More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_2405 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  99.63 
 
 
543 aa  1120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  74.41 
 
 
547 aa  851  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  83.09 
 
 
544 aa  967  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  99.08 
 
 
543 aa  1113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  84.71 
 
 
543 aa  969  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  84.53 
 
 
543 aa  968  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  84.53 
 
 
543 aa  966  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  84.71 
 
 
543 aa  969  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  99.63 
 
 
543 aa  1120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1954  extracellular solute-binding protein family 5  73.13 
 
 
547 aa  834  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  99.64 
 
 
558 aa  1150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  83.98 
 
 
543 aa  962  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  73.44 
 
 
545 aa  849  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  72.05 
 
 
556 aa  849  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  99.63 
 
 
543 aa  1120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  75.78 
 
 
545 aa  869  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2702  extracellular solute-binding protein  64.17 
 
 
545 aa  756  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108728  hitchhiker  0.000845971 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  99.63 
 
 
543 aa  1120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  77.9 
 
 
525 aa  864  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
558 aa  1154  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  9.00492e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  76.88 
 
 
545 aa  882  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  76.88 
 
 
545 aa  881  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2286  extracellular solute-binding protein family 5  71.98 
 
 
545 aa  808  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.137787  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  99.64 
 
 
558 aa  1150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  2.1243e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  99.46 
 
 
558 aa  1149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  72.23 
 
 
556 aa  851  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0019  extracellular solute-binding protein  56.64 
 
 
533 aa  592  1e-168  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  52.7 
 
 
543 aa  588  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  54.85 
 
 
542 aa  582  1e-165  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0021  extracellular solute-binding protein  52.83 
 
 
561 aa  579  1e-164  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  50.64 
 
 
555 aa  574  1e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002959  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  52.56 
 
 
558 aa  568  1e-160  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1946  oligopeptide transport system permease protein B  52.08 
 
 
554 aa  556  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  51.26 
 
 
558 aa  548  1e-155  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  50.46 
 
 
543 aa  546  1e-154  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  50 
 
 
539 aa  547  1e-154  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001004  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  48.6 
 
 
541 aa  541  1e-152  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2654  extracellular solute-binding protein family 5  48.53 
 
 
544 aa  538  1e-152  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.411058  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  48.52 
 
 
536 aa  535  1e-151  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1698  extracellular solute-binding protein family 5  48.72 
 
 
537 aa  526  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07058  hypothetical protein  46.25 
 
 
559 aa  523  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1906  extracellular solute-binding protein  49.07 
 
 
538 aa  515  1e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1798  murein tripeptide ABC transporter, periplasmic murein peptide-binding protein  49.16 
 
 
538 aa  517  1e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2389  murein tripeptide ABC transporter periplasmic murein peptide-binding protein  49.07 
 
 
538 aa  515  1e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.536818  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1542  periplasmic murein peptide-binding protein  48.21 
 
 
537 aa  508  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1446  periplasmic murein peptide-binding protein  48.21 
 
 
537 aa  508  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2316  extracellular solute-binding protein family 5  48.21 
 
 
537 aa  508  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151568  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01307  murein tripeptide (L-ala-gamma-D-glutamyl-meso-DAP) transporter subunit  48.21 
 
 
537 aa  508  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.466837  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2295  extracellular solute-binding protein  48.21 
 
 
537 aa  508  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01317  hypothetical protein  48.21 
 
 
537 aa  508  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.441272  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2611  extracellular solute-binding protein  47.87 
 
 
544 aa  507  1e-142  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.502409 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1569  periplasmic murein peptide-binding protein  48.21 
 
 
537 aa  507  1e-142  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1804  periplasmic murein peptide-binding protein  48.24 
 
 
537 aa  505  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048276  normal  0.542022 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1977  periplasmic murein peptide-binding protein  48.02 
 
 
537 aa  504  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.526776 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1653  periplasmic murein peptide-binding protein  48.42 
 
 
537 aa  505  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0552012 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1471  periplasmic murein peptide-binding protein  48.24 
 
 
537 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.857837  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1803  periplasmic murein peptide-binding protein  48.24 
 
 
537 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00501366 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1770  extracellular solute-binding protein family 5  47.01 
 
 
560 aa  504  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1865  periplasmic murein peptide-binding protein  48.42 
 
 
537 aa  505  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  normal  0.987558 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1792  periplasmic murein peptide-binding protein  47.21 
 
 
537 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2601  extracellular solute-binding protein family 5  47.38 
 
 
538 aa  501  1e-140  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1735  extracellular solute-binding protein family 5  47.96 
 
 
538 aa  498  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2148  extracellular solute-binding protein  48.26 
 
 
538 aa  489  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2319  extracellular solute-binding protein family 5  46.99 
 
 
538 aa  481  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3263  extracellular solute-binding protein  44.84 
 
 
537 aa  463  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.35798  normal  0.0152453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4505  extracellular solute-binding protein  42.12 
 
 
538 aa  459  1e-128  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.347947 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5413  4-phytase  45.56 
 
 
537 aa  461  1e-128  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0115  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  44.55 
 
 
536 aa  461  1e-128  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0757  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  42.41 
 
 
538 aa  455  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4866  extracellular solute-binding protein  45.17 
 
 
537 aa  458  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5318  extracellular solute-binding protein  45.03 
 
 
537 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.177529  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4438  extracellular solute-binding protein family 5  43.52 
 
 
538 aa  455  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454229  normal  0.829261 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5542  extracellular solute-binding protein  45.03 
 
 
537 aa  457  1e-127  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.390888  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4730  extracellular solute-binding protein  45.03 
 
 
537 aa  456  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4331  putative binding protein  43.96 
 
 
535 aa  454  1e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02892  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  44.34 
 
 
535 aa  454  1e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.922865  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3198  putative binding protein  44.34 
 
 
535 aa  454  1e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0677  putative binding protein  44.34 
 
 
535 aa  454  1e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02842  hypothetical protein  44.34 
 
 
535 aa  454  1e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.81173  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0680  extracellular solute-binding protein family 5  44.34 
 
 
535 aa  454  1e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3311  putative binding protein  44.15 
 
 
535 aa  449  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.43332  normal  0.120975 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2219  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.49 
 
 
550 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0351  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.76 
 
 
554 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1534  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.76 
 
 
554 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0385  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.76 
 
 
554 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.918509  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2903  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.76 
 
 
554 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3019  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.76 
 
 
554 aa  437  1e-121  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1253  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.76 
 
 
554 aa  438  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1724  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  43.76 
 
 
554 aa  437  1e-121  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532344  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003657  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  42.57 
 
 
536 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3050  extracellular solute-binding protein  40.78 
 
 
539 aa  423  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.423075 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7030  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  44.16 
 
 
537 aa  423  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.394274  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1569  extracellular solute-binding protein  40.6 
 
 
534 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.199164  normal  0.0577205 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1328  extracellular solute-binding protein  40.6 
 
 
534 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  41.17 
 
 
526 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  40.38 
 
 
526 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2999  extracellular solute-binding protein  40.77 
 
 
549 aa  363  6e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.305947  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  37.55 
 
 
533 aa  362  1e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2435  extracellular solute-binding protein  38.04 
 
 
549 aa  359  7e-98  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.882532  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  36.91 
 
 
532 aa  357  4e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>