More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3182 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_3182  DNA repair protein RadA  100 
 
 
465 aa  929  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.540345 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  55.9 
 
 
453 aa  503  1e-141  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  7.66532e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  55.26 
 
 
450 aa  493  1e-138  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  55.34 
 
 
460 aa  490  1e-137  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.85269e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  55.79 
 
 
450 aa  486  1e-136  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.97198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  53.59 
 
 
449 aa  476  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  53.81 
 
 
448 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  52.99 
 
 
462 aa  455  1e-127  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  50.76 
 
 
458 aa  452  1e-126  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  50.54 
 
 
458 aa  453  1e-126  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  50.54 
 
 
458 aa  453  1e-126  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  50.54 
 
 
458 aa  452  1e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  50.98 
 
 
458 aa  454  1e-126  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
458 aa  451  1e-125  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  53.16 
 
 
453 aa  449  1e-125  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
458 aa  450  1e-125  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
458 aa  451  1e-125  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
458 aa  451  1e-125  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
458 aa  451  1e-125  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
458 aa  451  1e-125  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  51.38 
 
 
454 aa  447  1e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  51.97 
 
 
452 aa  444  1e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  53.42 
 
 
462 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3538  DNA repair protein RadA  51.98 
 
 
462 aa  438  1e-122  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  50.22 
 
 
484 aa  436  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3565  DNA repair protein RadA  52.89 
 
 
471 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.946618  normal  0.041039 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  47.93 
 
 
452 aa  434  1e-120  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  48.81 
 
 
457 aa  434  1e-120  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  48.03 
 
 
454 aa  433  1e-120  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  48.03 
 
 
454 aa  433  1e-120  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  52.3 
 
 
448 aa  427  1e-118  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  50.98 
 
 
449 aa  426  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  46.26 
 
 
457 aa  425  1e-118  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  47.26 
 
 
453 aa  425  1e-117  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  46.96 
 
 
457 aa  421  1e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  47.51 
 
 
470 aa  420  1e-116  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  49.78 
 
 
489 aa  419  1e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  49.13 
 
 
465 aa  420  1e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 
449 aa  416  1e-115  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  50.11 
 
 
453 aa  417  1e-115  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 
453 aa  417  1e-115  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  48.14 
 
 
447 aa  415  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  45.77 
 
 
459 aa  414  1e-114  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02144e-10 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  49.13 
 
 
464 aa  410  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  46.62 
 
 
457 aa  410  1e-113  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  49.02 
 
 
452 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  49.02 
 
 
452 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  49.24 
 
 
451 aa  405  1e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  50.88 
 
 
445 aa  406  1e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  46.39 
 
 
451 aa  403  1e-111  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.55938e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  43.76 
 
 
454 aa  404  1e-111  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  46.39 
 
 
451 aa  402  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  47.49 
 
 
476 aa  403  1e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  47.07 
 
 
452 aa  399  1e-110  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  44.78 
 
 
514 aa  400  1e-110  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  44.78 
 
 
514 aa  400  1e-110  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  45.89 
 
 
451 aa  399  1e-110  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.21912e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  50.91 
 
 
463 aa  400  1e-110  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  47.19 
 
 
462 aa  399  1e-110  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  45.73 
 
 
450 aa  400  1e-110  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 
455 aa  399  1e-110  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  43.14 
 
 
457 aa  400  1e-110  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  48.37 
 
 
455 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  45.41 
 
 
450 aa  396  1e-109  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  44.06 
 
 
453 aa  395  1e-109  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  44.2 
 
 
446 aa  397  1e-109  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  44.27 
 
 
457 aa  392  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  47.96 
 
 
453 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  43.84 
 
 
453 aa  394  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  48.7 
 
 
455 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  43.13 
 
 
458 aa  394  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  44.44 
 
 
507 aa  392  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  46.78 
 
 
463 aa  395  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 
458 aa  395  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  46.78 
 
 
463 aa  395  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  48.17 
 
 
453 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  47.71 
 
 
453 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  43.46 
 
 
520 aa  393  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  45.14 
 
 
461 aa  394  1e-108  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  48.8 
 
 
456 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  48.48 
 
 
477 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  47.62 
 
 
457 aa  394  1e-108  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0887  DNA repair protein RadA  45.51 
 
 
450 aa  390  1e-107  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  48.26 
 
 
456 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  46.74 
 
 
464 aa  389  1e-107  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  46.3 
 
 
462 aa  388  1e-107  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  48.26 
 
 
456 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  48.28 
 
 
467 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  48.8 
 
 
456 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  47.72 
 
 
460 aa  390  1e-107  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  46.12 
 
 
481 aa  389  1e-107  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1452  DNA repair protein RadA  48.51 
 
 
478 aa  390  1e-107  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00987951 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  48.04 
 
 
456 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0158  DNA repair protein RadA  45.14 
 
 
456 aa  386  1e-106  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00234882  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0449  DNA repair protein RadA  47.01 
 
 
467 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.165637  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  43.56 
 
 
461 aa  385  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1207  DNA repair protein RadA  50.93 
 
 
458 aa  386  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0455  DNA repair protein RadA  47.01 
 
 
467 aa  386  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  44.57 
 
 
455 aa  385  1e-106  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  48.15 
 
 
448 aa  385  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>