More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1084 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B3749  ribokinase  80.69 
 
 		 404 aa  674    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3859  ribokinase  80.69 
 
 		 404 aa  674    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3816  ribokinase  80.69 
 
 		 404 aa  674    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3738  ribokinase  80.69 
 
 		 404 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3918  ribokinase  80.45 
 
 		 404 aa  672    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1084  PfkB family DNA-binding protein/kinase  100 
 
 		 404 aa  827    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  49.24 
 
 		 403 aa  366  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1789  putative regulatory protein, DeoR family  47.24 
 
 		 408 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1516  putative regulatory protein  47.24 
 
 		 408 aa  323  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.115936  hitchhiker  0.000000147446 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1495  putative regulatory protein  47.24 
 
 		 408 aa  323  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.943692  hitchhiker  0.0000000000000150767 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1960  putative regulatory protein  47.24 
 
 		 408 aa  323  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000520335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1479  putative regulatory protein DeoR family  46.98 
 
 		 408 aa  322  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.255884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  43.97 
 
 		 424 aa  295  7e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  42.21 
 
 		 403 aa  295  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  42.03 
 
 		 398 aa  294  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  45.25 
 
 		 318 aa  256  4e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  38.54 
 
 		 307 aa  202  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  39.01 
 
 		 299 aa  196  8.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  36.88 
 
 		 305 aa  194  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  37.25 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  39.22 
 
 		 305 aa  189  8e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7361  ribokinase  36.3 
 
 		 308 aa  184  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  37.98 
 
 		 320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  37.98 
 
 		 320 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  37.54 
 
 		 307 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  36.52 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  36.18 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  36.51 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  37 
 
 		 295 aa  177  4e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  39.86 
 
 		 306 aa  176  8e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  38.72 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  36.13 
 
 		 308 aa  176  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  38.35 
 
 		 309 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  38.35 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  38.35 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  35.22 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  38.35 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  38.35 
 
 		 309 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  38.35 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  38.35 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  39.37 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  38.35 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  36.88 
 
 		 308 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  34.41 
 
 		 295 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  36.91 
 
 		 318 aa  173  5e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  36.58 
 
 		 305 aa  173  5.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  35.86 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  37.62 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  37.62 
 
 		 304 aa  172  7.999999999999999e-42  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  36.26 
 
 		 308 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  36.26 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  36.48 
 
 		 307 aa  172  1e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  36.26 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  34.68 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  34.23 
 
 		 303 aa  171  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  38.28 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  33.73 
 
 		 345 aa  171  3e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  38.28 
 
 		 309 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  36 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  35.45 
 
 		 309 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  37.63 
 
 		 328 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  38.28 
 
 		 309 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  38.28 
 
 		 309 aa  170  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  34.85 
 
 		 309 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  36.51 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  38.28 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  33.78 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  36.4 
 
 		 310 aa  169  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  37.24 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  35.35 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  35.82 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  35.82 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  35.82 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  35.82 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  35.82 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  37.33 
 
 		 319 aa  167  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  38.06 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  35.97 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  35.97 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  35.33 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  36.08 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  36.84 
 
 		 311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  33.92 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  36.7 
 
 		 302 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  34.21 
 
 		 306 aa  164  4.0000000000000004e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  33.33 
 
 		 309 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6950  ribokinase  37.94 
 
 		 308 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  37.45 
 
 		 314 aa  163  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7825  putative ribokinase  37.91 
 
 		 310 aa  163  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  32.67 
 
 		 316 aa  162  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  36.07 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  32.56 
 
 		 308 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  35.37 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  36.07 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  34.58 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4655  ribokinase  35.35 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.557505 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  33.57 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  36.21 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6387  ribokinase  34.44 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.906333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  33.11 
 
 		 310 aa  160  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>