More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_0060 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0060  Holliday junction resolvase  100 
 
 
166 aa  337  5e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0061  Holliday junction resolvase  99.4 
 
 
185 aa  336  8e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317029  normal  0.843846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4543  Holliday junction resolvase  55.62 
 
 
174 aa  173  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51800  Holliday junction resolvase  55.62 
 
 
174 aa  172  2e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  4.86306e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1270  Holliday junction resolvase  55.62 
 
 
174 aa  171  4e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460583  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4409  Holliday junction resolvase  55.62 
 
 
175 aa  168  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.049138  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  58.82 
 
 
164 aa  168  4e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  57.33 
 
 
173 aa  166  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  57.52 
 
 
164 aa  166  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  57.52 
 
 
164 aa  166  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.74044e-15 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  57.52 
 
 
164 aa  166  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  57.52 
 
 
176 aa  165  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0995  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50.93 
 
 
183 aa  162  1e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.410626  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1408  Holliday junction resolvase  53.75 
 
 
174 aa  162  2e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0741674  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0716  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  53.9 
 
 
173 aa  162  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.075927  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  55.56 
 
 
171 aa  161  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  5.23238e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003924  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  54.55 
 
 
173 aa  158  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00124897  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3979  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  53.99 
 
 
176 aa  157  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1582  Holliday junction resolvase  54.9 
 
 
168 aa  156  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.330429  normal  0.489243 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  54.55 
 
 
173 aa  155  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.86785e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1878  Holliday junction resolvase  53.85 
 
 
172 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00784729  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01598  Holliday junction resolvase  53.9 
 
 
173 aa  155  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1887  Holliday junction resolvase  52.6 
 
 
173 aa  154  6e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  53.59 
 
 
161 aa  154  7e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2354  Holliday junction resolvase  50.31 
 
 
180 aa  152  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.542113 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2364  Holliday junction resolvase  54.55 
 
 
173 aa  152  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00103097  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1130  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
275 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3364  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2493  Holliday junction resolvase  52.5 
 
 
165 aa  152  3e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1706  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  56.96 
 
 
175 aa  152  3e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0826466  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0268  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
284 aa  152  3e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0583  Holliday junction resolvase  50.96 
 
 
183 aa  150  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
180 aa  150  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0609  Holliday junction resolvase  50.96 
 
 
183 aa  150  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2236  Crossover junction endodeoxyribonuclease  55.92 
 
 
179 aa  150  9e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0941  Holliday junction resolvase  54.09 
 
 
204 aa  150  9e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
181 aa  149  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  50 
 
 
180 aa  149  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3776  Holliday junction resolvase  51.59 
 
 
180 aa  149  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518042  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0657  Holliday junction resolvase  50.96 
 
 
180 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0690  Holliday junction resolvase  50.96 
 
 
180 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0617  Holliday junction resolvase  50 
 
 
180 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481352 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1221  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  50.91 
 
 
165 aa  149  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.69785  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0207  Holliday junction resolvase  50.96 
 
 
180 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1060  Holliday junction resolvase  53.8 
 
 
181 aa  148  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2694  Holliday junction resolvase  50.96 
 
 
180 aa  148  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218252  normal  0.976349 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2078  Holliday junction resolvase  54.55 
 
 
173 aa  147  8e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000308371  hitchhiker  0.00162508 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36710  Holliday junction resolvase  55 
 
 
174 aa  147  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1900  Holliday junction resolvase  54.55 
 
 
173 aa  147  8e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.00533e-05  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  49.68 
 
 
181 aa  145  2e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1955  Holliday junction resolvase  54.55 
 
 
173 aa  145  2e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.873797 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  49.68 
 
 
181 aa  145  2e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1433  Holliday junction resolvase  54.49 
 
 
194 aa  145  2e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2968  Holliday junction resolvase  49.69 
 
 
186 aa  145  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3658  Holliday junction resolvase  49.69 
 
 
186 aa  145  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1937  Holliday junction resolvase  54.49 
 
 
173 aa  145  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00155576  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2431  Holliday junction resolvase  53.9 
 
 
173 aa  145  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01556  Holliday junction resolvase  53.95 
 
 
174 aa  144  4e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.244757  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1480  Holliday junction resolvase  50.32 
 
 
182 aa  144  4e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.303273  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3856  Holliday junction resolvase  48.05 
 
 
183 aa  144  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  50.32 
 
 
181 aa  144  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0699  Holliday junction resolvase  51.22 
 
 
194 aa  144  6e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.207762  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0671  Holliday junction resolvase  51.22 
 
 
194 aa  144  7e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.674635  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0503  Holliday junction resolvase  49.68 
 
 
181 aa  144  7e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1215  Holliday junction resolvase  53.75 
 
 
174 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0458654  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1244  Holliday junction resolvase  53.75 
 
 
174 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61539  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4203  Holliday junction resolvase  53.75 
 
 
174 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0438295  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2554  Holliday junction resolvase  49.34 
 
 
180 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250708  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0531  Holliday junction resolvase  51.28 
 
 
183 aa  142  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0478  Holliday junction endonuclease RuvC  47.27 
 
 
180 aa  142  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177165  normal  0.867612 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2305  Holliday junction resolvase  53.25 
 
 
173 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00234267  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2421  Holliday junction resolvase  53.25 
 
 
173 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  5.04743e-05  normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2042  Holliday junction resolvase  53.25 
 
 
173 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000214475  hitchhiker  5.71856e-08 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2573  Holliday junction resolvase  53.25 
 
 
173 aa  141  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00104649  hitchhiker  0.00130455 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2040  Holliday junction resolvase  53.25 
 
 
173 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  8.85772e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2946  Holliday junction resolvase  54.67 
 
 
173 aa  140  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185202  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1885  Holliday junction resolvase  54.67 
 
 
173 aa  140  8e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.94551  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4000  Holliday junction resolvase  53.12 
 
 
174 aa  139  1e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0833  Holliday junction resolvase  47.02 
 
 
182 aa  139  1e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0886896 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2077  Holliday junction resolvase  53.33 
 
 
173 aa  139  1e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.414118  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0138  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  55.56 
 
 
174 aa  139  2e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2431  Holliday junction resolvase  56 
 
 
173 aa  139  2e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0114674  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2032  Holliday junction resolvase  53.25 
 
 
173 aa  139  2e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00302461  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3618  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  48.47 
 
 
166 aa  139  2e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1831  normal  0.457471 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0696  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  49.68 
 
 
164 aa  138  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.381333  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1841  Holliday junction resolvase  56.67 
 
 
173 aa  138  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.291427 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0482  Holliday junction resolvase  49.35 
 
 
184 aa  138  4e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0464061 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2947  Holliday junction resolvase  48.41 
 
 
182 aa  137  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.977877  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2259  Holliday junction resolvase  52.87 
 
 
173 aa  137  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1702  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  44.05 
 
 
167 aa  137  9e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.131729  normal  0.717874 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1777  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  55.33 
 
 
173 aa  136  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00202932  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2052  Holliday junction resolvase  55.33 
 
 
173 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1956  Holliday junction resolvase  55.33 
 
 
173 aa  136  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.396234  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01822  hypothetical protein  55.33 
 
 
173 aa  136  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.621329  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2032  Holliday junction resolvase  54.67 
 
 
173 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000234301  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1349  Holliday junction resolvase  55.33 
 
 
173 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00353939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>