175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_4247 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4247  porin  100 
 
 
278 aa  544  1e-154  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.740101  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4191  porin  97.11 
 
 
277 aa  495  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5409  porin  92.47 
 
 
279 aa  476  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1292  porin  89.53 
 
 
276 aa  436  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1415  porin  86.69 
 
 
276 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  1.18187e-05 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1001  porin  66.55 
 
 
288 aa  283  3e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.221202  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3379  porin  63.46 
 
 
299 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.332912 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4907  porin  61.28 
 
 
296 aa  268  6e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.279354  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4443  porin  61.28 
 
 
296 aa  268  6e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.877928  normal  0.484649 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1182  porin  62.54 
 
 
289 aa  265  4e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.798606  normal  0.0724335 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1340  porin  62.54 
 
 
289 aa  265  4e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4466  porin  64.48 
 
 
288 aa  262  6e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.927137 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3292  porin  60.67 
 
 
296 aa  261  8e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3005  porin  61.99 
 
 
290 aa  261  8e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6124  porin  62.85 
 
 
288 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3108  porin  61.99 
 
 
290 aa  258  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0475237 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2882  porin  61.99 
 
 
290 aa  258  6e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.174474  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0474  porin  55.56 
 
 
302 aa  258  9e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.682837  hitchhiker  0.00624927 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3986  porin  63.79 
 
 
288 aa  258  1e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0565804  normal  0.846216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4355  porin  63.79 
 
 
288 aa  258  1e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.64859 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4957  porin  55.05 
 
 
302 aa  257  1e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5256  porin  59.45 
 
 
287 aa  257  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1286  porin  62.67 
 
 
288 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4335  porin  61.07 
 
 
294 aa  253  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.274353 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3321  porin  60.9 
 
 
285 aa  252  5e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2003  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3299  porin  57.29 
 
 
287 aa  248  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.466189  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7845  porin  59.79 
 
 
287 aa  246  4e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190915  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0513  porin  53.68 
 
 
279 aa  242  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00240622 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2044  porin  59.6 
 
 
294 aa  239  3e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1624  porin  59.52 
 
 
285 aa  238  6e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5086  porin  50.87 
 
 
274 aa  218  8e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.62657  normal  0.99686 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  47.12 
 
 
274 aa  199  4e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  47.12 
 
 
274 aa  198  9e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0125  porin  42.96 
 
 
283 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2745  porin  43.85 
 
 
285 aa  167  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2972  porin  43.85 
 
 
285 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2428  porin  42.91 
 
 
284 aa  154  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.799812  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2867  porin  43.57 
 
 
285 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3848  porin  48.21 
 
 
287 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.698807 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6698  porin  45.74 
 
 
246 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0423  outer membrane protein, 31 kDa  34.98 
 
 
240 aa  125  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.91759  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2142  porin  46.23 
 
 
284 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.358073  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0366  outer membrane protein Omp31  35.34 
 
 
240 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4777  porin  48.01 
 
 
243 aa  123  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1770  putative outer membrane protein  37.36 
 
 
571 aa  121  1e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7000  hypothetical protein  36.92 
 
 
583 aa  119  5e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  1.22606e-07  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1622  outer membrane protein Omp31  36.15 
 
 
261 aa  114  1e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  37.02 
 
 
258 aa  113  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0836  porin  48.5 
 
 
254 aa  113  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0404918  normal  0.853535 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  37.23 
 
 
248 aa  108  9e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0890  porin  37.91 
 
 
255 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.113086 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2294  porin  42.59 
 
 
250 aa  105  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  38.03 
 
 
254 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  37.08 
 
 
250 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0108  porin  31.45 
 
 
244 aa  98.6  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243352  normal  0.0665959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  33.33 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  34.93 
 
 
452 aa  97.4  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2343  porin  36.36 
 
 
207 aa  96.3  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3546  porin  47.43 
 
 
245 aa  95.9  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.949989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  36.12 
 
 
232 aa  95.9  7e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2527  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  35.25 
 
 
206 aa  95.1  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.442194 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0475  porin  34.2 
 
 
283 aa  95.1  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0556645  normal  0.835122 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0096  outer membrane protein, 31 kDa  36.79 
 
 
237 aa  94.7  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  34.39 
 
 
453 aa  91.3  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0748  putative outer membrane protein  35.89 
 
 
447 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.272117 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3147  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  33.72 
 
 
206 aa  91.7  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0657581  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4378  putative outer-membrane protein, putative secreted protein  36.16 
 
 
212 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71482  normal  0.0231919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4523  putative outer-membrane protein precursor  32.75 
 
 
237 aa  91.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1178  outer membrane protein  31.41 
 
 
207 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.557551  normal  0.0838188 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0900  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  31.92 
 
 
207 aa  87  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.801875  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  36.11 
 
 
229 aa  86.7  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1282  putative outer membrane protein  31.71 
 
 
207 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.494917  normal  0.183567 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6126  putative outer membrane protein  33.85 
 
 
577 aa  85.5  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  32.62 
 
 
236 aa  85.1  1e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  39.38 
 
 
236 aa  84.3  2e-15  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1363  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  30.69 
 
 
207 aa  83.6  3e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.76499  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  35.38 
 
 
710 aa  83.6  3e-15  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0873  porin  36.33 
 
 
449 aa  82.8  5e-15  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0140955  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0795  putative outer membrane protein  33.47 
 
 
454 aa  80.9  2e-14  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.755835 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1729  putative outer membrane protein precursor  32.82 
 
 
206 aa  80.1  3e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.259515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  34.25 
 
 
997 aa  80.5  3e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3142  OmpA domain protein transmembrane region-containing protein  37.65 
 
 
240 aa  79.3  6e-14  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0244  outer membrane protein  32.73 
 
 
241 aa  79  7e-14  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  32.88 
 
 
228 aa  78.6  1e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  32.28 
 
 
240 aa  78.2  1e-13  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  30.88 
 
 
245 aa  78.2  1e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3234  putative outer membrane protein  31.8 
 
 
237 aa  78.2  1e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1238  outer membrane protein, 31 kDa  34.13 
 
 
234 aa  78.2  2e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0278  OmpA-like transmembrane region  34.91 
 
 
245 aa  77.8  2e-13  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.670906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0925  porin  32.28 
 
 
243 aa  77.8  2e-13  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.743956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  32.86 
 
 
230 aa  76.3  5e-13  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  32.86 
 
 
230 aa  76.3  5e-13  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  34.27 
 
 
228 aa  75.9  6e-13  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4826  OmpA-like transmembrane region  29.75 
 
 
251 aa  75.9  8e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.997688  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  34.43 
 
 
449 aa  75.1  1e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  29.08 
 
 
236 aa  75.1  1e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  29.71 
 
 
225 aa  74.7  1e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  29.82 
 
 
237 aa  75.5  1e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  34.27 
 
 
228 aa  73.6  3e-12  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0888  porin  33.18 
 
 
239 aa  72.4  7e-12  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164958 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>