More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2283 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2283  putative transport protein  100 
 
 		 418 aa  816    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1509  general substrate transporter  46.06 
 
 		 442 aa  335  9e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.386131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5736  general substrate transporter  43.57 
 
 		 447 aa  323  3e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0108237 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4045  General substrate transporter  42.32 
 
 		 446 aa  323  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.849183  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4779  General substrate transporter  44.13 
 
 		 444 aa  322  8e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0207001  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5984  General substrate transporter  42.39 
 
 		 443 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0243  MFS permease  41.69 
 
 		 435 aa  319  7e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1730  general substrate transporter  42.72 
 
 		 443 aa  318  9e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.366529  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4373  general substrate transporter  43.06 
 
 		 446 aa  316  5e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1745  putative membrane transport protein  43.06 
 
 		 446 aa  316  5e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.27935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5607  major facilitator protein family permease  44.01 
 
 		 439 aa  315  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1878  major facilitator superfamily MFS_1  43.28 
 
 		 439 aa  313  4.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.232309 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7134  General substrate transporter  42.62 
 
 		 443 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.409083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4855  General substrate transporter  43.77 
 
 		 454 aa  311  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1549  General substrate transporter  43.28 
 
 		 439 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.28146 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2224  major facilitator superfamily transporter  44.52 
 
 		 444 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.199134  hitchhiker  0.000423669 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5109  major facilitator transporter  44.04 
 
 		 441 aa  309  5e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4056  major facilitator transporter  43.28 
 
 		 445 aa  308  9e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.713294  normal  0.178952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4707  putative transmembrane transporter protein  43.03 
 
 		 444 aa  306  6e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.544234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4338  putative transmembrane transporter protein  42.79 
 
 		 472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2029  major facilitator superfamily permease  43.57 
 
 		 436 aa  293  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.740262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0594  general substrate transporter  42.55 
 
 		 441 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4889  general substrate transporter  44.78 
 
 		 438 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.321376  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2774  general substrate transporter  45.97 
 
 		 443 aa  270  4e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.835468 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2264  General substrate transporter  45.97 
 
 		 443 aa  268  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0860  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  35.57 
 
 		 441 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3920  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  35.63 
 
 		 440 aa  213  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.210524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2295  major facilitator superfamily MFS_1  33.93 
 
 		 452 aa  213  7e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0644  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  35.2 
 
 		 442 aa  212  7.999999999999999e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2079  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  36.62 
 
 		 436 aa  212  9e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611047  hitchhiker  0.0017507 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2256  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  38.33 
 
 		 447 aa  212  1e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.650686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4745  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  35.9 
 
 		 440 aa  210  5e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30660  sugar phosphate permease  31.92 
 
 		 466 aa  209  9e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.488584  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2850  General substrate transporter  36.65 
 
 		 437 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.290987  hitchhiker  0.00573587 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05660  metabolite-proton symporter  34.84 
 
 		 482 aa  207  2e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.232091  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2691  general substrate transporter  34.67 
 
 		 445 aa  206  7e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.361229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1832  general substrate transporter  33.96 
 
 		 463 aa  205  9e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.326977  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1813  general substrate transporter  33.96 
 
 		 463 aa  205  9e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0995372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1879  general substrate transporter  33.96 
 
 		 463 aa  205  9e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4675  major facilitator transporter  32.64 
 
 		 628 aa  202  7e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.85896  normal  0.483748 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2036  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  34.79 
 
 		 433 aa  202  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.70971  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3923  major facilitator superfamily MFS_1  33.18 
 
 		 452 aa  202  9.999999999999999e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0699267  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1328  putative permease  32.69 
 
 		 436 aa  199  6e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0161  major facilitator transporter  35.35 
 
 		 440 aa  198  1.0000000000000001e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3881  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  36.34 
 
 		 440 aa  198  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.148005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3928  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  34.26 
 
 		 440 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3827  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  34.26 
 
 		 440 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.151355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1269  general substrate transporter  31.38 
 
 		 470 aa  198  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1314  General substrate transporter  30.75 
 
 		 470 aa  198  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000012233 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3803  MFS transporter metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  36.1 
 
 		 440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3925  MFS transporter/metabolite:H+ symporter family protein  36.1 
 
 		 440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3984  MFS transporter metabolite:H+ symporter family protein  36.1 
 
 		 440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.139706 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3816  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  36.1 
 
 		 440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03371  predicted transporter  34.03 
 
 		 440 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0190  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  34.03 
 
 		 440 aa  197  3e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03324  hypothetical protein  34.03 
 
 		 440 aa  197  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3726  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  34.03 
 
 		 440 aa  197  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2741  general substrate transporter  33.42 
 
 		 431 aa  197  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.879641  normal  0.395533 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0194  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  34.03 
 
 		 440 aa  197  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4886  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  34.03 
 
 		 440 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4011  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  34.03 
 
 		 440 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00467  metabolite transport protein  34.64 
 
 		 412 aa  196  9e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4973  major facilitator transporter  32.24 
 
 		 425 aa  195  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3302  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  33.56 
 
 		 444 aa  195  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3427  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  33.72 
 
 		 441 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11030  Sugar (and other) transporter  32.49 
 
 		 472 aa  193  4e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.267916  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3059  metabolite:proton symporter family protein  35.39 
 
 		 489 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3026  MFS transporter, metabolite:H+ symporter (MHS) family protein  35.39 
 
 		 437 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2961  major facilitator superfamily permease  35.39 
 
 		 437 aa  192  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0863  general substrate transporter  35 
 
 		 437 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.139167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2638  metabolite:proton symporter family protein  35.39 
 
 		 437 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2106  metabolite:proton symporter family protein  35.39 
 
 		 437 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.22377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1974  metabolite:proton symporter family protein  35.39 
 
 		 437 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0806  metabolite:proton symporter family protein  35.56 
 
 		 523 aa  191  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.413485  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0706  major facilitator family transporter  34.92 
 
 		 426 aa  191  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4094  major facilitator transporter  33.49 
 
 		 436 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.237593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0991  general substrate transporter  35.43 
 
 		 436 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0201608  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7815  major facilitator superfamily MFS_1  34.88 
 
 		 442 aa  190  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0512  general substrate transporter  33.97 
 
 		 483 aa  190  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.509539  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0851  general substrate transporter  34.37 
 
 		 437 aa  190  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.80283  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2487  major facilitator transporter  37.15 
 
 		 420 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2710  major facilitator superfamily MFS_1  36.75 
 
 		 420 aa  189  7e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.703478 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2408  general substrate transporter  35.66 
 
 		 436 aa  189  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4431  putative transmembrane transport protein (general substrate transporter)  31.34 
 
 		 468 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.90441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15920  major facilitator transporter  39.13 
 
 		 437 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.246808 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0951  general substrate transporter  35.07 
 
 		 436 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2736  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  33.33 
 
 		 438 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1332  major facilitator superfamily MFS_1  34.81 
 
 		 433 aa  186  7e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.423362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3101  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  33.89 
 
 		 438 aa  186  7e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2415  major facilitator superfamily MFS_1  35.91 
 
 		 420 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.510425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1576  metabolite:proton symporter family protein  34.13 
 
 		 506 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.342246  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11224  integral membrane transport protein  30.36 
 
 		 425 aa  181  2e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000679327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2888  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  33.16 
 
 		 434 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0536186  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3830  major facilitator transporter  33.18 
 
 		 463 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1063  major facilitator superfamily MFS_1  34.89 
 
 		 435 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3419  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  34.15 
 
 		 435 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1278  citrate-proton symport  34.18 
 
 		 456 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.258621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0663  general substrate transporter  33.17 
 
 		 435 aa  177  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0269429  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1469  major facilitator family transporter  34.48 
 
 		 438 aa  176  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0457955  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4531  general substrate transporter  29.38 
 
 		 456 aa  175  9.999999999999999e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>