More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0539 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
435 aa  873    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  66.06 
 
 
466 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  65.37 
 
 
466 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  61.54 
 
 
691 aa  548  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  66.2 
 
 
596 aa  532  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  63.22 
 
 
604 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  60.6 
 
 
592 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  61.2 
 
 
622 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.44 
 
 
623 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  60.8 
 
 
622 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.62 
 
 
625 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  61.25 
 
 
619 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  59.78 
 
 
626 aa  509  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.62 
 
 
619 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  58.24 
 
 
591 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.62 
 
 
619 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  62.56 
 
 
609 aa  501  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  58.24 
 
 
589 aa  496  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0868  Redoxin domain protein  53.13 
 
 
469 aa  455  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3908  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  58.18 
 
 
598 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0468  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  54.22 
 
 
589 aa  435  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00332396  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4426  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  59.3 
 
 
596 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  55.92 
 
 
589 aa  425  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  48.15 
 
 
404 aa  408  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  48.02 
 
 
403 aa  403  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5033  redoxin domain-containing protein  48.6 
 
 
581 aa  360  4e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.807705  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0515  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  45.9 
 
 
576 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136592  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12889  integral membrane C-type cytochrome biogenesis protein dipZ  31.33 
 
 
695 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3496  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.25 
 
 
570 aa  206  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.40474  normal  0.105344 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3911  hypothetical protein  55.77 
 
 
189 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17110  cytochrome c biogenesis protein  34.32 
 
 
659 aa  204  3e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473762  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2405  redoxin domain protein  59.44 
 
 
178 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3290  redoxin domain-containing protein  58.04 
 
 
178 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.680402  normal  0.588727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2010  redoxin domain-containing protein  58.74 
 
 
178 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4602  Redoxin domain protein  54.61 
 
 
188 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1911  redoxin domain-containing protein  57.34 
 
 
184 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.58722  normal  0.231287 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6172  Redoxin domain protein  55.41 
 
 
187 aa  194  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5017  redoxin domain-containing protein  51.97 
 
 
193 aa  190  4e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.150202  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5143  redoxin domain-containing protein  49.09 
 
 
197 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00131261  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3111  redoxin  52.38 
 
 
193 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5256  redoxin domain-containing protein  52.38 
 
 
193 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0397  hypothetical protein  50.63 
 
 
193 aa  189  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.325766 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4615  redoxin domain-containing protein  49.09 
 
 
197 aa  189  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0074  thioredoxin-like protein  55 
 
 
381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246531  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3458  redoxin domain-containing protein  48.15 
 
 
193 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255545  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4169  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  51.43 
 
 
200 aa  178  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5686  redoxin domain-containing protein  49.32 
 
 
186 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131775 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0817  redoxin domain-containing protein  48.94 
 
 
369 aa  168  2e-40  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.234537 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1839  hypothetical protein  42.57 
 
 
249 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4099  NHL repeat containing protein  41.72 
 
 
581 aa  129  1.0000000000000001e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.649178  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1286  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  39.01 
 
 
493 aa  126  7e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  39.86 
 
 
503 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25270  NHL repeat protein  40.58 
 
 
697 aa  116  7.999999999999999e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.671028  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2446  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.81 
 
 
628 aa  115  2.0000000000000002e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0385674 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35610  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  39.55 
 
 
634 aa  113  7.000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3914  NHL repeat-containing protein  42.14 
 
 
672 aa  111  3e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3716  NHL repeat containing protein  42.14 
 
 
674 aa  110  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38790  Peroxiredoxin  39.57 
 
 
644 aa  108  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.605672 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0173  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  39.29 
 
 
639 aa  108  2e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19090  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  42.14 
 
 
699 aa  107  3e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.718374  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6967  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  39.29 
 
 
612 aa  104  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0097  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.84 
 
 
612 aa  104  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.328632  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3207  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.86 
 
 
688 aa  103  5e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.23742  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  22.54 
 
 
403 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3901  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.23 
 
 
641 aa  103  9e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0100  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.16 
 
 
612 aa  102  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  33.99 
 
 
498 aa  102  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  21.78 
 
 
403 aa  98.2  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  32.64 
 
 
504 aa  98.2  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1718  NHL repeat-containing protein  36.88 
 
 
487 aa  93.6  7e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4253  putative NHL repeat protein  39.83 
 
 
584 aa  87  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376441  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4168  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.6 
 
 
238 aa  80.5  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  32.58 
 
 
172 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2412  Redoxin domain protein  28.28 
 
 
167 aa  77  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04460  methionine-R-sulfoxide reductase/methionine-S-sulfoxide reductase  24.09 
 
 
735 aa  76.3  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.361205  normal  0.714911 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  27.48 
 
 
173 aa  75.9  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  29.69 
 
 
168 aa  74.3  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.34 
 
 
403 aa  74.3  0.000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.313576  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.72 
 
 
189 aa  74.3  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0632  cytochrome c-type biogenesis protein  32.14 
 
 
216 aa  73.6  0.000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.159383  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1111  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.07 
 
 
227 aa  73.2  0.000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000199763  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3286  cytochrome c biogenesis protein  35.14 
 
 
237 aa  73.2  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549106  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0270  putative transmembrane protein  31.39 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0047  hypothetical protein  27.14 
 
 
165 aa  72.8  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.147207  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0048  Redoxin domain protein  27.14 
 
 
172 aa  72  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0534182  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  25.19 
 
 
189 aa  72.4  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.08 
 
 
280 aa  71.2  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3927  thioredoxin-like  31.82 
 
 
174 aa  71.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298512  normal  0.186192 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2431  putative thioredoxin  33.6 
 
 
164 aa  70.9  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1355  thiol-disulfide oxidoreductase  28.91 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0625  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  22.1 
 
 
445 aa  70.9  0.00000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.254144  normal  0.888006 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0196  Redoxin domain protein  30 
 
 
185 aa  70.1  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0104775 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0405  redoxin domain-containing protein  29.2 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0292  redoxin domain-containing protein  30.66 
 
 
167 aa  69.7  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000102715 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0287  Redoxin domain protein  30.66 
 
 
167 aa  69.7  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.610229  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3584  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.06 
 
 
164 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4901  Redoxin domain protein  30.66 
 
 
165 aa  69.3  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273187  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0190  Redoxin domain protein  30 
 
 
186 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.968687  normal  0.596413 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4194  putative thiol-disulfide isomerase and thioredoxins  29.93 
 
 
176 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.462178 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0333  putative transmembrane protein  31.11 
 
 
213 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.847937  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>