159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0159 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0159  amino acid permease family protein  100 
 
 		 495 aa  966    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0155  amino acid permease  99.6 
 
 		 495 aa  961    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002656  putative oxidoreductase  40.64 
 
 		 477 aa  365  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0622  amino acid permease-associated region  40.73 
 
 		 477 aa  355  7.999999999999999e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02947  predicted transporter  40.73 
 
 		 477 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4392  amino acid permease family protein  40.73 
 
 		 477 aa  355  1e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3260  amino acid permease family protein  40.73 
 
 		 477 aa  355  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1975  amino acid permease-associated region  39.63 
 
 		 496 aa  355  1e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0141312 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0623  amino acid permease-associated region  40.53 
 
 		 477 aa  353  4e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3545  amino acid permease family protein  40.53 
 
 		 477 aa  353  5e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3372  amino acid permease family protein  40.53 
 
 		 477 aa  352  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03339  hypothetical protein  37.45 
 
 		 476 aa  301  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1181  amino acid permease family protein  35.89 
 
 		 489 aa  267  4e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0293618  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1012  amino acid permease family protein  35.24 
 
 		 489 aa  264  3e-69  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000367074  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2046  amino acid permease family protein  30.63 
 
 		 496 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2332  amino acid permease family protein  30.18 
 
 		 496 aa  192  8e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1062  amino acid permease family protein  26.43 
 
 		 476 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00903  predicted transporter  26.43 
 
 		 476 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2744  amino acid permease-associated region  26.43 
 
 		 476 aa  184  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.397041  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00910  hypothetical protein  26.43 
 
 		 476 aa  184  3e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.913245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2697  amino acid permease-associated region  26.43 
 
 		 476 aa  184  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1005  amino acid permease family protein  26.33 
 
 		 540 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0976  amino acid permease family protein  26.33 
 
 		 540 aa  184  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.953218  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2220  amino acid permease family protein  26 
 
 		 476 aa  182  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.52526 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1002  inner membrane transporter YcaM  24.95 
 
 		 473 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0973  inner membrane transporter YcaM  24.95 
 
 		 473 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1082  inner membrane transporter YcaM  24.95 
 
 		 473 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.224417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1067  inner membrane transporter YcaM  24.95 
 
 		 473 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.154382  normal  0.709783 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1033  inner membrane transporter YcaM  24.95 
 
 		 473 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.843228 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1212  amino acid permease yshA  27.71 
 
 		 498 aa  154  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0367716  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1400  amino acid permease family protein  27.91 
 
 		 498 aa  154  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00116878  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1311  amino acid transporter  25.77 
 
 		 516 aa  153  5.9999999999999996e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1995  amino acid transporter  29.56 
 
 		 507 aa  140  6e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0293042  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0708  amino acid permease-associated region  27.38 
 
 		 480 aa  137  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156631 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04028  predicted transporter  25.29 
 
 		 500 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4627  amino acid permease family protein  25.06 
 
 		 514 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.592733  normal  0.0531629 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5674  amino acid permease family protein  25.29 
 
 		 514 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.270283  normal  0.215143 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4400  amino acid permease family protein  25.29 
 
 		 500 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03990  hypothetical protein  25.17 
 
 		 489 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.826607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3834  amino acid permease-associated region  25.17 
 
 		 514 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4715  amino acid permease family protein  25.29 
 
 		 500 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.212622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3854  amino acid permease-associated region  24.94 
 
 		 500 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00146223 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1382  amino acid permease-associated region  25.84 
 
 		 501 aa  134  3.9999999999999996e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.320464  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1695  amino acid transporter  23.95 
 
 		 480 aa  131  3e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00330646  decreased coverage  1.25344e-25 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1226  amino acid permease-associated region  25.1 
 
 		 497 aa  129  8.000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1034  amino acid permease family protein  28.22 
 
 		 540 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.696759  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1880  amino acid transporter  22.04 
 
 		 492 aa  124  3e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000114764  hitchhiker  0.000000000709791 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1217  amino acid permease family protein  26.29 
 
 		 540 aa  124  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0249423  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4763  inner membrane transporter YjeM  25.29 
 
 		 500 aa  124  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.520052 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4706  inner membrane transporter YjeM  25.29 
 
 		 500 aa  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.929482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4623  inner membrane transporter YjeM  25.29 
 
 		 500 aa  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4615  inner membrane transporter YjeM  25.29 
 
 		 500 aa  123  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1434  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  25.3 
 
 		 474 aa  122  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.298101  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1501  amino acid permease family protein  25.3 
 
 		 474 aa  122  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4742  inner membrane transporter YjeM  25.54 
 
 		 493 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0446  hypothetical protein  26.76 
 
 		 467 aa  117  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2121  glutamate/gamma-aminobutyrate antiporter  26.21 
 
 		 476 aa  117  3e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0063  amino acid antiporter  26.21 
 
 		 470 aa  117  3e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0470  hypothetical protein  26.76 
 
 		 467 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0828  amino acid transporter  25.23 
 
 		 502 aa  113  9e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000137053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1050  hypothetical protein  23.9 
 
 		 473 aa  113  9e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.95455 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1660  hypothetical protein  25.12 
 
 		 464 aa  111  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1654  hypothetical protein  24.88 
 
 		 464 aa  110  9.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0047  amino acid permease-associated region  24.78 
 
 		 499 aa  107  6e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2317  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter family protein  24.81 
 
 		 472 aa  107  7e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2031  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  24.56 
 
 		 472 aa  105  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0883  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  27.05 
 
 		 511 aa  105  2e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1892  hypothetical protein  24.93 
 
 		 473 aa  104  4e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1881  hypothetical protein  25 
 
 		 473 aa  103  5e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2710  putative amino acid transporter  26.08 
 
 		 473 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.484559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6600  amino acid permease-associated region  26.39 
 
 		 490 aa  100  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0047  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  24.38 
 
 		 494 aa  100  8e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2601  putative amino acid transporter  26.08 
 
 		 473 aa  99.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2589  putative amino acid transporter  26.08 
 
 		 473 aa  99.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2501  putative amino acid transporter  26.08 
 
 		 473 aa  99.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.957619  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2547  putative amino acid transporter  26.08 
 
 		 473 aa  99.8  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  22.06 
 
 		 511 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2105  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  21.8 
 
 		 511 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.902861  normal  0.230296 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1577  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  21.8 
 
 		 511 aa  97.4  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01450  predicted glutamate:gamma-aminobutyric acid antiporter  21.8 
 
 		 511 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2155  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  21.8 
 
 		 511 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.316259  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1755  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  21.8 
 
 		 511 aa  97.1  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.489766  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01463  hypothetical protein  21.8 
 
 		 511 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1681  glutamate:gamma aminobutyrate antiporter  21.8 
 
 		 511 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2165  glutamate/g-aminobutyrate antiporter  21.8 
 
 		 511 aa  97.1  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0669643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0037  amino acid permease-associated region  23.26 
 
 		 494 aa  94.7  3e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.877998 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3825  glutamate/gamma-aminobutyrate anti-porter  23.81 
 
 		 506 aa  94  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0046  amino acid permease-associated region  23.75 
 
 		 495 aa  93.2  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0488  amino acid antiporter  24.34 
 
 		 466 aa  92.4  1e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.557891  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1412  glutamate gamma-aminobutyrate antiporter  23.63 
 
 		 503 aa  92  2e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0796975  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0148  amino acid permease-associated region  25.74 
 
 		 720 aa  90.9  4e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0552  glutamate/GABA antiporter  24.14 
 
 		 506 aa  90.9  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2190  amino acid permease-associated region  21.7 
 
 		 497 aa  89  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0145  amino acid permease-associated region  25.67 
 
 		 474 aa  89  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.270718  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0671  amino acid permease-associated region  23.77 
 
 		 500 aa  87.8  4e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.122494  hitchhiker  0.0000196904 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02485  hypothetical protein  24.71 
 
 		 475 aa  87.4  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1507  glutamate:gamma-aminobutyrate antiporter family protein  21.56 
 
 		 485 aa  87  8e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0581388  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0653  amino acid permease family protein  22.72 
 
 		 472 aa  85.9  0.000000000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1629  hypothetical protein  24.71 
 
 		 445 aa  85.1  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1297  putative amino acid antiporter/acid resistance protein  21.27 
 
 		 485 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00362427  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>