111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3167 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_3167  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 
170 aa  335  2e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00609809  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3050  rod shape-determining protein MreD  100 
 
 
170 aa  335  2e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.81693  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3112  rod shape-determining protein MreD  98.82 
 
 
170 aa  332  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.222418  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3128  rod shape-determining protein MreD  98.82 
 
 
170 aa  332  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2498  rod shape-determining protein MreD  98.82 
 
 
170 aa  332  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6463  rod shape-determining protein MreD  98.24 
 
 
170 aa  330  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3109  rod shape-determining protein MreD  97.65 
 
 
170 aa  329  9e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0144  rod shape-determining protein MreD  92.35 
 
 
170 aa  317  5e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.825294  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0364  rod shape-determining protein MreD  92.35 
 
 
170 aa  316  9e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0168  rod shape-determining protein MreD  92.35 
 
 
170 aa  316  9e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0179  rod shape-determining protein MreD  92.35 
 
 
170 aa  316  9e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2372  rod shape-determining protein MreD  91.76 
 
 
170 aa  314  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.341743  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2292  rod shape-determining protein MreD  91.76 
 
 
170 aa  314  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0160  rod shape-determining protein MreD  91.76 
 
 
170 aa  314  3e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.26485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2787  rod shape-determining protein MreD  91.76 
 
 
170 aa  314  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0050  rod shape-determining protein MreD  87.65 
 
 
170 aa  300  5e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4400  rod shape-determining protein MreD  87.65 
 
 
170 aa  300  7e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.104844  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0324  rod shape-determining protein MreD  86.47 
 
 
170 aa  298  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3365  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 
170 aa  224  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0078  rod shape-determining MreD transmembrane protein  68.24 
 
 
170 aa  224  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3688  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 
170 aa  223  7e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0053  rod shape-determining protein MreD  65.88 
 
 
170 aa  221  3e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00417177  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0061  rod shape-determining MRED transmembrane protein  65.88 
 
 
170 aa  209  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.211296  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0285  rod shape-determining protein MreD  51.16 
 
 
173 aa  179  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290835  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0081  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  55.49 
 
 
173 aa  179  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3921  rod shape-determining protein MreD  51.45 
 
 
176 aa  172  1e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0224  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  54.12 
 
 
172 aa  172  1e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0114  rod shape-determining protein MreD  51.83 
 
 
173 aa  169  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0502  rod shape-determining protein MreD  57.93 
 
 
168 aa  166  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00917547 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0175  rod shape-determining protein MreD  49.41 
 
 
172 aa  160  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0296  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  47.06 
 
 
172 aa  157  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1608  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  48.82 
 
 
172 aa  151  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.641663  normal  0.687258 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0238  rod shape-determining protein MreD  49.11 
 
 
173 aa  149  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0241  putative rod shape-determining MreD transmembrane protein  48.54 
 
 
173 aa  142  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2023  rod shape-determining protein MreD  44.12 
 
 
174 aa  141  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0751594  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0235  rod shape-determining protein MreD  47.95 
 
 
173 aa  141  5e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.230877  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1740  rod shape-determining protein MreD  44.12 
 
 
174 aa  139  2e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0356  rod shape-determining protein MreD  47.65 
 
 
172 aa  138  4e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0318  rod shape-determining protein MreD  37.72 
 
 
173 aa  114  9e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2493  rod shape-determining protein MreD  33.33 
 
 
159 aa  84.3  7e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.527003  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0171  rod shape-determining protein MreD  37.25 
 
 
162 aa  84.3  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0935  rod shape-determining protein MreD  31.79 
 
 
163 aa  67.8  7e-11  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0975  rod shape-determining protein MreD  31.79 
 
 
162 aa  67.8  7e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2726  rod shape-determining protein MreD  29.27 
 
 
158 aa  67  1e-10  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0795555  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0262  hypothetical protein  47.22 
 
 
166 aa  67  1e-10  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0942  rod shape-determining protein MreD  31.13 
 
 
162 aa  65.9  2e-10  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04260  rod shape-determining protein MreD  33.1 
 
 
161 aa  66.6  2e-10  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.360557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4280  rod shape-determining protein MreD  32.52 
 
 
162 aa  65.5  4e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.163862  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1939  rod shape-determining protein MreD  29.3 
 
 
157 aa  65.1  5e-10  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0021147  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0858  rod shape-determining protein MreD  33.63 
 
 
162 aa  63.9  9e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.930455 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12670  Rod shape-determining protein, MreD  32.74 
 
 
159 aa  60.8  9e-09  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0589  rod shape-determining protein MreD  34.55 
 
 
161 aa  60.1  1e-08  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.305731  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3452  rod shape-determining protein MreD  30.77 
 
 
161 aa  60.1  1e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.973834  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1125  rod shape-determining protein MreD  29.93 
 
 
162 aa  60.1  1e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.424224  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0670  rod shape-determining protein  34.55 
 
 
161 aa  60.5  1e-08  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0272534  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5093  rod shape-determining protein MreD  31.93 
 
 
164 aa  59.3  2e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4470  rod shape-determining protein MreD  28.67 
 
 
163 aa  59.3  2e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58120  rod shape-determining protein MreD  31.93 
 
 
164 aa  58.9  3e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372841  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4161  rod shape-determining protein MreD  28.67 
 
 
163 aa  58.9  3e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0840  rod shape-determining protein MreD  34.19 
 
 
163 aa  58.5  4e-08  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.552289  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0102  rod shape-determining protein MreD  39.08 
 
 
163 aa  58.2  5e-08  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1007  rod shape-determining protein MreD  35.33 
 
 
163 aa  54.7  7e-07  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0513  rod shape-determining protein  45.1 
 
 
162 aa  53.9  1e-06  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134717  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1646  rod shape-determining protein MreD  45.1 
 
 
162 aa  53.9  1e-06  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  8.97868e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0512  rod shape-determining protein MreD  35.71 
 
 
163 aa  52  4e-06  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0328  rod shape-determining protein MreD  30.39 
 
 
163 aa  51.6  5e-06  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0530008  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0467  rod shape-determining protein MreD  35.06 
 
 
162 aa  50.1  1e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00113622  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3685  rod shape-determining protein MreD  29.79 
 
 
162 aa  50.4  1e-05  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00121025  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1196  rod shape-determining protein MreD  35.06 
 
 
162 aa  50.1  1e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00178529  hitchhiker  0.00199386 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0560  rod shape-determining protein MreD  28.03 
 
 
162 aa  50.4  1e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227811  normal  0.273117 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3470  rod shape-determining protein MreD  29.14 
 
 
162 aa  50.1  1e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0168845  normal  0.899869 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0400  rod shape-determining protein MreD  35.06 
 
 
162 aa  50.1  1e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.269342  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3820  rod shape-determining protein MreD  30.47 
 
 
162 aa  48.9  4e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.182066  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0520  rod shape-determining protein MreD  30.47 
 
 
162 aa  48.9  4e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00293581  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0499  rod shape-determining protein MreD  30.47 
 
 
162 aa  48.9  4e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000751772  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0524  rod shape-determining protein MreD  30.47 
 
 
162 aa  48.9  4e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101318  normal  0.818556 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0481  rod shape-determining protein MreD  28.48 
 
 
162 aa  48.5  5e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.811666 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3544  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0420872  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0458  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0128703  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0469  rod shape-determining protein MreD  28.33 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.795079  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3280  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.33e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3731  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.09472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4565  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00217188  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03059  hypothetical protein  33.77 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00130668  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03108  cell wall structural complex MreBCD transmembrane component MreD  33.77 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00126641  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0458  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
162 aa  48.1  6e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000615339  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3646  rod shape-determining protein MreD  29.77 
 
 
162 aa  47.8  7e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.873858  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3732  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
163 aa  47.8  8e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.391337  normal  0.0778624 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3563  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
163 aa  47.8  8e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.003884  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3564  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
163 aa  47.8  8e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331411  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3670  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
163 aa  47.8  8e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.501294  normal  0.526814 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3635  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
163 aa  47.8  8e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148983  hitchhiker  0.00393044 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0405  rod shape-determining protein MreD  28.57 
 
 
162 aa  47.8  8e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0933678  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4409  rod shape-determining protein MreD  35.06 
 
 
162 aa  47.8  8e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000516669  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3438  rod shape-determining protein MreD  33.77 
 
 
162 aa  47.4  9e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00180798  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00266  rod shape-determining protein MreD  26.83 
 
 
152 aa  47.4  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.10714  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1250  rod shape-determining protein MreD  43.75 
 
 
155 aa  46.6  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0249622  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4096  rod shape-determining protein MreD  29.77 
 
 
162 aa  46.2  0.0002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4400  rod shape-determining protein MreD  28.45 
 
 
162 aa  46.6  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.035191  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0576  rod shape-determining protein MreD  31.01 
 
 
162 aa  46.6  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>