More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2702 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0462  major facilitator transporter  71.58 
 
 
565 aa  782  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0437  major facilitator transporter  87.86 
 
 
552 aa  996  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0763251  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1334  major facilitator transporter  65.95 
 
 
568 aa  708  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2655  major facilitator transporter  96.2 
 
 
552 aa  1048  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.336699  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6134  major facilitator transporter  59.16 
 
 
554 aa  656  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2576  general substrate transporter  99.64 
 
 
552 aa  1098  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.598337  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1832  general substrate transporter  66.85 
 
 
574 aa  746  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.357144 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4345  major facilitator superfamily transporter  71.4 
 
 
552 aa  795  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0485  major facilitator superfamily transporter  72.08 
 
 
552 aa  816  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3752  major facilitator superfamily transporter  72.08 
 
 
564 aa  792  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.875294  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0240  major facilitator transporter  61.23 
 
 
563 aa  685  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000308236 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2669  major facilitator family transporter  91.3 
 
 
552 aa  1007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.381199  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3981  major facilitator superfamily MFS_1  58.1 
 
 
552 aa  651  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16410  putative MFS transporter  63.11 
 
 
539 aa  659  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1946  major facilitator transporter  65.42 
 
 
541 aa  646  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6133  major facilitator superfamily MFS_1  59.22 
 
 
552 aa  653  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.376404  normal  0.0270764 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6117  major facilitator superfamily MFS_1  57.17 
 
 
552 aa  643  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.154468  normal  0.620567 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2044  major facilitator transporter  96.2 
 
 
552 aa  1048  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00306223  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3756  General substrate transporter  68.32 
 
 
563 aa  736  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.729849  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3972  major facilitator superfamily MFS_1  65.12 
 
 
553 aa  681  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.727747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0919  General substrate transporter  62.32 
 
 
554 aa  686  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2702  major facilitator transporter  100 
 
 
552 aa  1101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00241693  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0463  major facilitator superfamily MFS_1  71.4 
 
 
567 aa  786  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3298  General substrate transporter  87.68 
 
 
552 aa  989  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.423953  normal  0.447243 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6422  major facilitator transporter  59.34 
 
 
554 aa  660  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.726262 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0518  major facilitator superfamily transporter  70.96 
 
 
553 aa  794  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.330299  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3350  putative sugar transport protein  75.09 
 
 
558 aa  841  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0233  general substrate transporter  73.3 
 
 
557 aa  798  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00123481 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0851  MFS family sugar transporter  62.75 
 
 
556 aa  683  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.734503  normal  0.560347 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1948  general substrate transporter  66.73 
 
 
556 aa  711  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.83327  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0073  general substrate transporter  59.3 
 
 
539 aa  658  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  6.48863e-07  normal  0.0860349 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0647  general substrate transporter  96.38 
 
 
552 aa  1052  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.170091  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5955  general substrate transporter  70.05 
 
 
560 aa  796  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3146  general substrate transporter  70.91 
 
 
559 aa  756  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3353  major facilitator transporter  64.08 
 
 
563 aa  681  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.267737 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1411  general substrate transporter  72.04 
 
 
549 aa  764  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.966407  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3180  major facilitator transporter  58.68 
 
 
629 aa  685  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1427  MFS family transporter  61.99 
 
 
539 aa  651  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3289  major facilitator transporter  59.77 
 
 
625 aa  711  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2565  major facilitator transporter  62.52 
 
 
578 aa  635  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1849  major facilitator transporter  70 
 
 
556 aa  759  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2407  major facilitator family transporter  91.3 
 
 
552 aa  1007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.492598  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0807  major facilitator family transporter  91.67 
 
 
552 aa  1010  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2684  general substrate transporter  96.01 
 
 
552 aa  1046  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0683854  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0811  major facilitator family transporter  91.67 
 
 
552 aa  1010  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303665  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5595  general substrate transporter  64.97 
 
 
560 aa  706  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.21906  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2965  general substrate transporter  71.27 
 
 
557 aa  762  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.338503  normal  0.578343 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0076  general substrate transporter  59.12 
 
 
539 aa  659  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00192863  decreased coverage  1.46156e-11 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0020  major facilitator family transporter  91.3 
 
 
552 aa  1007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.13968  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3296  major facilitator transporter  70.36 
 
 
559 aa  756  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0073  general substrate transporter  59.3 
 
 
539 aa  657  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.229897  hitchhiker  1.14232e-09 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1561  major facilitator transporter  67.45 
 
 
556 aa  754  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.86082  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3352  major facilitator transporter  69.02 
 
 
565 aa  725  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0668  major facilitator transporter  87.68 
 
 
552 aa  988  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.361815  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0640  major facilitator family transporter  90.94 
 
 
552 aa  996  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3359  general substrate transporter  59.15 
 
 
540 aa  657  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.329289  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4706  General substrate transporter  70.8 
 
 
564 aa  783  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3033  major facilitator superfamily MFS_1  71.53 
 
 
564 aa  788  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.449359  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5982  major facilitator transporter  96.38 
 
 
552 aa  1053  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.091803  normal  0.0695037 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1092  major facilitator transporter  69.14 
 
 
558 aa  726  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4566  general substrate transporter  62.64 
 
 
554 aa  673  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2623  general substrate transporter  62.89 
 
 
563 aa  688  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3839  General substrate transporter  68.13 
 
 
563 aa  737  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.241641  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4821  general substrate transporter  63.07 
 
 
554 aa  666  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2379  general substrate transporter  70.2 
 
 
573 aa  768  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228773 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0447  major facilitator superfamily MFS_1  70.86 
 
 
567 aa  777  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.423925  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0835  general substrate transporter  61.84 
 
 
554 aa  665  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0740201 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0057  major facilitator family transporter  59.3 
 
 
539 aa  658  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0623075  unclonable  5.33342e-07 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2569  major facilitator transporter  70.73 
 
 
558 aa  754  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.409039  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4142  general substrate transporter  71.9 
 
 
552 aa  818  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142983  normal  0.144482 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0547  putative sugar transporter transmembrane protein  71.22 
 
 
567 aa  770  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.212245  normal  0.692505 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0269  major facilitator family transporter  91.3 
 
 
552 aa  1007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.23534  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0969  major facilitator family transporter  91.67 
 
 
552 aa  1010  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.725639  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3698  major facilitator superfamily transporter  68.27 
 
 
563 aa  728  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0523  major facilitator transporter  71.76 
 
 
565 aa  778  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0233357  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2788  major facilitator superfamily MFS_1  62.35 
 
 
578 aa  634  1e-180  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6348  major facilitator superfamily MFS_1  60.84 
 
 
577 aa  634  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2497  major facilitator superfamily MFS_1  61.71 
 
 
562 aa  629  1e-179  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.635696 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1303  major facilitator superfamily MFS_1  58.15 
 
 
568 aa  624  1e-177  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4226  General substrate transporter  56.49 
 
 
628 aa  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.162126 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5178  major facilitator transporter  60.49 
 
 
577 aa  619  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.763618  normal  0.147804 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3902  General substrate transporter  66.59 
 
 
628 aa  582  1e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.207036 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0888  major facilitator family transporter  68.98 
 
 
632 aa  561  1e-159  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0832  major facilitator family transporter  68.81 
 
 
632 aa  563  1e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4361  MFS permease  65.6 
 
 
627 aa  556  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84184  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2188  general substrate transporter  53.14 
 
 
561 aa  553  1e-156  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.755781 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0047  general substrate transporter  51.76 
 
 
553 aa  545  1e-154  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.252827  normal  0.746127 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8529  General substrate transporter  51.28 
 
 
542 aa  531  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0062  major facilitator transporter  64.41 
 
 
630 aa  518  1e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3784  major facilitator transporter  49.82 
 
 
533 aa  496  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2048  General substrate transporter  50.73 
 
 
539 aa  494  1e-138  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.617643  normal  0.599548 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0712  major facilitator transporter  50.18 
 
 
525 aa  485  1e-136  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00730852  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1339  putative sugar transport protein  50.55 
 
 
525 aa  484  1e-135  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.922881  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2995  major facilitator superfamily MFS_1  50 
 
 
494 aa  474  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  1.12139e-05  normal  0.562927 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1409  major facilitator transporter  48.33 
 
 
498 aa  471  1e-131  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2432  major facilitator superfamily MFS_1  47.33 
 
 
511 aa  468  1e-130  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4227  major facilitator superfamily MFS_1  46.7 
 
 
514 aa  462  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.300961  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1627  major facilitator transporter  46.53 
 
 
487 aa  465  1e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0012  major facilitator transporter  44.47 
 
 
527 aa  451  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1953  general substrate transporter  45.24 
 
 
544 aa  422  1e-117  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>