More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3566 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  94.8 
 
 
423 aa  776  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  76.6 
 
 
432 aa  635  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  95.04 
 
 
423 aa  783  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  100 
 
 
443 aa  885  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  73.76 
 
 
435 aa  644  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  74.47 
 
 
430 aa  640  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  94.09 
 
 
423 aa  800  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  74.76 
 
 
430 aa  639  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  99.53 
 
 
423 aa  837  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  94.8 
 
 
423 aa  776  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  55.48 
 
 
433 aa  471  1e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  55.48 
 
 
433 aa  471  1e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  55.8 
 
 
435 aa  456  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  53.67 
 
 
430 aa  436  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  48.69 
 
 
434 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  48.83 
 
 
434 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  48.83 
 
 
434 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  48.83 
 
 
434 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  48.83 
 
 
434 aa  428  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  48.83 
 
 
434 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  48.93 
 
 
433 aa  426  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  48.69 
 
 
433 aa  426  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  48.69 
 
 
434 aa  426  1e-118  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  9.98284e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  48.93 
 
 
432 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  49.16 
 
 
433 aa  422  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  49.88 
 
 
433 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  49.16 
 
 
474 aa  419  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  53.9 
 
 
411 aa  420  1e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  49.18 
 
 
472 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  49.18 
 
 
432 aa  421  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  49.18 
 
 
472 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  48.22 
 
 
429 aa  417  1e-115  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  49.16 
 
 
434 aa  417  1e-115  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  48.71 
 
 
432 aa  413  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  48.94 
 
 
432 aa  411  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  48.94 
 
 
432 aa  411  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  48.47 
 
 
432 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  48.94 
 
 
432 aa  411  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  48.94 
 
 
432 aa  411  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  47.72 
 
 
430 aa  399  1e-110  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  48.31 
 
 
433 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  46.21 
 
 
436 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  48.33 
 
 
436 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  44.65 
 
 
452 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  44.65 
 
 
452 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  45.73 
 
 
436 aa  388  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  45.11 
 
 
433 aa  385  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  50.87 
 
 
436 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  2.82343e-05  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  44.52 
 
 
435 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  44.19 
 
 
435 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  43.95 
 
 
435 aa  377  1e-103  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  44.19 
 
 
435 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  44.21 
 
 
433 aa  372  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  45.22 
 
 
432 aa  374  1e-102  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  47.83 
 
 
427 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  40.62 
 
 
425 aa  359  6e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  40.62 
 
 
425 aa  359  6e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  35.66 
 
 
441 aa  251  2e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  35.7 
 
 
424 aa  246  5e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  37.37 
 
 
434 aa  245  1e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  34.99 
 
 
436 aa  243  6e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  36.36 
 
 
428 aa  240  3e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  35.05 
 
 
432 aa  233  5e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  34.38 
 
 
430 aa  233  6e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  34.92 
 
 
441 aa  231  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  31.87 
 
 
430 aa  229  7e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  1.15925e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  34.25 
 
 
432 aa  227  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  35.73 
 
 
424 aa  225  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  37.31 
 
 
427 aa  224  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  33.68 
 
 
426 aa  223  6e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  33.06 
 
 
424 aa  221  2e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  34.13 
 
 
431 aa  221  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  33.42 
 
 
431 aa  219  8e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  33.1 
 
 
449 aa  218  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  33.99 
 
 
440 aa  216  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  32.84 
 
 
433 aa  214  3e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  33.82 
 
 
425 aa  212  9e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
439 aa  212  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  32.67 
 
 
441 aa  199  1e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  30.96 
 
 
453 aa  198  2e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02990  putative MFS transporter  32.34 
 
 
441 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  33.09 
 
 
420 aa  196  8e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  31.49 
 
 
439 aa  194  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  30.98 
 
 
429 aa  193  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  30.05 
 
 
429 aa  193  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  31.47 
 
 
430 aa  193  5e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0325  MFS family transporter  32.66 
 
 
442 aa  193  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.334434  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  31.22 
 
 
430 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  31.22 
 
 
430 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  30.81 
 
 
430 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  30.81 
 
 
430 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  31.34 
 
 
442 aa  191  3e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  31.9 
 
 
441 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  30.92 
 
 
454 aa  190  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2604  major facilitator family transporter  31.9 
 
 
480 aa  190  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0399959 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0456  major facilitator superfamily MFS_1  29.51 
 
 
415 aa  188  1e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317164  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3239  major facilitator transporter  31.9 
 
 
441 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.935103  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3211  major facilitator transporter  30.83 
 
 
428 aa  185  1e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4949  major facilitator transporter  30.83 
 
 
428 aa  185  1e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51130  MFS (major facilitator superfamily) transporter  31.71 
 
 
439 aa  184  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.845287  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>