196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0070 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
124 aa  246  6e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  47.75 
 
 
120 aa  104  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.44 
 
 
128 aa  99.4  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.35 
 
 
128 aa  98.6  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1886  hydrogenase expression/synthesis HypA  41.53 
 
 
127 aa  87.8  5e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.552907  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.94 
 
 
113 aa  85.1  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.84 
 
 
135 aa  82.8  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.04 
 
 
121 aa  80.1  0.000000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.54 
 
 
113 aa  80.1  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.84 
 
 
113 aa  79  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
113 aa  78.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.94 
 
 
136 aa  79  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.84 
 
 
109 aa  76.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.84 
 
 
139 aa  76.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.84 
 
 
139 aa  76.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
115 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.04 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
113 aa  75.1  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
113 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1649  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.84 
 
 
136 aa  73.6  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  40.35 
 
 
113 aa  73.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1565  hydrogenase expression/synthesis HypA  29.46 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
123 aa  72.4  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.72 
 
 
113 aa  72.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
110 aa  72.8  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
119 aa  72  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0757  hydrogenase expression/synthesis HypA  31.09 
 
 
117 aa  71.2  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.497459  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4944  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.25 
 
 
114 aa  71.2  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000180584  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1094  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.43 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
119 aa  70.9  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.33 
 
 
114 aa  70.9  0.000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.14 
 
 
110 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
119 aa  70.5  0.000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0929  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.43 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.11958  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.87 
 
 
130 aa  69.7  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.63 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3018  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.53 
 
 
112 aa  68.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.43 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.73 
 
 
114 aa  68.6  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.62 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.91 
 
 
117 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
110 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2547  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.84 
 
 
117 aa  67.8  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.101979  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.14 
 
 
112 aa  67.4  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4500  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.36 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.149188 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0449  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.62 
 
 
117 aa  66.6  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.23 
 
 
110 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  36.04 
 
 
110 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.73 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  29.73 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.73 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
115 aa  65.9  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.23 
 
 
109 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.73 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1889  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.83 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  32.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2166  hydrogenase nickel insertion protein HypA  27.27 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.591448  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.73 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  32.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  29.73 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  32.43 
 
 
113 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
113 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.53 
 
 
113 aa  64.3  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1424  hydrogenase expression/synthesis, HypA  27.93 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  32.43 
 
 
112 aa  63.9  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  31.25 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.64 
 
 
117 aa  62.8  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  31.25 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  29.09 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
120 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0024  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.75 
 
 
123 aa  63.5  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
117 aa  63.2  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  31.25 
 
 
116 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  34.23 
 
 
110 aa  63.2  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  29.09 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  35.4 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.53 
 
 
110 aa  62  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.91 
 
 
125 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
113 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1498  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.9 
 
 
117 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.53 
 
 
114 aa  62.4  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  33.64 
 
 
110 aa  62.8  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1931  hydrogenase nickel incorporation protein  26.79 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350795  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
112 aa  61.6  0.000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  30.36 
 
 
120 aa  62  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>