More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1431 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  100 
 
 		 318 aa  639    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 325 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  35.18 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 316 aa  185  8e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 341 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 312 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  35.26 
 
 		 320 aa  159  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 311 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 320 aa  155  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 345 aa  149  6e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.97 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  32.97 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.94 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  33.73 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  33.73 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.26 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.26 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.86 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.61 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 329 aa  136  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 307 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.09 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  31.23 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  30.94 
 
 		 302 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 317 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 311 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.46 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.65 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 332 aa  119  4.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 306 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 292 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>