More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_352 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  77.64 
 
 
416 aa  657    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  100 
 
 
418 aa  849    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  73.21 
 
 
418 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.56 
 
 
877 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  30.5 
 
 
907 aa  188  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  29.66 
 
 
888 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  29.13 
 
 
880 aa  181  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  30.02 
 
 
875 aa  180  4e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  29.79 
 
 
875 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  29.43 
 
 
877 aa  177  3e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  28.54 
 
 
896 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.94 
 
 
892 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  30.83 
 
 
880 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  30.34 
 
 
888 aa  174  3.9999999999999995e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  31.86 
 
 
867 aa  169  6e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  30.2 
 
 
880 aa  169  6e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  29.4 
 
 
902 aa  169  6e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  28.37 
 
 
890 aa  167  4e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  30.63 
 
 
898 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  29.34 
 
 
388 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  29.26 
 
 
880 aa  161  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  32.51 
 
 
450 aa  159  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.51 
 
 
450 aa  159  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  27.38 
 
 
875 aa  159  7e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  30.56 
 
 
863 aa  158  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  31.1 
 
 
865 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  30.23 
 
 
863 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  29.8 
 
 
904 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  36.12 
 
 
883 aa  155  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  30.57 
 
 
404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  28.81 
 
 
881 aa  153  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  30.03 
 
 
859 aa  152  7e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  32 
 
 
845 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.68 
 
 
847 aa  151  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.9 
 
 
873 aa  150  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.31 
 
 
903 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.08 
 
 
903 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  33.22 
 
 
383 aa  147  3e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.44 
 
 
905 aa  145  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  27.35 
 
 
904 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.47 
 
 
422 aa  140  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.44 
 
 
903 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  31.02 
 
 
874 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  34.85 
 
 
885 aa  137  5e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  35.24 
 
 
821 aa  133  6e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  28.44 
 
 
567 aa  132  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  31.6 
 
 
872 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  28.38 
 
 
909 aa  131  2.0000000000000002e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  36.92 
 
 
909 aa  128  2.0000000000000002e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  29.45 
 
 
1077 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  29.23 
 
 
374 aa  125  1e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.84 
 
 
469 aa  124  4e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  27.11 
 
 
907 aa  122  8e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.18 
 
 
854 aa  120  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  30.67 
 
 
418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.77 
 
 
468 aa  117  5e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  31.17 
 
 
418 aa  116  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.45 
 
 
483 aa  116  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  37.64 
 
 
415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  32.27 
 
 
873 aa  115  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  33.93 
 
 
477 aa  115  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9036  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  27.89 
 
 
491 aa  115  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192829  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  29.55 
 
 
495 aa  114  3e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  37.08 
 
 
415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03271  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  35.96 
 
 
415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.163609  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  28 
 
 
403 aa  110  3e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  37.14 
 
 
415 aa  110  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  30.27 
 
 
377 aa  109  8.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  29 
 
 
479 aa  109  8.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  34.39 
 
 
483 aa  107  4e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  27.71 
 
 
404 aa  106  7e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  36.63 
 
 
415 aa  106  8e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.95 
 
 
471 aa  106  8e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  28.51 
 
 
476 aa  105  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  30.25 
 
 
470 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.58 
 
 
484 aa  104  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  29.34 
 
 
489 aa  103  4e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0060  tRNA adenylyltransferase  28.75 
 
 
475 aa  103  5e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.451798 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6436  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  27.81 
 
 
473 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1213  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.96 
 
 
479 aa  102  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31840  tRNA adenylyltransferase  31.54 
 
 
471 aa  102  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4968  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.1 
 
 
490 aa  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.35 
 
 
561 aa  100  4e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  37.42 
 
 
448 aa  100  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3102  metal-dependent phosphohydrolase  28.1 
 
 
552 aa  100  5e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.43 
 
 
499 aa  100  5e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  30.33 
 
 
474 aa  100  5e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.29 
 
 
471 aa  99.8  8e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  25.42 
 
 
484 aa  98.2  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2542  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.53 
 
 
492 aa  98.2  3e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.277933 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0158  metal dependent phosphohydrolase  33.5 
 
 
472 aa  97.1  5e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39600  tRNA adenylyltransferase  28.85 
 
 
523 aa  96.7  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4157  metal dependent phosphohydrolase  29.18 
 
 
496 aa  96.7  7e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3924  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.16 
 
 
502 aa  95.9  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23340  tRNA adenylyltransferase  28.74 
 
 
483 aa  95.1  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5079  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  29.02 
 
 
487 aa  95.5  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  28.39 
 
 
475 aa  95.1  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4840  tRNA adenylyltransferase  30.67 
 
 
489 aa  94.4  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305864  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5397  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  27.78 
 
 
464 aa  94.4  3e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3571  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.11 
 
 
483 aa  94  5e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.564653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>