More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6108 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6108  two component response regulator  100 
 
 		 226 aa  447  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655098  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3341  two component transcriptional regulator, winged helix family  81.82 
 
 		 225 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219699 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3643  two component transcriptional regulator, winged helix family  82.27 
 
 		 225 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4259  two component transcriptional regulator  79.64 
 
 		 225 aa  351  5e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0310  two component transcriptional regulator  73.18 
 
 		 223 aa  315  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.859655 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  52.27 
 
 		 247 aa  223  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  52.27 
 
 		 247 aa  222  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2405  DNA-binding response regulator  52.27 
 
 		 250 aa  221  7e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0552978  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2671  DNA-binding response regulator  52.27 
 
 		 247 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84234  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0271  DNA-binding response regulator  52.27 
 
 		 247 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0018  DNA-binding response regulator  52.27 
 
 		 247 aa  221  8e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0439  two component transcriptional regulator  52.27 
 
 		 253 aa  221  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2042  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 282 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0143055  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0649  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 252 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2682  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0642  DNA-binding response regulator  51.82 
 
 		 291 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.743353  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2574  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2653  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 242 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2700  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.469389  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5980  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 273 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0635726 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.36 
 
 		 260 aa  217  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0670  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 266 aa  216  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.55 
 
 		 223 aa  214  9e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  51.36 
 
 		 223 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 226 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0526  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 229 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0788787  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 224 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 224 aa  211  9e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  49.11 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4247  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29812  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4119  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 224 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386662  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 223 aa  211  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3950  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 224 aa  208  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4687  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 223 aa  206  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000526997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3999  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.901243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1878  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.09 
 
 		 229 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 236 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3349  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 224 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142225  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0454  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.77 
 
 		 235 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4343  two component transcriptional regulator  49.31 
 
 		 222 aa  205  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4638  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 224 aa  205  5e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0876  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 224 aa  204  7e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3120  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 239 aa  204  7e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1764  DNA-binding response regulator  49.11 
 
 		 224 aa  203  1e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0357  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 226 aa  204  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3958  two component transcriptional regulator  49.77 
 
 		 224 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0314218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1627  two component transcriptional regulator  47.35 
 
 		 230 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.73 
 
 		 230 aa  201  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5197  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.96 
 
 		 223 aa  201  7e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47869  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3359  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.42 
 
 		 231 aa  200  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6288  two component transcriptional regulator, winged helix family  48 
 
 		 224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0171319  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1533  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 223 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0057  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.82 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  47.03 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1127  DNA-binding response regulator TctD  47.03 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  47.03 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  47.03 
 
 		 287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  47.03 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1724  DNA-binding response regulator TctD  47.49 
 
 		 267 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0825207  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2765  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.4 
 
 		 221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  47.03 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4163  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 223 aa  195  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.91 
 
 		 218 aa  195  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  46.58 
 
 		 223 aa  195  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 220 aa  194  9e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.55 
 
 		 220 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 237 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3169  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 266 aa  193  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.121131 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3934  DNA-binding response regulator  45 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02407  two-component system regulatory protein  47 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2101  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 		 226 aa  192  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  46.12 
 
 		 223 aa  191  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0057  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 225 aa  191  7e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  46.12 
 
 		 223 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4036  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  45.37 
 
 		 220 aa  189  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  45.21 
 
 		 223 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0286  response regulator receiver protein  47.03 
 
 		 231 aa  189  2e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0160  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.88 
 
 		 229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0257  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 231 aa  189  4e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6140  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 221 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0752147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3931  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 221 aa  187  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3603  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.95 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3281  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.95 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1307  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 222 aa  186  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 220 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  44.09 
 
 		 219 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5097  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 221 aa  185  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.361428  normal  0.112132 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  43.18 
 
 		 219 aa  185  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3589  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 221 aa  185  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106176  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3392  response regulator transcription regulator protein  43.3 
 
 		 224 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2526  two component transcriptional regulator  43.12 
 
 		 221 aa  185  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5325  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 221 aa  185  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3495  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 221 aa  184  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972301  normal  0.0200045 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  42.27 
 
 		 220 aa  184  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1180  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 221 aa  184  9e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>