 
 
86 aa  43.9  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.447164  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2854  hypothetical protein  29.41 
 
 
85 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.561027  normal  0.0963885 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  43.75 
 
 
87 aa  43.9  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01943  hypothetical protein  41.38 
 
 
89 aa  43.5  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  38.82 
 
 
592 aa  43.5  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  52.27 
 
 
1409 aa  43.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  40 
 
 
456 aa  43.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  52.5 
 
 
1411 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4801  hypothetical protein  41.18 
 
 
88 aa  43.1  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0636786  normal  0.750355 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  39.58 
 
 
540 aa  42.4  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0119  hypothetical protein  26.16 
 
 
175 aa  42.7  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.435332  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2000  hypothetical protein  27.33 
 
 
175 aa  42.4  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0577978  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  40.32 
 
 
1385 aa  42  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2182  Rhs element Vgr protein  28.46 
 
 
911 aa  42  0.004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.368954  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  39.25 
 
 
456 aa  42  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  40.32 
 
 
1400 aa  42  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  40.32 
 
 
855 aa  41.6  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3130  type VI secretion system Vgr family protein  27.54 
 
 
835 aa  41.2  0.008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0056  PAAR repeat-containing protein  40.82 
 
 
88 aa  41.2  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2373  PAAR repeat-containing protein  36.56 
 
 
96 aa  41.2  0.008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0352022 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5205  PAAR repeat-containing protein  41.82 
 
 
85 aa  41.2  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000429039  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>