More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3438 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  54.02 
 
 		 1106 aa  1016    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  100 
 
 		 1125 aa  2272    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  53.17 
 
 		 1119 aa  1015    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  50.31 
 
 		 1120 aa  989    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  49.25 
 
 		 1121 aa  988    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  53.75 
 
 		 1106 aa  981    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  49.47 
 
 		 1124 aa  909    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  38.42 
 
 		 1156 aa  600  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  36.9 
 
 		 1180 aa  593  1e-168  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  36.75 
 
 		 1180 aa  590  1e-167  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  38.03 
 
 		 1157 aa  591  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  36.72 
 
 		 1161 aa  575  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0202  UvrD/REP helicase  35.84 
 
 		 1159 aa  572  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  36.52 
 
 		 1180 aa  570  1e-161  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.14 
 
 		 1177 aa  567  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  34.86 
 
 		 1156 aa  569  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  36.28 
 
 		 1161 aa  562  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0387  UvrD/REP helicase  35.47 
 
 		 1164 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.625573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  35.8 
 
 		 1183 aa  550  1e-155  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  37.15 
 
 		 1187 aa  549  1e-154  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  34.94 
 
 		 1162 aa  548  1e-154  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  36.74 
 
 		 1164 aa  545  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  33.08 
 
 		 1155 aa  545  1e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4286  double-strand break repair helicase AddA  35.31 
 
 		 1183 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.564831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  36.79 
 
 		 1185 aa  539  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3959  double-strand break repair helicase AddA  35.92 
 
 		 1183 aa  534  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0050  UvrD/REP helicase  34.84 
 
 		 1202 aa  536  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.253682 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  34.12 
 
 		 1182 aa  506  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4954  double-strand break repair helicase AddA  37.31 
 
 		 1147 aa  504  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.218744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1610  double-strand break repair helicase AddA  37.47 
 
 		 1157 aa  500  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4904  double-strand break repair helicase AddA  36.1 
 
 		 1147 aa  488  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.921527 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4440  double-strand break repair helicase AddA  36.01 
 
 		 1147 aa  488  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.548671  normal  0.292809 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1455  UvrD-like DNA helicase, C terminal  35.27 
 
 		 1157 aa  485  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.719405  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1997  UvrD/REP helicase  35.14 
 
 		 1161 aa  479  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283179  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0157  UvrD/REP helicase  34.19 
 
 		 1166 aa  478  1e-133  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.271961  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3242  double-strand break repair helicase AddA  37.74 
 
 		 1189 aa  475  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  34.38 
 
 		 1151 aa  474  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0489  double-strand break repair helicase AddA  37.38 
 
 		 1157 aa  473  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.127792  hitchhiker  0.00205602 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  29.79 
 
 		 1089 aa  437  1e-121  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0629  UvrD/REP helicase  30.15 
 
 		 854 aa  386  1e-105  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2681  double-strand break repair helicase AddA  38.28 
 
 		 1142 aa  382  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  36.09 
 
 		 1167 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0387  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.82 
 
 		 860 aa  374  1e-102  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  32.12 
 
 		 1147 aa  348  5e-94  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1305  UvrD/REP helicase  27.1 
 
 		 1185 aa  243  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.737945  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  27.96 
 
 		 1177 aa  218  7e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0033  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.74 
 
 		 1089 aa  199  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.115384 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  26.91 
 
 		 1173 aa  198  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  27.37 
 
 		 1173 aa  193  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2114  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  26.74 
 
 		 1197 aa  185  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  27.17 
 
 		 1187 aa  181  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27.05 
 
 		 1117 aa  179  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0467  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.96 
 
 		 907 aa  177  9.999999999999999e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1285  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  27.21 
 
 		 1086 aa  167  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196421  normal  0.100578 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1503  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 		 1101 aa  164  9e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699543  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.78 
 
 		 1241 aa  162  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2641  UvrD/REP helicase  25.61 
 
 		 1168 aa  163  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0136938 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3377  double-strand break repair helicase AddA  57.76 
 
 		 1165 aa  162  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.291395  normal  0.767589 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.47 
 
 		 1251 aa  161  6e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  27.7 
 
 		 1107 aa  160  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0648  UvrD/REP helicase  26 
 
 		 1140 aa  159  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.464664  normal  0.326348 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2193  UvrD/REP helicase  25.89 
 
 		 1103 aa  159  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  27.57 
 
 		 1115 aa  155  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2355  UvrD/REP helicase  26.09 
 
 		 1101 aa  155  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  23.23 
 
 		 1244 aa  153  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  25.64 
 
 		 1087 aa  152  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  25.51 
 
 		 1149 aa  148  6e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2265  UvrD/REP helicase  25.32 
 
 		 1095 aa  146  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.57 
 
 		 1236 aa  142  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  30.96 
 
 		 1080 aa  140  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  25.34 
 
 		 1061 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  22.65 
 
 		 1248 aa  139  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.81 
 
 		 1244 aa  137  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.21 
 
 		 1057 aa  137  9.999999999999999e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.33 
 
 		 1230 aa  132  4.0000000000000003e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.47 
 
 		 1241 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.47 
 
 		 1241 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.47 
 
 		 1241 aa  130  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  25.09 
 
 		 1241 aa  130  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.91 
 
 		 1241 aa  130  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  25.09 
 
 		 1241 aa  130  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.65 
 
 		 1241 aa  129  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.65 
 
 		 1241 aa  129  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  21.38 
 
 		 1218 aa  129  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  24.16 
 
 		 1392 aa  129  4.0000000000000003e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  28.6 
 
 		 1131 aa  129  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  25 
 
 		 1240 aa  128  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0090  putative recombination protein RecB  26.58 
 
 		 903 aa  128  7e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  25.4 
 
 		 1242 aa  126  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0468  UvrD/REP helicase  26.82 
 
 		 1134 aa  126  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.81 
 
 		 1226 aa  127  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  25.24 
 
 		 1054 aa  126  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.98 
 
 		 1155 aa  126  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3423  recombination helicase AddA  21.73 
 
 		 1377 aa  125  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  28.07 
 
 		 1047 aa  126  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1654  putative recombination protein RecB  26.5 
 
 		 921 aa  124  8e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  27.6 
 
 		 1226 aa  124  9e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  27.19 
 
 		 1118 aa  124  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  25.11 
 
 		 1061 aa  124  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2896  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 1165 aa  124  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.522615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>