More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6531 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3001  CAIB/BAIF family protein  84.07 
 
 
410 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0834933  normal  0.0227508 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6128  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  86.67 
 
 
406 aa  735    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6023  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  88.83 
 
 
403 aa  726    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46838  normal  0.424375 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2692  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  83.82 
 
 
410 aa  701    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.514064  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5895  Formyl-CoA transferase  94.58 
 
 
406 aa  794    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.191567  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5511  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  90.84 
 
 
406 aa  759    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91473  normal  0.324907 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6531  Formyl-CoA transferase  100 
 
 
407 aa  833    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.276106  normal  0.830415 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  98.77 
 
 
407 aa  826    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5531  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  94.58 
 
 
406 aa  794    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6404  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  94.81 
 
 
407 aa  795    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4504  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  62.47 
 
 
412 aa  518  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.965976 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1554  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.84 
 
 
413 aa  502  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5916  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  59.51 
 
 
413 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.628752  decreased coverage  0.00179215 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  39.65 
 
 
396 aa  288  9e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  39.39 
 
 
396 aa  280  4e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  36.23 
 
 
416 aa  273  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.35 
 
 
415 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  36.93 
 
 
396 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.64 
 
 
411 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.13 
 
 
416 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.7 
 
 
405 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.15 
 
 
446 aa  258  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.06 
 
 
406 aa  257  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.06 
 
 
394 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  34.48 
 
 
418 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.88 
 
 
387 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  36.02 
 
 
411 aa  252  7e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.07 
 
 
403 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_004310  BR1084  CAIB/BAIF family protein  35.22 
 
 
381 aa  251  1e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.254633  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1045  CAIB/BAIF family protein  35.22 
 
 
381 aa  251  1e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.372992  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.93 
 
 
402 aa  251  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.34 
 
 
406 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.92 
 
 
402 aa  249  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.92 
 
 
413 aa  249  7e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.09 
 
 
404 aa  249  7e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.15 
 
 
407 aa  249  8e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  36.36 
 
 
406 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.33 
 
 
398 aa  248  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.74 
 
 
418 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.98 
 
 
415 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  35.16 
 
 
393 aa  247  3e-64  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.18 
 
 
406 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2169  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.87 
 
 
381 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  37.16 
 
 
411 aa  246  6.999999999999999e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.92 
 
 
407 aa  246  6.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.5 
 
 
406 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.25 
 
 
406 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.9 
 
 
418 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  35.63 
 
 
407 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.9 
 
 
418 aa  244  9.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
415 aa  245  9.999999999999999e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.92 
 
 
434 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.9 
 
 
450 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  35.26 
 
 
412 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  35.14 
 
 
407 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.12 
 
 
407 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0143  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.87 
 
 
413 aa  243  3.9999999999999997e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.59 
 
 
397 aa  243  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.9 
 
 
428 aa  243  5e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.6 
 
 
388 aa  243  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  34.41 
 
 
411 aa  242  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.44 
 
 
407 aa  242  7.999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  32.92 
 
 
427 aa  242  9e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.28 
 
 
413 aa  242  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.23 
 
 
452 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  36.57 
 
 
406 aa  241  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.63 
 
 
407 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.89 
 
 
407 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.66 
 
 
412 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.63 
 
 
430 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3269  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.97 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  36.57 
 
 
406 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36 
 
 
401 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  36.57 
 
 
406 aa  240  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.14 
 
 
433 aa  240  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.64 
 
 
407 aa  239  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  36.57 
 
 
406 aa  240  4e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  36.57 
 
 
406 aa  240  4e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36 
 
 
401 aa  240  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  35.81 
 
 
406 aa  240  4e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.52 
 
 
413 aa  239  5e-62  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  36.57 
 
 
544 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36 
 
 
401 aa  239  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2336  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.84 
 
 
401 aa  239  5e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000535701  normal  0.0935751 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.59 
 
 
401 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.67 
 
 
395 aa  239  5e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  36.57 
 
 
577 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  36.57 
 
 
568 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.34 
 
 
401 aa  239  8e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.26 
 
 
406 aa  239  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  36.43 
 
 
400 aa  239  9e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6581  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.23 
 
 
385 aa  239  9e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.377335  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.89 
 
 
406 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1463  putative acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase  37.08 
 
 
381 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0114  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.9 
 
 
381 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.112349 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.32 
 
 
401 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  36.39 
 
 
400 aa  237  2e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.32 
 
 
401 aa  237  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.41 
 
 
419 aa  238  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
401 aa  238  2e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>