42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Htur_2924 on replicon NC_013743
Organism: Haloterrigena turkmenica DSM 5511



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013743  Htur_2924  Like-Sm ribonucleoprotein core  100 
 
 		 74 aa  147  7e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1066  Like-Sm ribonucleoprotein core  71.43 
 
 		 287 aa  107  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2097  Like-Sm ribonucleoprotein core  67.57 
 
 		 60 aa  90.5  8e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.765143 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2046  Like-Sm ribonucleoprotein core  61.54 
 
 		 80 aa  82  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600722  normal  0.0639389 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0674  Like-Sm ribonucleoprotein core  58.33 
 
 		 61 aa  68.2  0.00000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.973126  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  50 
 
 		 71 aa  64.7  0.0000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  47.89 
 
 		 75 aa  61.6  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  45.95 
 
 		 72 aa  62  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  49.33 
 
 		 75 aa  59.3  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  45.95 
 
 		 72 aa  57.8  0.00000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  46.67 
 
 		 80 aa  57.4  0.00000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  46.67 
 
 		 76 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  48 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  47.76 
 
 		 75 aa  53.9  0.0000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.133876 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  41.67 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63621  predicted protein  43.24 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.733527  normal  0.260452 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_42364  predicted protein  39.51 
 
 		 89 aa  52  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0179041  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  47.76 
 
 		 76 aa  52  0.000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  41.67 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  41.67 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  44 
 
 		 75 aa  51.6  0.000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  41.67 
 
 		 72 aa  51.6  0.000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  42.65 
 
 		 78 aa  50.4  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  40 
 
 		 71 aa  49.7  0.00001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.39 
 
 		 80 aa  49.3  0.00002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1181  Like-Sm ribonucleoprotein core  39.13 
 
 		 87 aa  49.3  0.00002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  decreased coverage  0.00764274  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  37.88 
 
 		 80 aa  48.9  0.00003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  40.58 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  37.88 
 
 		 80 aa  48.1  0.00004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  37.88 
 
 		 80 aa  47.8  0.00005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  39.71 
 
 		 72 aa  47  0.00008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  37.68 
 
 		 79 aa  47  0.00009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10007  U6 small nuclear ribonucleoprotein (Lsm3), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12570)  38.75 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  35.9 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05679  small nuclear ribonucleoprotein (LSM5), putative (AFU_orthologue; AFUA_7G04280)  30.99 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  36.23 
 
 		 87 aa  45.1  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00778138 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_23784  predicted protein  30 
 
 		 73 aa  43.1  0.001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0444134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43771  predicted protein  46.34 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006683  CNN01500  u6 snRNA-associated sm-like protein lsm6, putative  38.36 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.919907  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA07590  Sm-like protein, putative  33.33 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32889  predicted protein  45.45 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_32713  predicted protein  33.33 
 
 		 93 aa  40.4  0.009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.469951  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>