210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0339 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0339  OMPP1/FadL/TodX family outer membrane protein  100 
 
 
409 aa  843    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.746595  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2250  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  55.24 
 
 
407 aa  426  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0289  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  53.75 
 
 
401 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.233106 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  46.14 
 
 
416 aa  367  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  45.93 
 
 
400 aa  362  7.0000000000000005e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  40.63 
 
 
439 aa  332  6e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1800  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  42.33 
 
 
424 aa  327  3e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.839799  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  42.15 
 
 
428 aa  320  3e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  40.95 
 
 
412 aa  319  5e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1804  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  42.26 
 
 
426 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.388514  normal  0.581648 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  41.65 
 
 
413 aa  300  4e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  39.49 
 
 
404 aa  290  2e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1000  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  38.69 
 
 
402 aa  271  1e-71  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.768268  hitchhiker  0.00646641 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0907  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.45 
 
 
430 aa  262  8.999999999999999e-69  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000931505 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1710  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.47 
 
 
430 aa  228  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.34 
 
 
419 aa  205  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.36 
 
 
410 aa  200  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.66 
 
 
406 aa  189  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.82 
 
 
453 aa  179  8e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.95 
 
 
458 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.37 
 
 
420 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1588  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.07 
 
 
422 aa  169  8e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000227474  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.51 
 
 
450 aa  160  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  31.03 
 
 
417 aa  154  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.03 
 
 
401 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  26.32 
 
 
407 aa  149  9e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.05 
 
 
400 aa  144  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  27.49 
 
 
464 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.27 
 
 
450 aa  138  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.05 
 
 
424 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  25.86 
 
 
429 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.42 
 
 
442 aa  129  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  28.61 
 
 
437 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.35 
 
 
427 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.86 
 
 
429 aa  127  3e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 
450 aa  127  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.03 
 
 
429 aa  126  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  26.3 
 
 
424 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  26.16 
 
 
424 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.35 
 
 
421 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  28.16 
 
 
405 aa  125  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  24.08 
 
 
432 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  26.5 
 
 
429 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.33 
 
 
428 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.51 
 
 
421 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.35 
 
 
421 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  25.55 
 
 
422 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.59 
 
 
459 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.63 
 
 
442 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  25.8 
 
 
445 aa  120  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.94 
 
 
364 aa  120  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  25.42 
 
 
414 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0135  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.49 
 
 
405 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  24.88 
 
 
414 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.12 
 
 
426 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.94 
 
 
423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.98 
 
 
432 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04350  outer membrane protein P1, putative  26.69 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0256286  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.08 
 
 
451 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.83 
 
 
423 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.14 
 
 
449 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.14 
 
 
449 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.52 
 
 
430 aa  110  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.14 
 
 
449 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.36 
 
 
449 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  24.62 
 
 
412 aa  108  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  28.29 
 
 
438 aa  107  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.85 
 
 
430 aa  106  7e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3896  hypothetical protein  27.71 
 
 
442 aa  106  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3997  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.88 
 
 
410 aa  106  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0634877  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.32 
 
 
401 aa  106  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.93 
 
 
436 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.16 
 
 
449 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.4 
 
 
450 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4038  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.88 
 
 
410 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.813812  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.7 
 
 
451 aa  105  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
415 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.06 
 
 
420 aa  104  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.6 
 
 
448 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.23 
 
 
488 aa  104  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.6 
 
 
448 aa  103  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  26.06 
 
 
442 aa  103  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  25.62 
 
 
419 aa  102  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  25.25 
 
 
428 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000535062  hitchhiker  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.11 
 
 
450 aa  100  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1252  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26 
 
 
446 aa  100  6e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000958296  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.58 
 
 
452 aa  99.8  9e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.33 
 
 
450 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.06 
 
 
449 aa  98.2  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.4 
 
 
447 aa  97.8  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  24.55 
 
 
432 aa  96.7  7e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  23.38 
 
 
446 aa  96.3  8e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.58 
 
 
437 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.71 
 
 
430 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4491  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.72 
 
 
441 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4378  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.72 
 
 
441 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335616  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.13 
 
 
417 aa  89.7  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5803  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.09 
 
 
432 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4009  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.34 
 
 
441 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2203  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.94 
 
 
422 aa  88.6  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.92236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>