195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_1766 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_1766  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
113 aa  220  4e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.506604  normal  0.950771 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  56.64 
 
 
113 aa  130  6.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  58.41 
 
 
125 aa  126  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  56.64 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  56.64 
 
 
116 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  52.21 
 
 
117 aa  119  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  53.57 
 
 
138 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.05 
 
 
110 aa  87  7e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  86.7  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  38.05 
 
 
110 aa  82  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  37.17 
 
 
113 aa  82.4  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  81.3  0.000000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  80.9  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
114 aa  80.5  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
114 aa  80.5  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2553  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
112 aa  79.7  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.064786  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
110 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.51 
 
 
113 aa  79  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
114 aa  79  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.47 
 
 
115 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
110 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
119 aa  77.8  0.00000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
119 aa  77.4  0.00000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1238  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
119 aa  77  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
113 aa  77.4  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.65 
 
 
114 aa  76.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
110 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
136 aa  75.9  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  34.55 
 
 
110 aa  75.1  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.27 
 
 
121 aa  75.1  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
130 aa  75.1  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  74.3  0.0000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
123 aa  74.3  0.0000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
109 aa  73.6  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  36.28 
 
 
109 aa  73.6  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
117 aa  73.2  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
113 aa  73.2  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
114 aa  72.4  0.000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
113 aa  71.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  37.17 
 
 
112 aa  71.2  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  70.5  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2483  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.63 
 
 
110 aa  70.5  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1517  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
115 aa  70.5  0.000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0160728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
113 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.4 
 
 
113 aa  68.9  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.11 
 
 
128 aa  68.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.86 
 
 
114 aa  69.3  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  33.63 
 
 
111 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.71 
 
 
120 aa  68.2  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11730  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  35.65 
 
 
121 aa  68.2  0.00000000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3977  hydrogenase expression/synthesis, HypA  34.51 
 
 
109 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  32.74 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  31.86 
 
 
113 aa  67  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1199  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
115 aa  67  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.78169  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
110 aa  67  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  32.14 
 
 
115 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.86 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0176  putative hydrogenase nickel incorporation protein hypA  35.96 
 
 
145 aa  66.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.91 
 
 
114 aa  66.6  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.51 
 
 
135 aa  65.5  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.04 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  32.74 
 
 
112 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0070  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.91 
 
 
124 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1911  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.95 
 
 
117 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0043415  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
109 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  31.3 
 
 
114 aa  63.5  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.9  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  29.09 
 
 
110 aa  63.5  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0925  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.28 
 
 
114 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000996946 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  31.86 
 
 
113 aa  63.5  0.0000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  30.97 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1601  hydrogenase expression/formation protein HypA  32.14 
 
 
117 aa  62.8  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  30.97 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19820  Zn finger protein HypA/HybF (possibly regulating hydrogenase expression)  33.33 
 
 
125 aa  62.8  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  30.97 
 
 
113 aa  62.8  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1850  hydrogenase nickel incorporation protein  34.62 
 
 
133 aa  62  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0816478  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1937  hydrogenase expression/synthesis, HypA  32.74 
 
 
136 aa  62.4  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0949511  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1382  hydrogenase expression/formation protein HypA  36.27 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00630275  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.28 
 
 
115 aa  61.6  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  33.33 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.29 
 
 
128 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  33.33 
 
 
118 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>