149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3879 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  100 
 
 		 423 aa  874    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  63.85 
 
 		 426 aa  556  1e-157  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  40.26 
 
 		 444 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  39.11 
 
 		 414 aa  265  8e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  38.85 
 
 		 414 aa  263  6e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  38.85 
 
 		 440 aa  259  9e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  38.42 
 
 		 420 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  35.56 
 
 		 421 aa  235  1.0000000000000001e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  31.51 
 
 		 419 aa  221  3e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  35.08 
 
 		 412 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  34.05 
 
 		 384 aa  216  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  33.06 
 
 		 413 aa  209  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  32.79 
 
 		 413 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  32.79 
 
 		 413 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  31.54 
 
 		 524 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  35.66 
 
 		 434 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  34.92 
 
 		 407 aa  190  5e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  27.61 
 
 		 390 aa  189  5.999999999999999e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  32.55 
 
 		 473 aa  189  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  29.78 
 
 		 417 aa  189  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  30.16 
 
 		 408 aa  187  3e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  30.21 
 
 		 407 aa  187  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  28.94 
 
 		 389 aa  186  7e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  34.54 
 
 		 409 aa  184  3e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  32.71 
 
 		 408 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  33.07 
 
 		 416 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  32.43 
 
 		 431 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  32.43 
 
 		 444 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  28.86 
 
 		 415 aa  173  5.999999999999999e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  31.56 
 
 		 434 aa  168  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  28.83 
 
 		 424 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  31.05 
 
 		 417 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  28.47 
 
 		 420 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  30.43 
 
 		 445 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  30.73 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  29.3 
 
 		 425 aa  158  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  29.3 
 
 		 425 aa  158  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  29.3 
 
 		 425 aa  158  1e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  28.69 
 
 		 436 aa  159  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  26.98 
 
 		 404 aa  158  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  31.46 
 
 		 416 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  29.62 
 
 		 404 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  31.07 
 
 		 416 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  32.14 
 
 		 434 aa  151  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  31.52 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  27.01 
 
 		 416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  27.57 
 
 		 407 aa  146  5e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  28.53 
 
 		 544 aa  143  4e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  30.13 
 
 		 401 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  29.17 
 
 		 397 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  27.84 
 
 		 406 aa  143  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  27.35 
 
 		 406 aa  143  7e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  29.03 
 
 		 434 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  28.69 
 
 		 428 aa  139  7e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  29.49 
 
 		 432 aa  137  4e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  26.29 
 
 		 409 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  27.45 
 
 		 412 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  27.52 
 
 		 429 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  27.03 
 
 		 398 aa  133  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  26.72 
 
 		 408 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  28.69 
 
 		 441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  27.47 
 
 		 395 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  27.42 
 
 		 411 aa  124  3e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1648  hypothetical protein  26.98 
 
 		 422 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117092  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  25.2 
 
 		 393 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2238  phage portal protein, HK97 family  26.84 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0330088  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  26.17 
 
 		 455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  27.67 
 
 		 429 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  27.1 
 
 		 447 aa  121  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  26.5 
 
 		 436 aa  120  6e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  26.5 
 
 		 436 aa  120  6e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  28.98 
 
 		 460 aa  119  9e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  26.5 
 
 		 457 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  26 
 
 		 455 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  27.56 
 
 		 542 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  25.72 
 
 		 392 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3805  hypothetical protein  25.64 
 
 		 404 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4093  hypothetical protein  25.64 
 
 		 389 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  28.04 
 
 		 445 aa  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  26.29 
 
 		 413 aa  113  6e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  28.04 
 
 		 445 aa  113  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  23.64 
 
 		 417 aa  110  5e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  28.33 
 
 		 454 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  28.33 
 
 		 454 aa  110  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  27.84 
 
 		 414 aa  109  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1628  Phage portal protein, HK97  25.97 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.220321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1485  Phage portal protein, HK97  26.24 
 
 		 399 aa  107  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.334021 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  25.48 
 
 		 420 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  25.21 
 
 		 413 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  26.02 
 
 		 859 aa  106  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  26.02 
 
 		 833 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  26.02 
 
 		 833 aa  106  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  35.23 
 
 		 225 aa  102  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4384  phage portal protein, HK97 family  24.81 
 
 		 264 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  24.02 
 
 		 433 aa  90.9  4e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0697  HK97 family phage portal protein  25.15 
 
 		 399 aa  90.9  4e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.25481e-17 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  25.58 
 
 		 437 aa  90.1  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1968  hypothetical protein  26.21 
 
 		 435 aa  90.5  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2688  phage portal protein, HK97 family  23.75 
 
 		 464 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.912505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1772  HK97 family phage portal protein  24.32 
 
 		 451 aa  85.5  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>