More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4440 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  65.04 
 
 
1157 aa  1262  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  38.87 
 
 
1180 aa  644  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  93.72 
 
 
1147 aa  2043  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  41.23 
 
 
1161 aa  665  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  42.53 
 
 
1162 aa  692  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  39.9 
 
 
1183 aa  649  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  41.48 
 
 
1159 aa  705  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  41.44 
 
 
1164 aa  678  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  41.04 
 
 
1161 aa  686  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  41.87 
 
 
1151 aa  676  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  99.13 
 
 
1147 aa  2219  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  40.72 
 
 
1202 aa  659  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  43.55 
 
 
1164 aa  724  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  43.77 
 
 
1156 aa  733  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  65.16 
 
 
1157 aa  1212  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  68.82 
 
 
1165 aa  1360  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  41.32 
 
 
1156 aa  676  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  100 
 
 
1147 aa  2239  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  38.88 
 
 
1180 aa  641  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  40.03 
 
 
1189 aa  635  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  34.39 
 
 
1155 aa  632  1e-179  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  39.16 
 
 
1183 aa  632  1e-179  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  39 
 
 
1182 aa  624  1e-177  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  38.95 
 
 
1180 aa  617  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  38.61 
 
 
1177 aa  594  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  42.76 
 
 
1167 aa  580  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  39.15 
 
 
1157 aa  563  1e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  37.36 
 
 
1185 aa  534  1e-150  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  39.24 
 
 
1187 aa  531  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  39.26 
 
 
1124 aa  525  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.27 
 
 
1157 aa  517  1e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  36.06 
 
 
1121 aa  506  1e-142  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  36.13 
 
 
1125 aa  505  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  36.23 
 
 
1120 aa  479  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  38.04 
 
 
1106 aa  473  1e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  37.12 
 
 
1119 aa  470  1e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  34.21 
 
 
1183 aa  462  1e-128  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  38.13 
 
 
1106 aa  444  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  35.02 
 
 
1161 aa  432  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  37.37 
 
 
1142 aa  431  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  28.96 
 
 
1089 aa  424  1e-117  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  35.53 
 
 
1166 aa  412  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  27.14 
 
 
854 aa  327  1e-87  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.43 
 
 
860 aa  312  2e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  32.03 
 
 
1147 aa  290  9e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  28.77 
 
 
1173 aa  208  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  29.93 
 
 
1177 aa  205  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  28.57 
 
 
1173 aa  204  1e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  28.89 
 
 
1095 aa  192  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  24.58 
 
 
1173 aa  189  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  28.8 
 
 
1103 aa  178  6e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.58 
 
 
907 aa  175  4e-42  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  28.13 
 
 
1080 aa  175  5e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  28.76 
 
 
1168 aa  174  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  28.54 
 
 
1087 aa  171  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  27.54 
 
 
1165 aa  162  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  30.3 
 
 
1140 aa  159  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.94 
 
 
1251 aa  159  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 
1117 aa  152  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1997  UvrD/REP helicase  27.55 
 
 
1110 aa  141  6e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.469294  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  30.8 
 
 
1184 aa  137  1e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.51 
 
 
1115 aa  135  4e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.92 
 
 
1242 aa  134  1e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  26.82 
 
 
1057 aa  134  1e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  24.42 
 
 
1241 aa  132  4e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  27.04 
 
 
1162 aa  132  4e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  22.05 
 
 
1121 aa  130  1e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1571  UvrD/REP helicase  29.66 
 
 
1110 aa  130  2e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  23.47 
 
 
1282 aa  130  2e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.66 
 
 
1241 aa  129  4e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  21.47 
 
 
1204 aa  128  6e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  24.63 
 
 
1185 aa  128  7e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  32.54 
 
 
1197 aa  128  8e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.16 
 
 
1236 aa  127  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  29.7 
 
 
1101 aa  125  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  29.91 
 
 
1101 aa  124  8e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.16 
 
 
1244 aa  122  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  23.93 
 
 
1320 aa  120  2e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0382  putative recombination protein RecB  23.62 
 
 
915 aa  119  3e-25  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309071  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.26 
 
 
1248 aa  119  4e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  21.38 
 
 
1271 aa  116  2e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.51 
 
 
1061 aa  115  4e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.41 
 
 
1230 aa  114  1e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0699  UvrD/REP helicase  21.17 
 
 
1052 aa  114  1e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.9 
 
 
1168 aa  114  1e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  27.26 
 
 
1241 aa  112  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.28 
 
 
1086 aa  111  7e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  27.26 
 
 
1240 aa  110  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  27.43 
 
 
1241 aa  110  2e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  27.43 
 
 
1241 aa  110  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  26.25 
 
 
1220 aa  110  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  26.25 
 
 
1220 aa  110  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  26.25 
 
 
1220 aa  110  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  27.43 
 
 
1241 aa  110  2e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  22.57 
 
 
1217 aa  109  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  22.57 
 
 
1217 aa  109  3e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  21.11 
 
 
1270 aa  109  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  27.26 
 
 
1241 aa  108  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  27.77 
 
 
1123 aa  108  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.92 
 
 
1273 aa  108  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>