More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6666 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  82.83 
 
 		 303 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  81.48 
 
 		 307 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 302 aa  378  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 328 aa  378  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  63.33 
 
 		 329 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  61.95 
 
 		 300 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  61.95 
 
 		 300 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  64.57 
 
 		 313 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  49.65 
 
 		 308 aa  268  1e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 307 aa  268  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 308 aa  262  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 309 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 333 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.44 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2549  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 619 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.33908  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  28.62 
 
 		 331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 325 aa  125  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 335 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 324 aa  113  3e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 328 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 332 aa  112  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.7 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 345 aa  111  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.82 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  30.8 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  30.19 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  30.5 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 336 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 312 aa  107  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 320 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.1 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 311 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.1 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  28.1 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.51 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.1 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.1 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  28.1 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.97 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  28.1 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 310 aa  102  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 319 aa  102  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 292 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 327 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.39 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  26.96 
 
 		 313 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.39 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>