More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3290 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3290  redoxin domain-containing protein  100 
 
 
178 aa  367  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.680402  normal  0.588727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2405  redoxin domain protein  94.94 
 
 
178 aa  350  4e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2010  redoxin domain-containing protein  88.2 
 
 
178 aa  327  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1911  redoxin domain-containing protein  84.27 
 
 
184 aa  319  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.58722  normal  0.231287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2089  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  62.07 
 
 
404 aa  210  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5707  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.84 
 
 
403 aa  209  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.911728  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6664  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  59.31 
 
 
623 aa  206  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960267  normal  0.0511098 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5716  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  59.31 
 
 
622 aa  205  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610944  normal  0.678998 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0816  putative transmembrane protein  60 
 
 
622 aa  205  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.420472 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4497  Redoxin domain protein  56.17 
 
 
691 aa  205  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5960  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  59.31 
 
 
625 aa  204  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.690095 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6720  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  59.31 
 
 
619 aa  203  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1587  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  59.31 
 
 
619 aa  203  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6244  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  59.31 
 
 
619 aa  203  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.681017  normal  0.800108 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5424  redoxin domain-containing protein  57.93 
 
 
604 aa  202  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3069  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  60.69 
 
 
609 aa  201  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0869014  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5356  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  59.31 
 
 
626 aa  201  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363536  normal  0.314037 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0539  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  58.04 
 
 
435 aa  201  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5325  redoxin domain-containing protein  56.55 
 
 
592 aa  196  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.472956 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1170  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  56.55 
 
 
596 aa  195  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.623408 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0868  Redoxin domain protein  56.55 
 
 
469 aa  192  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2277  Redoxin domain protein  56.55 
 
 
591 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182569  normal  0.459267 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2053  Redoxin domain protein  56.55 
 
 
589 aa  191  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0186949  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3908  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  54.43 
 
 
598 aa  191  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5033  redoxin domain-containing protein  56.55 
 
 
581 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.807705  normal  0.724504 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0468  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  54.48 
 
 
589 aa  184  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00332396  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0299  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  52.45 
 
 
466 aa  184  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.257762  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0311  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  51.75 
 
 
466 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.359191  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4602  Redoxin domain protein  50.65 
 
 
188 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4426  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  53.1 
 
 
596 aa  178  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0814  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  53.85 
 
 
589 aa  177  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0629136  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4169  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  49.7 
 
 
200 aa  174  4e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3458  redoxin domain-containing protein  47.02 
 
 
193 aa  169  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.255545  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12889  integral membrane C-type cytochrome biogenesis protein dipZ  46.98 
 
 
695 aa  169  3e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6172  Redoxin domain protein  52.14 
 
 
187 aa  168  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3911  hypothetical protein  45.2 
 
 
189 aa  168  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4615  redoxin domain-containing protein  52.9 
 
 
197 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5686  redoxin domain-containing protein  48.65 
 
 
186 aa  165  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.131775 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0397  hypothetical protein  48.68 
 
 
193 aa  164  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.325766 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5017  redoxin domain-containing protein  50.7 
 
 
193 aa  164  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.150202  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0515  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  50.35 
 
 
576 aa  163  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136592  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3111  redoxin  50.7 
 
 
193 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5256  redoxin domain-containing protein  50.7 
 
 
193 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0074  thioredoxin-like protein  51.8 
 
 
381 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246531  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5143  redoxin domain-containing protein  52.17 
 
 
197 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00131261  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0817  redoxin domain-containing protein  42.67 
 
 
369 aa  155  2e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.234537 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17110  cytochrome c biogenesis protein  45.1 
 
 
659 aa  155  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.473762  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3496  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  46.53 
 
 
570 aa  150  8.999999999999999e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.40474  normal  0.105344 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1839  hypothetical protein  43.48 
 
 
249 aa  127  7.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4099  NHL repeat containing protein  38.57 
 
 
581 aa  106  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.649178  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1286  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.33 
 
 
493 aa  104  6e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3670  NHL repeat-containing protein  36.17 
 
 
503 aa  103  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38790  Peroxiredoxin  38.85 
 
 
644 aa  101  7e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.605672 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0097  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.8 
 
 
612 aa  94.4  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.328632  hitchhiker  0.000931017 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25270  NHL repeat protein  33.58 
 
 
697 aa  94  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.671028  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0100  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.8 
 
 
612 aa  93.6  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6967  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40.5 
 
 
612 aa  92.8  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265007  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1280  NHL repeat-containing protein  35.54 
 
 
504 aa  91.7  5e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.164299  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3207  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.54 
 
 
688 aa  90.9  9e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.23742  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0567  Redoxin domain protein  33.33 
 
 
498 aa  89.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19090  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  37.31 
 
 
699 aa  87.8  7e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.718374  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2446  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.06 
 
 
628 aa  87.8  7e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0385674 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  39.02 
 
 
172 aa  86.7  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35610  thiol-disulfide isomerase-like thioredoxin  35.07 
 
 
634 aa  85.9  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1718  NHL repeat-containing protein  34.48 
 
 
487 aa  85.9  3e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3914  NHL repeat-containing protein  37.5 
 
 
672 aa  85.5  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.82 
 
 
280 aa  85.1  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3716  NHL repeat containing protein  35.56 
 
 
674 aa  85.1  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4253  putative NHL repeat protein  39.82 
 
 
584 aa  84.7  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.376441  normal  0.79365 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0173  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.57 
 
 
639 aa  84  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3901  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.71 
 
 
641 aa  82.8  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  34.38 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.15 
 
 
189 aa  77  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0506  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.08 
 
 
175 aa  76.3  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0010915  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  34.15 
 
 
168 aa  76.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.79 
 
 
189 aa  75.5  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1566  hypothetical protein  29.09 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0760  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.54 
 
 
228 aa  74.7  0.0000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0270  putative transmembrane protein  31.97 
 
 
174 aa  73.6  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3927  thioredoxin-like  27.75 
 
 
174 aa  73.6  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.298512  normal  0.186192 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2330  redoxin domain-containing protein  33.87 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0220843  normal  0.114358 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0577  redoxin  32.73 
 
 
172 aa  72.4  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.786564  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4901  Redoxin domain protein  32.8 
 
 
165 aa  72.4  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273187  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2408  hypothetical protein  30.88 
 
 
160 aa  70.1  0.00000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908805  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3551  thiol:disulfide interchange protein DsbE, putative  28.46 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.571735 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1358  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.52 
 
 
179 aa  70.9  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000315647  hitchhiker  0.00000356135 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0350  redoxin domain-containing protein  29.51 
 
 
168 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0405  redoxin domain-containing protein  31.97 
 
 
203 aa  70.1  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2724  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.81 
 
 
188 aa  69.7  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.32328  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3229  thioredoxin-related protein  30.46 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000047722  normal  0.231945 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  29.85 
 
 
183 aa  68.9  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.49 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000117414  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.54 
 
 
196 aa  68.6  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.69 
 
 
187 aa  68.6  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1124  redoxin domain-containing protein  30.17 
 
 
181 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.65139  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1402  NHL repeat containing protein  28.57 
 
 
470 aa  68.6  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.649211  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  30.17 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.21 
 
 
174 aa  68.2  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2219  redoxin domain-containing protein  36.51 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.231269  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0292  redoxin domain-containing protein  29.51 
 
 
167 aa  67  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000102715 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>