208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_04350 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_04350  outer membrane protein P1, putative  100 
 
 
415 aa  845    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0256286  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  35.14 
 
 
407 aa  238  1e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.98 
 
 
401 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  24.31 
 
 
422 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.58 
 
 
410 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.88 
 
 
419 aa  133  5e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1772  outer membrane protein transport protein (ompp1/fadl/todx)  25.86 
 
 
413 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000672167  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.99 
 
 
416 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0246  membrane protein  26.57 
 
 
435 aa  126  7e-28  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0135  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.78 
 
 
405 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.95 
 
 
429 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0134  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.84 
 
 
471 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.512951  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1800  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.81 
 
 
424 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.839799  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.55 
 
 
458 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1488  outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX)  24.21 
 
 
415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000022561  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.47 
 
 
420 aa  117  5e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.36 
 
 
412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.82 
 
 
406 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  25.39 
 
 
414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.79 
 
 
450 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  26.34 
 
 
438 aa  112  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0339  OMPP1/FadL/TodX family outer membrane protein  26.69 
 
 
409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.746595  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1588  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.74 
 
 
422 aa  110  5e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000227474  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  24.29 
 
 
464 aa  110  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.34 
 
 
450 aa  109  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.69 
 
 
423 aa  109  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0032  membrane protein  25.13 
 
 
407 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  26.21 
 
 
429 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.52 
 
 
439 aa  108  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.54 
 
 
450 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.87 
 
 
453 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.92 
 
 
421 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.49 
 
 
442 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.14 
 
 
421 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  23.4 
 
 
414 aa  106  7e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1834  hypothetical protein  25.57 
 
 
413 aa  106  8e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0420265  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.51 
 
 
400 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.14 
 
 
421 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1669  membrane protein  24.49 
 
 
427 aa  104  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.31 
 
 
426 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2250  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.38 
 
 
407 aa  104  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.12 
 
 
428 aa  104  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.69 
 
 
436 aa  103  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  26.43 
 
 
432 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  24.5 
 
 
412 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.07 
 
 
400 aa  102  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.09 
 
 
459 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.36 
 
 
404 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1804  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.35 
 
 
426 aa  101  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.388514  normal  0.581648 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.37 
 
 
413 aa  100  7e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  25.75 
 
 
442 aa  98.6  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.54 
 
 
401 aa  97.8  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  25.4 
 
 
424 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0047  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
407 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.4 
 
 
428 aa  95.1  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.31 
 
 
429 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  23.48 
 
 
424 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.77 
 
 
364 aa  94.4  3e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
407 aa  94.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.38 
 
 
432 aa  93.6  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.03 
 
 
430 aa  93.2  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  24.31 
 
 
437 aa  93.2  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  24.34 
 
 
405 aa  92.8  9e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.85 
 
 
427 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.83 
 
 
423 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.52 
 
 
448 aa  91.3  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  25.13 
 
 
429 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.69 
 
 
424 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.85 
 
 
442 aa  90.1  7e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  22.98 
 
 
415 aa  88.6  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0033  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.55 
 
 
415 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.744264  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0289  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24 
 
 
401 aa  87.8  4e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.233106 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  23.19 
 
 
432 aa  87  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.35 
 
 
449 aa  87  5e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.53 
 
 
450 aa  87  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.09 
 
 
448 aa  86.3  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.75 
 
 
488 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.93 
 
 
451 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  22.34 
 
 
453 aa  85.1  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000778  long-chain fatty acid transport protein  21.44 
 
 
432 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3793  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.52 
 
 
436 aa  84.3  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0891393 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  22.56 
 
 
445 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.28 
 
 
449 aa  84  0.000000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.28 
 
 
449 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.28 
 
 
449 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.78 
 
 
447 aa  83.6  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.28 
 
 
449 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.42 
 
 
417 aa  83.2  0.000000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0351  outer membrane protein transport protein  23.47 
 
 
407 aa  82.8  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0140181  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.52 
 
 
450 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0907  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.43 
 
 
430 aa  82  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000931505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.45 
 
 
430 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002852  long-chain fatty acid transport protein  23.08 
 
 
419 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.81 
 
 
430 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3563  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.84 
 
 
458 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.811834  normal  0.361655 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4639  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.84 
 
 
458 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166851  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4491  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.22 
 
 
441 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1252  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.23 
 
 
446 aa  80.5  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000958296  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  21.96 
 
 
446 aa  80.1  0.00000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2901  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.9 
 
 
460 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875359  normal  0.623789 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>