More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6379 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012792  Vapar_6379  2-nitropropane dioxygenase NPD  100 
 
 
277 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4936  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.44 
 
 
492 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.121654 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3191  2-nitropropane dioxygenase NPD  56.89 
 
 
492 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.269993 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3841  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.74 
 
 
506 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.278341  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3114  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.74 
 
 
492 aa  159  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6053  2-nitropropane dioxygenase NPD  40 
 
 
341 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.146292 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1435  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.5 
 
 
362 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.212936  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0758  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.54 
 
 
331 aa  96.7  4e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1852  2-nitropropane dioxygenase-like protein  38.69 
 
 
317 aa  96.7  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00272263  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7089  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.78 
 
 
329 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1526  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.62 
 
 
355 aa  95.9  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.172251  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  31.56 
 
 
363 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3754  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.02 
 
 
354 aa  94.4  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.86 
 
 
363 aa  94  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2965  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.86 
 
 
338 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.752049  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  29.1 
 
 
364 aa  92  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  29.1 
 
 
364 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0922  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.48 
 
 
319 aa  91.3  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  29.51 
 
 
363 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  28.69 
 
 
364 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  29.1 
 
 
364 aa  90.5  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0126  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  33.61 
 
 
314 aa  89.7  4e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0317277  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.61 
 
 
314 aa  89.7  4e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0565011  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  28.69 
 
 
365 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0612  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.17 
 
 
323 aa  89.4  6e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000694328  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1035  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.48 
 
 
317 aa  89  8e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0997484  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  28.28 
 
 
364 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  28.28 
 
 
364 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1141  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.89 
 
 
338 aa  86.7  4e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.487634  normal  0.166905 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0392  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.14 
 
 
366 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.1 
 
 
378 aa  85.9  6e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.81 
 
 
360 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0690438  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0974  trans-2-enoyl-ACP reductase II  32.82 
 
 
348 aa  84.7  0.000000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0311  dioxygenase  33.82 
 
 
321 aa  85.1  0.000000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0152  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.21 
 
 
345 aa  84  0.000000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.174988  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0964  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.83 
 
 
319 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0729206  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4328  putative 2-nitropropane dioxygenase  39.11 
 
 
368 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0029  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.76 
 
 
346 aa  82.8  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.58495  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1358  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  32.34 
 
 
316 aa  82.4  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000252963  normal  0.0405419 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2356  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.58 
 
 
386 aa  81.6  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1587  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.83 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000431839  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3819  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  30.65 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000661973  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  26.64 
 
 
355 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  26.64 
 
 
355 aa  81.3  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1099  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  31.03 
 
 
326 aa  80.5  0.00000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000664093  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2074  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.57 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000655776  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3380  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.43 
 
 
359 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1178  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  29.77 
 
 
316 aa  78.2  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000736816  hitchhiker  0.00901561 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.51 
 
 
354 aa  78.2  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.98 
 
 
350 aa  78.2  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43560  predicted protein  33.33 
 
 
361 aa  77.4  0.0000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3815  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.29 
 
 
314 aa  77  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146369  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3013  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.04 
 
 
324 aa  76.3  0.0000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.95223  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1729  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.33 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1009  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.39 
 
 
345 aa  75.9  0.0000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1170  enoyl-(acyl-carrier-protein) reductase II  28.02 
 
 
342 aa  75.1  0.000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4414  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.36 
 
 
321 aa  75.1  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3732  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.04 
 
 
324 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1140  hypothetical protein  28.16 
 
 
355 aa  74.3  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3068  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.47 
 
 
323 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0899956  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1487  2-nitropropane dioxygenase, NPD  33.18 
 
 
356 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2459  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.73 
 
 
353 aa  73.9  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.36207 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3574  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.26 
 
 
331 aa  74.3  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000129826  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  30.65 
 
 
351 aa  73.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1561  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.56 
 
 
360 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.47 
 
 
376 aa  73.6  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.241888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1401  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.3 
 
 
324 aa  73.6  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28800  2-nitropropane dioxygenase-like enzyme  32.28 
 
 
324 aa  73.6  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.135482 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2684  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.15 
 
 
344 aa  72.8  0.000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5309  2-nitropropane dioxygenase NPD  27.88 
 
 
380 aa  72.4  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.1832 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1989  2-nitropropane dioxygenase NPD  33.07 
 
 
325 aa  72.4  0.000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0946  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.5 
 
 
313 aa  72  0.00000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00349563  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1854  hypothetical protein  32.12 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0198092  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6375  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.12 
 
 
353 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5269  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.54 
 
 
356 aa  71.2  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.353912 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  30.59 
 
 
363 aa  70.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.4 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.510846  normal  0.493902 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.92 
 
 
366 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1839  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.67 
 
 
319 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1612  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.44 
 
 
326 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.135465  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2452  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.69 
 
 
345 aa  70.5  0.00000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1549  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.35 
 
 
366 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486705  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11922  hypothetical protein  30.12 
 
 
376 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1075  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.63 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.192705  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5071  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.06 
 
 
356 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.615847  normal  0.587247 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4686  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.06 
 
 
356 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4772  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.06 
 
 
356 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.829067  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0024  2-nitropropane dioxygenase, NPD  28.63 
 
 
351 aa  69.7  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00178014  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6828  2-nitropropane dioxygenase NPD  28.51 
 
 
325 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.670939  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1135  hypothetical protein  27.46 
 
 
350 aa  69.3  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3377  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.21 
 
 
328 aa  69.3  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.148623  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1665  2-nitropropane dioxygenase NPD  28 
 
 
326 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3306  2-nitropropane dioxygenase, NPD  29.65 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.152065  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2147  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.77 
 
 
334 aa  67.4  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1725  2-nitropropane dioxygenase, NPD  31.47 
 
 
313 aa  67.8  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000021316  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5355  2-nitropropane dioxygenase NPD  29.75 
 
 
328 aa  67  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660089  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2157  2-nitropropane dioxygenase NPD  31.28 
 
 
384 aa  67  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6901  2-nitropropane dioxygenase NPD  32.52 
 
 
328 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0133  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.27 
 
 
352 aa  67.4  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.899957  normal  0.134277 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13586  oxidoreductase  32.06 
 
 
355 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00804869  normal  0.19405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>