More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3596 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
301 aa  626  1e-178  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  9.94716e-07  hitchhiker  6.11237e-05 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.76 
 
 
298 aa  254  9e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  39.93 
 
 
298 aa  245  8e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 
306 aa  240  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  3.09577e-06 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1862  transcriptional regulator, AraC family  39.52 
 
 
300 aa  234  2e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 
288 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  30.63 
 
 
306 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.38 
 
 
297 aa  157  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  30.96 
 
 
303 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 
293 aa  152  9e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 
291 aa  151  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 
293 aa  148  1e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18110  transcriptional regulator MmsR  31.21 
 
 
307 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1573  transcriptional regulator MmsR  30.85 
 
 
297 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 
290 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
278 aa  97.1  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  27.2 
 
 
314 aa  95.9  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  23.31 
 
 
288 aa  92.4  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  23.31 
 
 
288 aa  92.8  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 
311 aa  89  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 
291 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 
291 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.72 
 
 
300 aa  86.3  6e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  22.61 
 
 
289 aa  84.7  1e-15  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
339 aa  82.8  6e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  24.6 
 
 
350 aa  82.8  6e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
350 aa  82.8  6e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
332 aa  82.8  7e-15  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
332 aa  82.8  7e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
332 aa  82.8  7e-15  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
318 aa  82.4  8e-15  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 
532 aa  82.4  9e-15  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 
330 aa  82  1e-14  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  35.19 
 
 
198 aa  82  1e-14  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  23.71 
 
 
311 aa  81.6  2e-14  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.32 
 
 
537 aa  80.9  2e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  26.06 
 
 
294 aa  80.9  3e-14  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 
312 aa  80.1  4e-14  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 
312 aa  80.5  4e-14  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 
312 aa  80.1  4e-14  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  22.98 
 
 
273 aa  80.1  4e-14  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 
198 aa  80.1  4e-14  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  32.48 
 
 
530 aa  79  9e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  33.33 
 
 
198 aa  78.6  1e-13  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.28468e-11 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  22.5 
 
 
282 aa  78.6  1e-13  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0991  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 
276 aa  78.6  1e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 
508 aa  77  3e-13  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  32.41 
 
 
198 aa  76.3  5e-13  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 
519 aa  76.6  5e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 
198 aa  76.3  5e-13  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  29.36 
 
 
1201 aa  76.6  5e-13  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  32.41 
 
 
198 aa  76.3  5e-13  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3772  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  33.33 
 
 
198 aa  76.3  5e-13  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.19 
 
 
325 aa  76.3  6e-13  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  31.48 
 
 
198 aa  75.9  8e-13  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.64097e-05 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  22.86 
 
 
292 aa  75.9  8e-13  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  31.48 
 
 
198 aa  75.5  1e-12  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 
517 aa  74.7  2e-12  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  6.11836e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
538 aa  74.7  2e-12  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3119  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.3 
 
 
293 aa  74.3  2e-12  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00676861  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
515 aa  74.3  2e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 
296 aa  74.7  2e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  1.05754e-05 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 
304 aa  74.7  2e-12  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 
513 aa  74.3  2e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  21.37 
 
 
301 aa  73.6  4e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  26.67 
 
 
310 aa  73.6  4e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 
296 aa  73.6  4e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 
284 aa  73.6  4e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  42.17 
 
 
533 aa  73.6  4e-12  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2677  transcriptional regulator, AraC family  24.26 
 
 
274 aa  72.8  6e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  31.68 
 
 
250 aa  72.8  7e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.4 
 
 
310 aa  72.4  8e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.4 
 
 
310 aa  72.4  8e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  22.35 
 
 
316 aa  72  1e-11  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2354  transcriptional regulator, AraC family  24.47 
 
 
274 aa  71.6  1e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.227413 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 
112 aa  72  1e-11  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 
532 aa  71.6  1e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 
196 aa  72  1e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 
330 aa  72  1e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
430 aa  71.2  2e-11  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 
273 aa  71.6  2e-11  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  1.16038e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7100  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 
292 aa  71.6  2e-11  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723966  normal  0.268951 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  40 
 
 
331 aa  71.2  2e-11  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 
133 aa  70.9  2e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 
330 aa  71.6  2e-11  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  22.68 
 
 
288 aa  70.9  2e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1012  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 
274 aa  71.2  2e-11  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.2 
 
 
292 aa  70.5  4e-11  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.2 
 
 
292 aa  70.5  4e-11  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  3.16606e-07 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 
292 aa  70.5  4e-11  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.2 
 
 
281 aa  70.5  4e-11  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.2 
 
 
292 aa  70.5  4e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.2 
 
 
292 aa  70.5  4e-11  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  24.03 
 
 
339 aa  70.1  4e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 
295 aa  70.1  4e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.2 
 
 
309 aa  70.5  4e-11  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6737  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 
251 aa  70.1  4e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 
311 aa  70.1  4e-11  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  23.87 
 
 
275 aa  70.5  4e-11  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  25.2 
 
 
292 aa  70.5  4e-11  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>