More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0220 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  100 
 
 		 277 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.37 
 
 		 276 aa  403  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.93 
 
 		 271 aa  358  5e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  65.93 
 
 		 271 aa  357  8e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.71 
 
 		 271 aa  351  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.36 
 
 		 272 aa  323  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.19 
 
 		 300 aa  308  5.9999999999999995e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.18 
 
 		 275 aa  301  9e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  50.91 
 
 		 275 aa  298  5e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  57.66 
 
 		 279 aa  297  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.07 
 
 		 277 aa  294  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  50.55 
 
 		 275 aa  293  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  55.35 
 
 		 280 aa  293  3e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  55.35 
 
 		 280 aa  293  3e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.31 
 
 		 281 aa  289  3e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.65 
 
 		 282 aa  287  1e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  48.91 
 
 		 275 aa  285  5e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  47.08 
 
 		 275 aa  283  2.0000000000000002e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  53.14 
 
 		 284 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.11 
 
 		 286 aa  281  9e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.11 
 
 		 290 aa  280  2e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  52.21 
 
 		 277 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  52.38 
 
 		 277 aa  266  4e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  52.38 
 
 		 277 aa  265  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  48.91 
 
 		 277 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.18 
 
 		 285 aa  257  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.45 
 
 		 281 aa  255  4e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  46.74 
 
 		 280 aa  251  9.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.85 
 
 		 286 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  44.32 
 
 		 283 aa  245  4.9999999999999997e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  43.96 
 
 		 283 aa  242  3.9999999999999997e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  50.6 
 
 		 277 aa  241  7.999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 		 258 aa  226  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 		 258 aa  226  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 		 258 aa  226  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  41.54 
 
 		 258 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  41.82 
 
 		 258 aa  215  5.9999999999999996e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 258 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 256 aa  209  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 256 aa  208  9e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 		 256 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  38.24 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  38.24 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  38.24 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  38.24 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 		 256 aa  196  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 		 269 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 		 269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 		 256 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 		 269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  37.87 
 
 		 269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 		 269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 		 269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 		 256 aa  189  5e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  37.87 
 
 		 256 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  35.66 
 
 		 273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 		 338 aa  158  7e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 280 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 		 287 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  35.02 
 
 		 278 aa  145  6e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 		 285 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 279 aa  143  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 278 aa  141  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  31.64 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.3 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 		 272 aa  139  3.9999999999999997e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  33.09 
 
 		 272 aa  137  2e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  32.85 
 
 		 286 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  31.19 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  38.71 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  32.25 
 
 		 277 aa  136  4e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 		 276 aa  135  8e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  32.12 
 
 		 272 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 		 271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 344 aa  132  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 		 267 aa  132  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 		 291 aa  132  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 		 291 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6077  oxidoreductase  33.22 
 
 		 285 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 		 268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.72 
 
 		 271 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  31.34 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  31.34 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  31.34 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  31.34 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  31.34 
 
 		 291 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  36.92 
 
 		 274 aa  129  6e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.46 
 
 		 291 aa  128  8.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 		 273 aa  128  8.000000000000001e-29  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  31.34 
 
 		 291 aa  128  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  33.2 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.04 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>