More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0028 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0028  hypothetical protein  100 
 
 
263 aa  523  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0021  hypothetical protein  85.61 
 
 
260 aa  424  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0581916 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0234  hypothetical protein  68.56 
 
 
262 aa  347  8e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0443  hypothetical protein  67.05 
 
 
259 aa  342  3e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0054  hypothetical protein  70.27 
 
 
253 aa  342  4e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.454767  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0477  hypothetical protein  67.92 
 
 
272 aa  329  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.981594  normal  0.577769 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0597  hypothetical protein  70.34 
 
 
259 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2614  hypothetical protein  56.61 
 
 
201 aa  211  8e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.374195  normal  0.0922711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4615  protein of unknown function DUF150  55.56 
 
 
238 aa  211  9e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130835  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0296  hypothetical protein  61.58 
 
 
286 aa  210  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.299993  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1050  hypothetical protein  56.45 
 
 
314 aa  204  8e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3438  hypothetical protein  55.69 
 
 
205 aa  196  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2822  protein of unknown function DUF150  58.19 
 
 
255 aa  192  5e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.189115  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3730  hypothetical protein  57.3 
 
 
257 aa  192  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.401483  normal  0.0819057 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3927  hypothetical protein  52.84 
 
 
220 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2298  protein of unknown function DUF150  54.91 
 
 
279 aa  189  3e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.022015 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2926  protein of unknown function DUF150  55.43 
 
 
251 aa  187  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2700  hypothetical protein  55.43 
 
 
251 aa  187  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.765292 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4070  hypothetical protein  48.6 
 
 
201 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4390  hypothetical protein  47.73 
 
 
201 aa  184  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2074  hypothetical protein  50 
 
 
219 aa  184  2e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0717176  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2162  hypothetical protein  50 
 
 
219 aa  184  2e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.213663  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0750  hypothetical protein  50.58 
 
 
224 aa  182  7e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.251451  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1251  hypothetical protein  50.57 
 
 
209 aa  176  4e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0164  hypothetical protein  45.9 
 
 
204 aa  174  2e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.89885  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2067  hypothetical protein  48.02 
 
 
207 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.677656 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3625  hypothetical protein  47.34 
 
 
207 aa  158  9e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.443103 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2909  hypothetical protein  42.77 
 
 
203 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.829531  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2591  hypothetical protein  38.5 
 
 
206 aa  148  7e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.660768 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0041  hypothetical protein  42.77 
 
 
194 aa  148  9e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2754  hypothetical protein  43.27 
 
 
204 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.229577  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1162  hypothetical protein  42.11 
 
 
204 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0030  hypothetical protein  46.88 
 
 
199 aa  142  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.906317  normal  0.667348 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2823  hypothetical protein  41.52 
 
 
204 aa  141  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3560  hypothetical protein  39.88 
 
 
196 aa  140  3e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0222  hypothetical protein  44.38 
 
 
201 aa  128  1e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3778  hypothetical protein  42.94 
 
 
225 aa  126  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3040  hypothetical protein  40.36 
 
 
178 aa  116  4e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1950  hypothetical protein  40.94 
 
 
176 aa  116  4e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.197995  normal  0.0512088 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2493  hypothetical protein  44.19 
 
 
186 aa  111  1e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0301958  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0609  hypothetical protein  41.98 
 
 
181 aa  110  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.142397  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1751  hypothetical protein  38.62 
 
 
151 aa  108  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3820  hypothetical protein  39.49 
 
 
186 aa  106  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.646345  normal  0.0215546 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0453  protein of unknown function DUF150  39.23 
 
 
152 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5464  hypothetical protein  36.91 
 
 
152 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62780  hypothetical protein  36.91 
 
 
152 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1046  hypothetical protein  35.95 
 
 
158 aa  102  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  7.08313e-08  unclonable  8.57031e-09 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1159  protein of unknown function DUF150  40.43 
 
 
171 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.710629  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1099  hypothetical protein  40.29 
 
 
171 aa  99  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3076  hypothetical protein  38.41 
 
 
153 aa  97.8  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1227  protein of unknown function DUF150  39.72 
 
 
171 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0719  hypothetical protein  39.47 
 
 
169 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.110167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4714  hypothetical protein  39.47 
 
 
152 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.875464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4714  hypothetical protein  38.6 
 
 
169 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109953  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3350  hypothetical protein  35.9 
 
 
153 aa  95.5  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.223242  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4579  hypothetical protein  38.6 
 
 
169 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.312509  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0995  hypothetical protein  39.2 
 
 
154 aa  95.1  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  1.84773e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1138  hypothetical protein  37.76 
 
 
171 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0279371 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3610  hypothetical protein  39.13 
 
 
152 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1666  protein of unknown function DUF150  37.6 
 
 
161 aa  90.9  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  3.15608e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3192  hypothetical protein  34.9 
 
 
153 aa  90.9  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000184124  normal  0.0994389 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3680  hypothetical protein  37.5 
 
 
152 aa  90.5  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.26023e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1585  hypothetical protein  39.69 
 
 
159 aa  90.1  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0279837  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0389  lipoprotein, putative  43.33 
 
 
150 aa  89.7  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.281265  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0553  protein of unknown function DUF150  42.5 
 
 
153 aa  89.7  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.169356 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1552  hypothetical protein  37.5 
 
 
162 aa  89.7  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.75864e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07810  hypothetical protein  32.03 
 
 
159 aa  89.7  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1961  hypothetical protein  33.77 
 
 
153 aa  89.4  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00677493  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1205  protein of unknown function DUF150  33.33 
 
 
156 aa  88.6  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  8.54014e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2710  hypothetical protein  35.06 
 
 
151 aa  88.2  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1944  hypothetical protein  38.1 
 
 
154 aa  87.8  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2817  hypothetical protein  30.77 
 
 
196 aa  87.8  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1662  hypothetical protein  37.3 
 
 
154 aa  87.4  2e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3856  protein of unknown function DUF150  36.88 
 
 
209 aa  87.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.113765  normal  0.0726856 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3037  hypothetical protein  39.39 
 
 
181 aa  87.4  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0110897  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0815  hypothetical protein  30.67 
 
 
153 aa  87  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329343 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2122  hypothetical protein  36.42 
 
 
151 aa  87  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.330912  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1440  protein of unknown function DUF150  32.45 
 
 
154 aa  87  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.266374  normal  0.102283 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42840  hypothetical protein  39.47 
 
 
145 aa  86.7  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1299  hypothetical protein  39.53 
 
 
160 aa  86.3  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  6.13288e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3348  protein of unknown function DUF150  36.11 
 
 
140 aa  85.9  6e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1666  hypothetical protein  39.23 
 
 
159 aa  85.5  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1317  hypothetical protein  36 
 
 
150 aa  85.5  7e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1866  hypothetical protein  41.13 
 
 
142 aa  85.5  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.182542  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4182  hypothetical protein  35.96 
 
 
158 aa  85.1  1e-15  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.844103 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002607  UPF0090 domain-containing protein  33.33 
 
 
151 aa  84.7  1e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.28557e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3467  protein of unknown function DUF150  35.42 
 
 
154 aa  85.1  1e-15  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01301  hypothetical protein  37.93 
 
 
176 aa  85.1  1e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.463213  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2984  hypothetical protein  39.53 
 
 
160 aa  84.3  2e-15  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.49788e-30 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0498  protein of unknown function DUF150  29.8 
 
 
157 aa  84.3  2e-15  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0172  hypothetical protein  32.64 
 
 
151 aa  84.3  2e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.37373e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4492  hypothetical protein  35.09 
 
 
158 aa  83.6  3e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126815  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1025  hypothetical protein  32.88 
 
 
153 aa  83.6  3e-15  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0701268  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1121  hypothetical protein  29.85 
 
 
151 aa  83.6  3e-15  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3478  hypothetical protein  35.42 
 
 
150 aa  83.6  3e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.615546  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3583  hypothetical protein  35.42 
 
 
150 aa  83.6  3e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1898  hypothetical protein  35.77 
 
 
159 aa  83.6  3e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  5.81162e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3645  hypothetical protein  35.42 
 
 
150 aa  83.6  3e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.639432  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3991  hypothetical protein  31.08 
 
 
150 aa  83.2  4e-15  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.06744e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0819  hypothetical protein  31.33 
 
 
153 aa  83.2  4e-15  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>